ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XSCALE | | データスケーリング | PHENIX | | 精密化 | PDB_EXTRACT | 3.22 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→32.886 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.22
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2484 | 1529 | 10.04 % |
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Rwork | 0.1994 | - | - |
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obs | 0.2042 | 15222 | 93.81 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 175.6 Å2 / Biso mean: 45.1498 Å2 / Biso min: 16.28 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→32.886 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 874 | 0 | 5 | 73 | 952 |
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Biso mean | - | - | 29.45 | 42.72 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 117 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.002 | 909 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.485 | 1238 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.059 | 141 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.001 | 158 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.209 | 331 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.499-1.5474 | 0.377 | 102 | 0.3702 | 925 | 1027 | 71 | 1.5474-1.6027 | 0.3512 | 122 | 0.3413 | 1075 | 1197 | 82 | 1.6027-1.6669 | 0.4316 | 142 | 0.3185 | 1285 | 1427 | 97 | 1.6669-1.7427 | 0.2694 | 139 | 0.2829 | 1294 | 1433 | 98 | 1.7427-1.8346 | 0.2783 | 149 | 0.2534 | 1279 | 1428 | 97 | 1.8346-1.9495 | 0.2679 | 147 | 0.2257 | 1280 | 1427 | 97 | 1.9495-2.1 | 0.2765 | 138 | 0.2024 | 1278 | 1416 | 97 | 2.1-2.3113 | 0.2345 | 147 | 0.1996 | 1306 | 1453 | 98 | 2.3113-2.6457 | 0.228 | 147 | 0.208 | 1296 | 1443 | 98 | 2.6457-3.3328 | 0.2429 | 143 | 0.1966 | 1324 | 1467 | 98 | 3.3328-32.8944 | 0.2294 | 153 | 0.1641 | 1351 | 1504 | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -15.1409 Å / Origin y: -9.2688 Å / Origin z: 13.8157 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.2016 Å2 | 0.0048 Å2 | 0.0239 Å2 | - | 0.1589 Å2 | 0.0007 Å2 | - | - | 0.2039 Å2 |
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L | 3.0177 °2 | 0.2655 °2 | 0.4379 °2 | - | 2.9367 °2 | -0.6447 °2 | - | - | 2.0573 °2 |
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S | 0.0352 Å ° | 0.0632 Å ° | -0.216 Å ° | -0.0333 Å ° | -0.0436 Å ° | -0.3661 Å ° | 0.0468 Å ° | 0.3302 Å ° | -0.0118 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |
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