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- PDB-5nlw: Structure of Nb36 crystal form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nlw
タイトルStructure of Nb36 crystal form 2
要素nanobody Nb36
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig domain llama single domain antibody nanobody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hansen, S.B. / Andersen, K.R. / Laursen, N.S. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
The Danish Research Council for Independent ResearchDanscatt デンマーク
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Introducing site-specific cysteines into nanobodies for mercury labelling allows de novo phasing of their crystal structures.
著者: Hansen, S.B. / Laursen, N.S. / Andersen, G.R. / Andersen, K.R.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32017年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nanobody Nb36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6742
ポリマ－13,5781
非ポリマー961
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6410 Å2
2
A: nanobody Nb36
ヘテロ分子

A: nanobody Nb36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3494
ポリマ－27,1562
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1680 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area11350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.860, 30.040, 32.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 nanobody Nb36


分子量: 13578.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.61 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→32.886 Å / Num. obs: 15244 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.381 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.107 / Net I/σ(I): 10.26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.542.6650.77818260.3960.95470.1
1.54-1.582.8950.6491.298930.4990.78675.9
1.58-1.633.0340.5721.5510300.6850.68794.5
1.63-1.683.4210.5271.9110860.770.62397
1.68-1.733.4550.4362.3810460.8640.51498.9
1.73-1.793.5380.3573.2510070.8820.4297.9
1.79-1.863.5430.2544.189670.970.29997.5
1.86-1.943.5420.1836.089350.9710.21696.9
1.94-2.023.550.1328.298920.9880.15597.5
2.02-2.123.5740.11510.618680.9860.13598
2.12-2.233.6150.09613.038080.9880.11397.7
2.23-2.373.5240.08614.427790.9920.10197.7
2.37-2.533.4350.06916.597440.9930.08297.9
2.53-2.743.470.05819.036850.9950.06898.7
2.74-33.4120.0522.046360.9950.05998.1
3-3.353.5510.0426.295640.9970.04797.6
3.35-3.873.3830.03728.314940.9960.04496.9
3.87-4.743.3680.03129.164400.9980.03798
4.74-6.73.4410.0329.463450.9980.03598.3
6.7-32.8863.0950.02828.351990.9980.03397.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→32.886 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 1529 10.04 %
Rwork0.1994 --
obs0.2042 15222 93.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 175.6 Å2 / Biso mean: 45.1498 Å2 / Biso min: 16.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→32.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数874 0 5 73 952
Biso mean--29.45 42.72 -
残基数----117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002909
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4851238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.209331
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.499-1.54740.3771020.3702925102771
1.5474-1.60270.35121220.34131075119782
1.6027-1.66690.43161420.31851285142797
1.6669-1.74270.26941390.28291294143398
1.7427-1.83460.27831490.25341279142897
1.8346-1.94950.26791470.22571280142797
1.9495-2.10.27651380.20241278141697
2.1-2.31130.23451470.19961306145398
2.3113-2.64570.2281470.2081296144398
2.6457-3.33280.24291430.19661324146798
3.3328-32.89440.22941530.16411351150498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.1409 Å / Origin y: -9.2688 Å / Origin z: 13.8157 Å
111213212223313233
T0.2016 Å20.0048 Å20.0239 Å2-0.1589 Å20.0007 Å2--0.2039 Å2
L3.0177 °20.2655 °20.4379 °2-2.9367 °2-0.6447 °2--2.0573 °2
S0.0352 Å °0.0632 Å °-0.216 Å °-0.0333 Å °-0.0436 Å °-0.3661 Å °0.0468 Å °0.3302 Å °-0.0118 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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