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- PDB-3rbg: Crystal structure analysis of Class-I MHC restricted T-cell assoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rbg
タイトルCrystal structure analysis of Class-I MHC restricted T-cell associated molecule
要素Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgV / CRTAM / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / detection of stimulus / detection of tumor cell / cell recognition / establishment of T cell polarity / lymphocyte migration into lymphoid organs / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of T cell activation / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / detection of stimulus / detection of tumor cell / cell recognition / establishment of T cell polarity / lymphocyte migration into lymphoid organs / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of T cell activation / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of T cell differentiation / negative regulation of activated T cell proliferation / immunological synapse / positive regulation of cytokine production / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / signaling receptor binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rubinstein, R. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Nathenson, S.G. / Fiser, A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Functional classification of immune regulatory proteins.
著者: Rubinstein, R. / Ramagopal, U.A. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / Fiser, A.
履歴
登録2011年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
B: Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
C: Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
D: Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3658
ポリマ－56,9854
非ポリマー3804
水2,090116
1
A: Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
C: Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6824
ポリマ－28,4922
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10510 Å2
手法PISA
2
B: Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
ヘテロ分子

B: Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6824
ポリマ－28,4922
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area1880 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10240 Å2
手法PISA
3
D: Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
ヘテロ分子

D: Cytotoxic and regulatory T-cell molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6824
ポリマ－28,4922
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area1780 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.020, 116.291, 79.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細ANALYTICAL ULTRA CENTRIFUGATION STUDIES SUGGESTS IT IS DIMER IN SOLUTION.

-
要素

#1: タンパク質
Cytotoxic and regulatory T-cell molecule / Class-I MHC-restricted T-cell-associated molecule


分子量: 14246.207 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRTAM / プラスミド: pET-28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) / 参照: UniProt: O95727
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.49 M Sodium Phosphate, 0.91M Potasium Phosphate pH 6.9, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.551
11K, H, -L20.449
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 23676 / Num. obs: 23676 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.057 / Χ2: 1.369 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.365.60.46211681.436199.8
2.36-2.45.60.36111771.432199.9
2.4-2.455.60.29711911.443199.9
2.45-2.55.70.27511711.387199.9
2.5-2.555.70.23611831.387199.6
2.55-2.615.70.20211701.386199.9
2.61-2.685.70.19111851.411199.7
2.68-2.755.60.16711711.438199.7
2.75-2.835.60.13611861.385199.6
2.83-2.925.60.12511701.435199.6
2.92-3.035.60.10211811.445199.5
3.03-3.155.60.0911861.52199.6
3.15-3.295.50.08111921.555199
3.29-3.475.40.07211901.561199
3.47-3.685.20.06611651.539198.6
3.68-3.975.10.06111881.475198.3
3.97-4.365.30.05211831.334198
4.36-55.20.04511920.914198.3
5-6.295.40.04512030.973197.3
6.29-405.40.04112240.893194.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z9M

1z9m


解像度: 2.3→28.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2319 / WRfactor Rwork: 0.1997 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.6938 / SU B: 8.227 / SU ML: 0.184 / SU R Cruickshank DPI: 0.0598 / SU Rfree: 0.0449 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 1190 5 %RANDOM
Rwork0.1983 ---
all0.2001 23571 --
obs0.2001 23571 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.61 Å2 / Biso mean: 30.1721 Å2 / Biso min: 14.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.73 Å20 Å20 Å2
2---10 Å20 Å2
3---23.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3146 0 20 116 3282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.9644473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6225409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.05425.68125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97815579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.554154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7321.52030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41323347
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9631240
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3134.51124
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 85 -
Rwork0.278 1430 -
all-1515 -
obs--87.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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