PDB-3m45: Crystal structure of Ig1 domain of mouse SynCAM 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m45

タイトル

Crystal structure of Ig1 domain of mouse SynCAM 2

要素

Cell adhesion molecule 2

キーワード

CELL ADHESION / Ig fold / dimer / disulfide bond / glycoprotein / immunoglobulin domain / membrane / transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Adherens junctions interactions / cell adhesion / axon / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Yue, L. / Modis, Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: N-glycosylation at the SynCAM (synaptic cell adhesion molecule) immunoglobulin interface modulates synaptic adhesion.
著者: Fogel, A.I. / Li, Y. / Giza, J. / Wang, Q. / Lam, T.T. / Modis, Y. / Biederer, T.

履歴

登録	2010年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3m45.ent.gz	147.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3m45_validation.pdf.gz	476.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m45_full_validation.pdf.gz	490.9 KB	表示
XML形式データ	3m45_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	3m45_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/3m45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/3m45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z9mS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2kxf-d 4h5s-d 6ehw-d 5lve-1 5dir-1 4z3t-2 4z3t-1 3rbg-1 4lve-d 6nrq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (2)
#99 - 2008年3月
カドヘリン (Cadherin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
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ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (2)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cell adhesion molecule 2

B: Cell adhesion molecule 2

C: Cell adhesion molecule 2

D: Cell adhesion molecule 2

ヘテロ分子

49.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Cell adhesion molecule 2

D: Cell adhesion molecule 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cell adhesion molecule 2

C: Cell adhesion molecule 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.847, 50.528, 79.851
Angle α, β, γ (deg.)	75.91, 77.02, 65.18
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Cell adhesion molecule 2 / Immunoglobulin superfamily member 4D / IgSF4D / Nectin-like protein 3 / NECL-3

分子量: 11935.353 Da / 分子数: 4 / 断片: Ig1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cadm2, Igsf4d, Necl3, SynCAM 2 / プラスミド: pCMVIG9 / Cell (発現宿主): Embryonic Kidney Cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8BLQ9

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

配列の詳細

THE DEPOSITED SEQUENCE CORRESPONDS TO THE SEQUENCE OF ISOFORM 2 OF THE UNIPROT ENTRY Q8BLQ9

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.04 %
結晶化	温度: 293 K 詳細: 0.1 M HEPES, pH 6.5-7.0, 21% PEG5000 monomethyl ether, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K PH範囲: 6.5-7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.03848
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03848 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 27498 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 30.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 15.27
反射シェル	解像度: 2.21→2.26 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / % possible all: 64.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.6.0031	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: A MONOMER OF HUMAN SYNCAM 3 (NECTIN-LIKE MOLECULE 1) IG1, PROTEIN DATA BANK CODE 1Z9M

1z9m

解像度: 2.21→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 13.049 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	1383	5 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.2	26095	94 %	-
all	-	29225	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.012 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.96 Å²	-0.42 Å²	1.46 Å²
2-	-	2.52 Å²	-3.35 Å²
3-	-	-	0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3099	0	98	192	3389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	3266
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.234	1.987	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.3	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.183	25.245	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.302	15	532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.604	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.161	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.971	1.5	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.794	2	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.619	3	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.023	4.5	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.21→2.27 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	62	-
R_work	0.24	1346	-
obs	-	-	65.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4336	4.8902	-0.1213	7.6624	4.5202	6.4308	0.1911	-0.2898	0.7348	-0.0149	-0.3593	0.6942	-0.245	-0.0756	0.1682	0.1306	0.051	-0.0252	0.22	-0.0051	0.1581	-7.125	-19.224	-1.051
2	28.4368	0.548	1.1182	4.698	2.7216	3.1609	0.1555	-0.0965	0.3276	0.0464	-0.1134	-0.0094	-0.0872	-0.0502	-0.0422	0.2123	-0.0009	-0.0148	0.1793	0.0188	0.1793	11.194	-9.385	0.627
3	3.4161	1.5971	2.787	1.0076	1.4868	2.8178	-0.116	-0.5636	-0.0751	-0.1226	0.0145	-0.1745	0.0238	-0.0663	0.1016	0.1851	0.0449	0.0495	0.4509	0.021	0.2867	12.045	-16.454	1.253
4	15.6294	8.9221	-1.0526	6.4143	-1.284	0.6478	0.2021	-0.6049	0.5405	0.4555	-0.0726	0.14	-0.2046	-0.0008	-0.1295	0.1446	0.0274	-0.0237	0.2402	-0.0634	0.2234	-5.569	-23.399	2.577
5	9.8231	2.6365	-4.7365	0.8735	-1.3609	6.5914	-0.1706	-0.0144	-0.3509	-0.203	-0.0181	0.0238	0.3479	-0.401	0.1887	0.1958	-0.0115	-0.0432	0.2371	-0.0425	0.1806	-3.733	-28.889	-5.246
6	5.3789	2.7204	-4.1365	1.978	-3.6945	9.6553	0.0275	0.7265	0.2082	-0.1739	0.4024	0.1655	-0.1491	-0.4508	-0.4298	0.2393	-0.0325	-0.014	0.2277	-0.0042	0.1334	6.631	-17.753	-10.159
7	5.7354	1.9632	0.1762	8.9761	-6.3868	17.3246	-0.0978	0.3759	0.216	-0.1718	0.2442	0.0714	-0.3823	-0.3469	-0.1464	0.1081	-0.0043	0.0182	0.2012	-0.0322	0.132	7.981	-22.28	-11.472
8	13.5468	0.9232	4.4283	3.25	0.4315	6.7778	-0.0726	-0.3226	-0.9692	0.1985	0.0937	0.038	0.6287	-0.2467	-0.021	0.1841	0.0002	-0.0128	0.1807	-0.0309	0.1978	6.229	-30.557	-7.085
9	6.2453	4.2468	6.9906	3.8236	4.6291	8.2661	-0.1927	0.3321	-0.4761	-0.788	0.4908	-0.831	-0.1265	0.7496	-0.2981	0.4739	-0.0317	0.3012	0.4522	-0.072	0.4286	16.399	-25.444	-10.563
10	6.4174	3.1293	-3.5969	5.9865	-3.0925	9.0811	0.1403	0.2696	-0.2157	0.0852	0.0518	-0.276	-0.1601	0.1108	-0.192	0.0544	0.0222	-0.015	0.2102	-0.0208	0.1551	14.401	-23.592	-2.38
11	17.1301	6.7096	-4.4505	4.9739	0.2123	3.2148	0.2457	-0.6353	-0.4348	0.5302	-0.1573	-0.2056	0.2098	-0.0493	-0.0884	0.175	0.0373	0.0184	0.2803	0.0621	0.1971	-0.325	-29.497	2.601
12	14.3897	4.6962	-0.416	5.8912	-0.0407	0.9274	0.1732	-0.13	0.1841	0.1648	-0.1062	0.0871	-0.113	0.063	-0.067	0.1482	0.0121	-0.0049	0.1612	-0.0001	0.1376	7.758	-22.358	-0.211
13	2.3849	0.1161	1.281	17.8791	-4.0521	11.1236	0.0002	0.3133	0.1558	0.074	-0.1831	-0.4267	-0.1169	0.3482	0.1828	0.1715	-0.0266	0.0262	0.2283	-0.0255	0.2138	19.063	-12.544	-5.345
14	16.3516	8.0748	-1.5202	6.8208	-0.5929	2.0071	0.0378	0.2582	0.607	-0.1663	-0.022	0.137	-0.284	0.0798	-0.0157	0.1956	-0.0042	-0.0115	0.2246	0.0131	0.1374	7.376	-12.988	-8.04
15	5.6441	-1.2615	-1.5591	7.4986	-1.9079	7.6636	0.056	0.7212	-0.3787	-0.5694	-0.0287	0.2125	-0.1848	-0.6483	-0.0274	0.0983	-0.0086	-0.0406	0.2554	-0.0214	0.0993	-7.036	-24.896	-9.286
16	5.374	1.2042	3.8908	1.191	1.3653	5.9692	-0.1674	0.2437	0.491	-0.3916	-0.0866	0.3361	-0.3955	-0.2311	0.254	0.169	0.0296	-0.0435	0.3593	-0.0294	0.2258	-4.997	-17.512	-8.298
17	6.2171	0.4751	0.1148	2.8325	-0.5887	1.6823	0.0248	-0.0406	0.9905	0.079	-0.0527	0.1197	-0.4832	0.1029	0.0279	0.1478	-0.0408	0.0251	0.2398	-0.0123	0.3039	14.825	-5.509	-2.161
18	9.148	-2.6055	2.662	9.7594	2.5305	4.9496	0.189	-0.0196	-0.6823	0.006	-0.2262	0.7712	0.1815	0.0913	0.0372	0.1161	-0.0597	0.014	0.2677	-0.0004	0.134	-28.461	-36.597	7.603
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61	20.5676	-5.7292	4.8077	2.5013	0.8344	8.7943	0.2506	-0.0598	-1.2123	0.0805	-0.0609	0.0389	0.7069	-0.116	-0.1897	0.2887	0.0143	0.0092	0.2884	0.0002	0.4507	8.188	-41.262	-20.772
62	18.3837	-7.4581	6.0718	6.3407	-2.7003	4.8362	0.2375	0.9212	-0.2841	-0.3013	-0.0888	0.1802	0.2231	-0.0766	-0.1488	0.2081	-0.023	0.006	0.2852	-0.0419	0.1328	-0.269	-35.389	-24.769
63	8.7147	-0.0522	0.8625	41.4762	-6.5393	9.8624	0.3447	0.1836	0.188	-0.1103	-0.4282	1.0145	0.1298	-0.2796	0.0836	0.2339	0.0294	-0.0036	0.4281	-0.1019	0.1802	-12.208	-25.928	-29.448
64	16.6641	1.7441	5.7696	5.4752	-0.6143	6.2535	-0.0053	0.4106	0.6981	-0.3937	-0.103	0.1089	-0.3202	0.0781	0.1082	0.2625	0.0192	0.023	0.3205	-0.0464	0.1086	-0.668	-23.582	-27.994
65	7.8879	-0.5538	-4.0544	9.0382	-1.3476	2.58	0.0148	-0.4372	0.0549	-0.0903	0.0491	-0.8588	0.0979	0.3232	-0.0639	0.1597	0.0142	-0.0208	0.3838	-0.0714	0.2612	15.132	-27.966	-17.999
66	5.174	0.4827	-1.2182	1.709	1.0302	1.6565	-0.2616	0.853	0.3392	-0.3322	0.3876	0.2761	-0.3603	0.5719	-0.1259	0.3328	-0.1625	0.0262	0.7603	-0.0257	0.165	10.789	-25.317	-25.36
67	9.4784	-5.8842	0.1868	10.25	-4.1955	3.4167	0.0074	0.4142	0.5227	-0.5807	-0.1168	0.3548	-0.1686	-0.3471	0.1094	0.4811	0.0765	-0.2957	0.4979	-0.1498	0.3804	-5.661	-24.304	-35.589

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	46 - 52
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	53 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	59 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	70 - 74
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	75 - 79
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	80 - 84
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	85 - 89
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	90 - 94
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	95 - 100
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	101 - 106
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	107 - 113
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	114 - 118
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	119 - 125
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	126 - 133
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	33 - 38
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	39 - 44
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	45 - 52
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	53 - 57
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	58 - 64
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	65 - 69
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	70 - 74
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	75 - 79
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	80 - 84
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	85 - 89
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	90 - 95
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	96 - 101
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	102 - 107
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	108 - 116
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	117 - 122
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	123 - 127
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	128 - 133
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	34 - 39
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	40 - 46
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	47 - 53
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	54 - 58
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	59 - 64
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	65 - 69
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	70 - 74
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	75 - 79
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	80 - 84
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	85 - 89
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	90 - 96
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	97 - 103
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	104 - 109
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	110 - 114
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	115 - 119
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	120 - 125
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	126 - 130
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	36 - 42
53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	43 - 49
54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	50 - 54
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56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	60 - 67
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66	X-RAY DIFFRACTION	66	D	120 - 125
67	X-RAY DIFFRACTION	67	D	126 - 131

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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