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- PDB-6dgg: Cronobacter turicensis RpfR quorum-sensing receptor PAS domain in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dgg
タイトルCronobacter turicensis RpfR quorum-sensing receptor PAS domain in complex with C12:0
要素RpfR
キーワードUNKNOWN FUNCTION / quorum sensing / diffusible signal factor / diguanylate cyclase / phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
類似検索 - 分子機能
: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain ...: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / Nucleotide cyclase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Cronobacter turicensis
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.498 Å
データ登録者Waldron, E.J. / Neiditch, M.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI125452 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110444 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI125185 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of DSF recognition by its receptor RpfR and its regulatory interaction with the DSF synthase RpfF.
著者: Waldron, E.J. / Snyder, D. / Fernandez, N.L. / Sileo, E. / Inoyama, D. / Freundlich, J.S. / Waters, C.M. / Cooper, V.S. / Neiditch, M.B.
履歴
登録2018年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.22019年3月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RpfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8072
ポリマ－12,6061
非ポリマー2001
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.682, 29.131, 41.493
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RpfR / Protein gmr


分子量: 12606.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cronobacter turicensis (strain DSM 18703 / LMG 23827 / z3032) (バクテリア)
株: DSM 18703 / LMG 23827 / z3032 / 遺伝子: gmr, Ctu_23300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9XTL5
#2: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 200 mM sodium formate, 18% (vol/vol) PEG 3350, 100 mM HEPES (pH 7.75), 1mM BDSF and 0.62% (vol/vol) DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.88557 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.498→50 Å / Num. obs: 13614 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 9.32 Å2 / CC1/2: 0.928 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.498 / Net I/σ(I): 9.09
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.498-1.532.70.2216500.9280.1520.2690.55892.3
1.53-1.552.80.1956420.9420.1350.2380.48395.3
1.55-1.5830.2086620.9520.1390.2510.5195.3
1.58-1.623.10.2226680.9390.1490.2680.5196.3
1.62-1.653.10.2026690.9450.1380.2460.48698.1
1.65-1.693.20.177000.9660.1140.2060.52397.4
1.69-1.733.10.1556730.970.1040.1870.46797.1
1.73-1.782.90.1446300.970.0990.1760.49793.6
1.78-1.833.20.1387020.9740.0910.1660.49197.8
1.83-1.893.50.1226840.9780.0760.1450.5199.3
1.89-1.963.50.1056960.9830.0660.1250.51299.6
1.96-2.043.50.0886630.9890.0550.1040.4898.2
2.04-2.133.50.0817050.9910.0510.0960.52299.3
2.13-2.243.50.0756870.9920.0470.0890.49198
2.24-2.383.40.0676680.9920.0430.080.46995.7
2.38-2.5630.0546730.9940.0380.0670.43895.3
2.56-2.823.50.0556960.9940.0350.0660.44499.1
2.82-3.233.50.0487140.9950.0310.0580.48399.6
3.23-4.073.40.0417060.9960.0260.0490.50899.3
4.07-503.30.0387260.9970.0250.0460.57596.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IU1

5iu1


解像度: 1.498→37.517 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1743 1314 9.94 %
Rwork0.147 --
obs0.1498 13221 94.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.59 Å2 / Biso mean: 16.4561 Å2 / Biso min: 4.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.498→37.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数841 0 37 89 967
Biso mean--24.85 24.34 -
残基数----103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8931168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.54330
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4981-1.5580.23511340.18461163129785
1.558-1.6290.22341340.17921267140191
1.629-1.71480.21781420.16681287142992
1.7148-1.82230.21951420.15941300144293
1.8223-1.9630.16951530.14411364151798
1.963-2.16050.15171490.13081364151398
2.1605-2.47310.18231440.12831347149196
2.4731-3.11560.16321570.14391394155198
3.1156-37.52920.15171590.14651421158098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3842-0.45750.06412.72120.21012.1743-0.02480.0819-0.0407-0.09140.04170.09740.174-0.0412-0.01710.0866-0.0104-0.01030.0353-0.00010.0553.98334.58838.4479
27.8009-7.199-0.97297.7604-0.31291.79760.22280.18580.3218-0.3443-0.202-0.35250.12590.1213-0.02280.1158-0.01050.02390.07240.00030.080815.870312.29050.6806
33.37210.36671.91333.8196-0.58982.4208-0.01660.13460.0522-0.12580.04750.1707-0.04290.0373-0.01510.11150.00450.01350.0364-0.01450.02288.761515.667910.3837
42.8838-1.1323-0.54734.10991.0992.4251-0.01510.079-0.13290.02690.0092-0.01170.16270.04740.00380.0849-0.01130.01040.03270.00490.025512.240710.230412.9788
58.74616.654-7.68815.1208-6.11528.2021-0.0614-0.3261-0.31060.48120.19350.4291-0.1489-0.0855-0.06910.21240.05170.08350.12760.07390.2152.54375.315526.6541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 123 through 162 )A123 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 163 through 179 )A163 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 180 through 193 )A180 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 194 through 224 )A194 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 116 through 122 )A116 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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