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- PDB-5dji: Structure of M. tuberculosis CysQ, a PAP phosphatase with AMP, PO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dji
タイトルStructure of M. tuberculosis CysQ, a PAP phosphatase with AMP, PO4, and 2Mg bound
要素3'-phosphoadenosine 5'-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / CysQ / PAP phosphatase / AMP / magnesium
機能・相同性
機能・相同性情報


Sulfate assimilation / inositol monophosphate phosphatase activity / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / sulfate assimilation / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity ...Sulfate assimilation / inositol monophosphate phosphatase activity / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / sulfate assimilation / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cobalt ion binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate phosphatase / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.659 Å
データ登録者Fisher, A.J. / Erickson, A.I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of Mycobacterium tuberculosis CysQ, with Substrate and Products Bound.
著者: Erickson, A.I. / Sarsam, R.D. / Fisher, A.J.
履歴
登録2015年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2375
ポリマ－30,7471
非ポリマー4914
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area11860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.637, 58.200, 101.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate phosphatase / CysQ / PAP phosphatase / 3'(2') / 5'-bisphosphate nucleotidase / 5-bisphosphonucleoside 3'(2')- ...CysQ / PAP phosphatase / 3'(2') / 5'-bisphosphate nucleotidase / 5-bisphosphonucleoside 3'(2')-phosphohydrolase / D-fructose-1 / 6-bisphosphate 1-phosphohydrolase / DPNPase / Fructose-1 / 6-bisphosphatase / FBPase / Inositol-1-monophosphatase / IMPase / Inositol-1-phosphatase


分子量: 30746.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cysQ, MT2189 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WKJ0, UniProt: P9WKJ1*PLUS, 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase, fructose-bisphosphatase, inositol-phosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.99 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M Bis-Tris-HCl, 35% PEG550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月28日
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.659→38.252 Å / Num. obs: 28723 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.45 % / Rmerge(I) obs: 0.021 / Net I/σ(I): 38.81
反射 シェル解像度: 1.659→1.7 Å / 冗長度: 2.49 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 9.17 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER位相決定
XSCALEJuly 4, 2012データスケーリング
XDSNovember 11, 2013データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5DJF

5djf


解像度: 1.659→38.252 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 14.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1684 1444 5.06 %Random selection
Rwork0.1423 ---
obs0.1436 28723 95.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.659→38.252 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 0 30 295 2251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1292787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.177743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6594-1.68960.2087960.17062021X-RAY DIFFRACTION72
1.6896-1.72210.16361280.15882469X-RAY DIFFRACTION91
1.7221-1.75730.17081130.15062749X-RAY DIFFRACTION97
1.7573-1.79550.21021540.14392633X-RAY DIFFRACTION98
1.7955-1.83720.191500.13792700X-RAY DIFFRACTION98
1.8372-1.88320.18681290.14362689X-RAY DIFFRACTION98
1.8832-1.93410.20221490.14352708X-RAY DIFFRACTION98
1.9341-1.9910.17161380.14612675X-RAY DIFFRACTION98
1.991-2.05530.14981530.13622682X-RAY DIFFRACTION98
2.0553-2.12870.17891180.12752733X-RAY DIFFRACTION98
2.1287-2.2140.16271470.13852669X-RAY DIFFRACTION98
2.214-2.31470.13791400.13262691X-RAY DIFFRACTION98
2.3147-2.43670.17241510.13982681X-RAY DIFFRACTION98
2.4367-2.58940.16911590.15212670X-RAY DIFFRACTION98
2.5894-2.78920.16681580.1492668X-RAY DIFFRACTION98
2.7892-3.06980.17241620.14832682X-RAY DIFFRACTION97
3.0698-3.51380.16941500.13772655X-RAY DIFFRACTION97
3.5138-4.42590.16811370.13022675X-RAY DIFFRACTION97
4.4259-38.26250.14941410.15262672X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29320.3844-0.09721.29670.01080.05620.0539-0.588-0.06130.25460.02270.62740.2804-0.6850.00290.126-0.04840.01080.4030.10110.2936-14.109827.341919.8372
21.18930.21930.34641.7650.05520.7933-0.0029-0.0721-0.02490.02250.037-0.08730.0311-0.0005-0.03360.0503-0.0039-0.00180.06640.00360.05887.905233.036521.8764
30.9538-0.0218-0.58390.7499-0.47220.9601-0.01950.0817-0.0036-0.08460.0343-0.0026-0.0073-0.0309-0.0310.0979-0.0125-0.0160.09090.00780.07884.206137.93496.5889
40.22020.3882-0.52160.6745-0.92981.7329-0.02350.0124-0.0497-0.1391-0.047-0.09110.14660.15530.06140.13730.01380.01530.11610.00050.100413.1130.99273.1188
55.37390.685-2.17652.68261.98315.1547-0.06690.2652-0.1303-0.3984-0.0158-0.17370.49740.06840.05480.385-0.01140.08520.15440.00660.09713.740128.1344-9.1623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -16:17)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 18:123)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 124:164)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 165:249)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 250:267)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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