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- PDB-4xc2: Crystal structure of GABARAP in complex with KBTBD6 LIR peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xc2
タイトルCrystal structure of GABARAP in complex with KBTBD6 LIR peptide
要素
  • GABA(A) receptor-associated protein
  • Kelch repeat and BTB domain-containing protein 6
キーワードIMMUNE SYSTEM / autophagy / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Macroautophagy / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane ...positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of Rac protein signal transduction / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / microtubule associated complex / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Macroautophagy / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / smooth endoplasmic reticulum / autophagosome membrane / axoneme / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / autophagosome assembly / autophagosome maturation / response to unfolded protein / negative regulation of signal transduction / beta-tubulin binding / protein targeting / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / mitophagy / sperm midpiece / autophagosome / GABA-ergic synapse / autophagy / microtubule cytoskeleton organization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein transport / actin cytoskeleton / Neddylation / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / chemical synaptic transmission / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule / lysosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
KBTB, W-type LIR motif / : / : / KBTB, W-type LIR motif / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch ...KBTB, W-type LIR motif / : / : / KBTB, W-type LIR motif / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Epididymis secretory sperm binding protein / Kelch repeat and BTB domain-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Huber, J. / Genau, H.M. / Baschieri, F. / Doetsch, V. / Farhan, H. / Rogov, V.V. / Behrends, C. / Akutsu, M.
資金援助 ドイツ, 6件
組織認可番号国
DKTK ドイツ
Cluster of excellence Frankfurt ドイツ
German Research FoundationBE 4685/1-1 ドイツ
European Research Council282333 ドイツ
LOEWE Program of the State of Hesse ドイツ
Leibniz award ドイツ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: CUL3-KBTBD6/KBTBD7 Ubiquitin Ligase Cooperates with GABARAP Proteins to Spatially Restrict TIAM1-RAC1 Signaling.
著者: Genau, H.M. / Huber, J. / Baschieri, F. / Akutsu, M. / Dotsch, V. / Farhan, H. / Rogov, V. / Behrends, C.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GABA(A) receptor-associated protein
B: GABA(A) receptor-associated protein
C: GABA(A) receptor-associated protein
D: GABA(A) receptor-associated protein
E: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 6
F: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 6
G: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 6
H: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5418
ポリマ－60,5418
非ポリマー00
水3,369187
1
A: GABA(A) receptor-associated protein
E: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1352
ポリマ－15,1352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7230 Å2
手法PISA
2
B: GABA(A) receptor-associated protein
F: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1352
ポリマ－15,1352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7170 Å2
手法PISA
3
C: GABA(A) receptor-associated protein
G: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1352
ポリマ－15,1352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7190 Å2
手法PISA
4
D: GABA(A) receptor-associated protein
H: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1352
ポリマ－15,1352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.893, 57.353, 67.310
Angle α, β, γ (deg.)65.300, 77.340, 89.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
GABA(A) receptor-associated protein / GABARAP protein / HCG1987397 / isoform CRA_b


分子量: 13827.839 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 3-116 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, hCG_1987397 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IAW1, UniProt: O95166*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Kelch repeat and BTB domain-containing protein 6


分子量: 1307.388 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 663-673 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86V97
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.01 M Magnesium acetate tetrahydrate, 30% Poly ethylene glycol 8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→37.75 Å / Num. obs: 37496 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. measured obs: 13090 / Num. unique all: 5380 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D32

3d32


解像度: 1.9→32.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.492 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2582 1881 5 %RANDOM
Rwork0.1982 35614 --
obs0.2013 35614 92.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.94 Å2 / Biso mean: 33.186 Å2 / Biso min: 12.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.04 Å20.47 Å20.75 Å2
2---1.19 Å20.96 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→32.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4254 0 0 187 4441
Biso mean---34.67 -
残基数----508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1621.9575927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.63539549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8575504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.43722.991234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.58615757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3961536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0214878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021074
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 134 -
Rwork0.348 2632 -
all-2766 -
obs--91.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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