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- PDB-3rdv: Structure of the SLAIN2c-CLIPCG1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rdv
タイトルStructure of the SLAIN2c-CLIPCG1 complex
要素
  • CAP-Gly domain-containing linker protein 1
  • SLAIN motif-containing protein 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cytoskeletal protein / CAP GLY protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule nucleation / microtubule bundle formation / microtubule plus-end binding / Signaling by LTK in cancer / intermediate filament / RHO GTPases activate IQGAPs / ruffle / cytoplasmic microtubule organization / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / positive regulation of microtubule polymerization ...microtubule nucleation / microtubule bundle formation / microtubule plus-end binding / Signaling by LTK in cancer / intermediate filament / RHO GTPases activate IQGAPs / ruffle / cytoplasmic microtubule organization / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / positive regulation of microtubule polymerization / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / tubulin binding / cytoplasmic vesicle membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / Separation of Sister Chromatids / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / cell cortex / microtubule binding / microtubule / centrosome / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SLAIN motif-containing protein / SLAIN motif-containing family / CLIP1, zinc knuckle / CLIP1 zinc knuckle / CAP Gly-rich-like domain / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. ...SLAIN motif-containing protein / SLAIN motif-containing family / CLIP1, zinc knuckle / CLIP1 zinc knuckle / CAP Gly-rich-like domain / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / CAP-Gly domain-containing linker protein 1 / SLAIN motif-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Manatschal, C. / Olieric, V. / Steinmetz, M.O.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2011
タイトル: SLAIN2 links microtubule plus end-tracking proteins and controls microtubule growth in interphase
著者: van der Vaart, B. / Manatschal, C. / Grigoriev, I. / Olieric, V. / Gouveia, S.M. / Bjelic, S. / Demmers, J. / Vorobjev, I. / Hoogenraad, C.C. / Steinmetz, M.O. / Akhmanova, A.
履歴
登録2011年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CAP-Gly domain-containing linker protein 1
B: CAP-Gly domain-containing linker protein 1
C: CAP-Gly domain-containing linker protein 1
D: CAP-Gly domain-containing linker protein 1
E: SLAIN motif-containing protein 2
F: SLAIN motif-containing protein 2
G: SLAIN motif-containing protein 2
H: SLAIN motif-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,19810
ポリマ－36,0978
非ポリマー1012
水5,188288
1
A: CAP-Gly domain-containing linker protein 1
E: SLAIN motif-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0473
ポリマ－9,0242
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4300 Å2
手法PISA
2
B: CAP-Gly domain-containing linker protein 1
F: SLAIN motif-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0242
ポリマ－9,0242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4370 Å2
手法PISA
3
C: CAP-Gly domain-containing linker protein 1
G: SLAIN motif-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1023
ポリマ－9,0242
非ポリマー781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4340 Å2
手法PISA
4
D: CAP-Gly domain-containing linker protein 1
H: SLAIN motif-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0242
ポリマ－9,0242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.210, 45.740, 49.360
Angle α, β, γ (deg.)100.06, 105.76, 108.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
CAP-Gly domain-containing linker protein 1 / Cytoplasmic linker protein 1 / Cytoplasmic linker protein 170 alpha-2 / CLIP-170 / Reed-Sternberg ...Cytoplasmic linker protein 1 / Cytoplasmic linker protein 170 alpha-2 / CLIP-170 / Reed-Sternberg intermediate filament-associated protein / Restin


分子量: 8050.129 Da / 分子数: 4 / 断片: CAP-Gly 1 domain, residues 56-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIP-170 / プラスミド: pDEST17-OI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P30622
#2: タンパク質・ペプチド
SLAIN motif-containing protein 2


分子量: 974.027 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain, residues 574-581 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: polypeptide synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P270
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 36% PEG 6000, 100mM citric acid, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→45.54 Å / Num. obs: 28615 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.172 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17.56
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.75-1.80.340.3494.9113823236922540.38295.1
1.8-1.90.2420.2716.1824410410939210.29695.4
1.9-20.1620.1848.8819676326331380.20196.2
2-2.10.1110.13111.6916288268925930.14396.4
2.1-2.50.070.08916.4542723697567640.09797
2.5-30.0410.06223.4526145426041500.06897.4
3-40.0250.04733.3420605339433320.05198.2
4-60.020.03936.3510689175517290.04398.5
6-100.0190.03736.0335615885790.0498.5
100.0220.03635.959001571550.0498.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_279精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
RemDAqデータ収集
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E3I

2e3i


解像度: 1.75→45.536 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.22 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2288 1999 6.99 %
Rwork0.1801 --
obs0.1836 28601 96.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.339 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 89.93 Å2 / Biso mean: 22.7384 Å2 / Biso min: 5.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7286 Å2-6.078 Å2-5.5165 Å2
2---4.8617 Å23.135 Å2
3---1.1331 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2465 0 5 288 2758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.153445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.738908
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7501-1.81270.28741960.22192610280696
1.8127-1.88530.26071960.19982605280196
1.8853-1.97110.24862010.19082676287796
1.9711-2.0750.25651960.17432628282496
2.075-2.2050.21772000.16332647284797
2.205-2.37530.23652000.17452668286897
2.3753-2.61430.28212020.18742681288397
2.6143-2.99250.22062000.18892666286698
2.9925-3.76990.21742040.15872717292199
3.7699-45.55120.16962040.172704290899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33510.4569-0.51874.18840.69650.38190.1633-0.06620.05010.408-0.188-0.0561-0.0434-0.23640.00220.1062-0.01170.00040.05490.01320.073910.8486-9.7882-1.1894
21.4639-0.15870.65440.9739-0.83681.60890.01550.0064-0.1697-0.03330.07930.1356-0.0792-0.1087-0.06320.09260.0166-0.00370.05890.0040.056313.7991-4.553-10.7861
30.3018-0.1254-0.01473.3021-1.97171.1808-0.05520.1781-0.0709-0.2771-0.0853-0.43570.17570.2450.09020.1130.02550.00980.1287-0.01440.139121.9392-6.6998-13.0959
40.77580.9785-0.6873.9336-3.35513.671-0.12070.1961-0.47190.4882-0.4797-1.1479-0.02640.62640.3920.08350.0133-0.06650.13740.02710.256724.9389-6.7536-6.913
50.76580.8847-0.15271.3625-0.83321.20160.09720.07090.17040.02880.05890.30780.1496-0.1198-0.13910.098-0.00820.00570.07620.04720.13411.1712-9.8484-7.9369
63.37171.6503-1.32592.3773-1.38070.8608-0.0913-0.1567-0.4233-1.5323-0.22190.65130.4190.17910.2720.30420.0087-0.07010.1698-0.05530.285313.2621-16.2297-14.9359
72.20760.66470.23440.8360.32680.7561-0.4215-0.1344-0.0999-0.06790.0859-0.0869-0.2067-0.04810.24320.1447-0.0006-0.00410.09050.02980.169212.1421-23.286912.0592
81.0244-0.07781.01960.9329-0.38651.02-0.03790.0589-0.10560.0450.19080.1529-0.01-0.10410.02170.132-0.0238-0.0330.08360.0420.074115.7269-33.652516.8706
91.13520.3535-0.03012.311-0.2890.0350.02620.32990.0342-0.2748-0.0494-0.08940.05310.0187-0.01270.13220.008-0.00880.13040.01270.100419.3689-34.86667.6334
105.56091.4343-4.95618.3072-5.92967.1459-0.25390.96030.2774-1.4560.44-0.04460.9957-0.927-0.03450.2378-0.0471-0.00530.1503-0.01230.062117.1816-36.48163.7198
110.4297-0.10760.08781.2401-0.40561.8173-0.24350.00850.19370.03020.21850.2708-0.02050.28920.08240.1634-0.0305-0.05320.05340.02810.137917.352-26.47614.8
121.12591.20930.25231.43740.35570.1050.02720.30670.29340.137-0.3084-0.49-0.42061.16380.02580.3356-0.2104-0.14060.35580.08340.496126.9526-27.28612.5338
131.1834-1.3310.83442.2282-0.90614.2537-0.0181-0.0055-0.1451-0.36430.1958-0.49250.48050.59670.03910.06640.02440.05510.1373-0.03180.15385.2501-30.6215-17.254
142.9982-0.58731.63767.57030.45761.9668-0.54910.2814-0.0577-0.12670.47531.0679-0.0939-0.10660.21390.1351-0.0449-0.01710.0813-0.02140.1019-6.2021-35.8599-14.0903
151.03791.00770.54361.10850.20320.66450.2246-0.0376-0.24430.1548-0.021-0.07290.1538-0.0363-0.13060.0946-0.0074-0.04540.08620.01160.09355.1345-26.6753-5.8553
160.50080.47690.10590.40290.14030.40570.03780.01390.0572-0.0202-0.00490.2370.0245-0.14750.02770.06880.03070.00710.098-0.01140.1252-4.0023-22.0533-7.886
171.11340.9050.44980.92530.13651.75580.0521-0.14850.15850.18740.1569-0.05790.1414-0.1302-0.15270.0593-0.0016-0.03290.0642-0.01590.1084-1.7525-30.3378-9.5365
186.12086.15893.28847.38213.96313.58390.1577-0.0358-1.1082-0.906-0.3469-0.49020.8452-0.36280.33310.5615-0.2877-0.06160.34350.05880.341-6.0436-32.2478-2.4614
190.43010.24070.62832.2224-2.31284.3178-0.0960.5712-0.3678-0.1015-0.0188-0.5270.03330.6688-0.22340.09170.02740.07730.2457-0.11020.1311-1.2647-14.32512.1424
201.74090.5562-1.05356.75770.4541.88480.17520.05040.14680.7622-0.0883-0.52430.00790.0922-0.07220.1088-0.0259-0.02330.0713-0.00190.0691-2.5516-5.056218.7981
210.62520.1850.59810.19870.06620.61010.01420.0863-0.0004-0.02720.06030.02990.03310.1856-0.0510.1268-0.0094-0.03050.12010.00120.0754-12.5619-9.247614.0794
221.7320.7601-0.36173.31040.76141.3978-0.1126-0.2430.19250.5574-0.0660.2982-0.0642-0.14910.07410.08310.02870.04480.0950.00550.0767-18.8351-11.732818.6447
231.18070.5214-0.02511.02940.21590.4538-0.22160.10220.09850.06860.0532-0.0016-0.1314-0.0930.09830.1127-0.0101-0.01250.1068-0.01690.0964-8.4779-6.46916.4036
241.770.70371.47840.35370.56314.0839-0.63620.4150.5873-0.1663-0.0352-0.0637-1.930.25230.70490.6431-0.1264-0.27540.19410.13360.4639-13.11651.819515.0167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 57:74)A57 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 75:94)A75 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 95:108)A95 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 109:113)A109 - 113
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 114:126)A114 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6(chain E and resid 574:581)E574 - 581
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 57:70)B57 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 71:89)B71 - 89
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 90:108)B90 - 108
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 109:114)B109 - 114
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 115:127)B115 - 127
12X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resid 574:581)F574 - 581
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 57:64)C57 - 64
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 65:71)C65 - 71
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 72:88)C72 - 88
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 89:111)C89 - 111
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 112:127)C112 - 127
18X-RAY DIFFRACTION18(chain G and resid 575:581)G575 - 581
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 56:63)D56 - 63
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 64:74)D64 - 74
21X-RAY DIFFRACTION21(chain D and resid 75:97)D75 - 97
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 98:111)D98 - 111
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 112:127)D112 - 127
24X-RAY DIFFRACTION24(chain H and resid 574:581)H574 - 581

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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