PDB-4buh: Human IgE against the major allergen Bet v 1 - Crystal structure ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4buh

タイトル

Human IgE against the major allergen Bet v 1 - Crystal structure of clone M0418 scFv

要素

CLONE M0418 SCFV

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / ALLERGEN

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Davies, A.M. / Levin, M. / Lilljekvist, M. / Carlsson, F. / Gould, H.J. / Sutton, B.J. / Ohlin, M.

引用

ジャーナル: Clin.Exp.Allergy / 年: 2014
タイトル: Human Ige Against the Major Allergen Bet V 1 - Defining an Epitope with Limited Cross-Reactivity between Different Pr-10 Family Proteins
著者: Levin, M. / Davies, A.M. / Lilljekvist, M. / Carlsson, F. / Gould, H.J. / Sutton, B.J. / Ohlin, M.

履歴

登録	2013年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Other
改定 2.0	2020年3月11日	Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4buh.cif.gz	213.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4buh.ent.gz	172.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4buh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4buh_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4buh_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	4buh_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	4buh_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/4buh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/4buh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yc1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ap2-2 1ask-d 5q0u-2 6tnp-2 6s2i-1 5mr8-d 1ap2-1 4pi9-d 4z0x-d 1gze-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CLONE M0418 SCFV

B: CLONE M0418 SCFV

ヘテロ分子

57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CLONE M0418 SCFV

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CLONE M0418 SCFV

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.495, 76.420, 70.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.07, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.51519, -0.08823, 0.85252), (-0.08966, -0.99478, -0.04878), (0.85237, -0.05131, -0.52041)
ベクター: -39.0106, 16.01486, 70.77573)

#1: 抗体	CLONE M0418 SCFV 分子量: 28715.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.99 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1M MES PH6.5, 25% PEG 4000, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→27.3 Å / Num. obs: 109350 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS	IN XIA2 PACKAGE	データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YC1

2yc1

解像度: 1.3→27.283 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.91 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SCFV CONSTRUCT IS NUMBERED SEQUENTIALLY.NUMBERS IN THE PUBLICATION ASSOCIATED WITH THIS ENTRY USE THE IMGT STANDARD NUMBERING SYSTEM. IN BOTH MOLECULES, TRP47 ADOPTS AN ALTERNATIVE ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1728	5452	5 %
R_work	0.1453	-	-
obs	0.1467	109029	95.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→27.283 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3537	0	23	409	3969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3864
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.169	5283
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.928	1429
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	558
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	678

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3148	0.2461	177	0.1916	3363	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3148-1.3302	0.2365	178	0.185	3370	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3302-1.3465	0.2092	175	0.173	3316	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3465-1.3635	0.2042	179	0.1621	3399	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3635-1.3814	0.197	176	0.1569	3340	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3814-1.4004	0.1892	178	0.1544	3405	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4004-1.4204	0.1926	177	0.1439	3366	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4204-1.4416	0.1742	179	0.1425	3377	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4416-1.4641	0.1859	179	0.1402	3414	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4641-1.4881	0.1873	178	0.13	3373	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4881-1.5138	0.1675	177	0.1231	3387	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5138-1.5413	0.1479	181	0.1154	3437	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5413-1.5709	0.1575	181	0.114	3423	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5709-1.603	0.154	181	0.116	3432	X-RAY DIFFRACTION	95
1.603-1.6378	0.1644	179	0.1164	3418	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6378-1.6759	0.1893	182	0.1188	3457	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6759-1.7178	0.1598	181	0.118	3450	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7178-1.7643	0.1578	183	0.12	3456	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7643-1.8162	0.1511	183	0.1204	3482	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8162-1.8748	0.1534	182	0.1223	3469	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8748-1.9418	0.1643	184	0.1259	3484	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9418-2.0195	0.1556	187	0.1234	3553	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0195-2.1114	0.1438	183	0.126	3484	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1114-2.2226	0.1656	185	0.1354	3503	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2226-2.3618	0.2099	184	0.1456	3506	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3618-2.5441	0.163	187	0.1545	3556	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5441-2.7999	0.1857	188	0.1752	3570	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7999-3.2045	0.1753	189	0.17	3570	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2045-4.0352	0.1846	188	0.1535	3587	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0352-27.2892	0.1636	191	0.1568	3630	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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