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- PDB-3qxv: Structure of an Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH Antibody in Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qxv
タイトルStructure of an Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH Antibody in Complex with Methotrexate
要素Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH
キーワードIMMUNE SYSTEM / Camelid Single Domain Antibody / Heavy Chain Only / VHH / Antibody / Anti-Hapten Antibody / CDR / Hapten Binding / Small Molecule Sensing / Ligand Binding / Low Molecular Weight Compound / Methotrexate
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / METHOTREXATE
機能・相同性情報
生物種Lama Glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fanning, S.W. / Horn, J.R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: An anti-hapten camelid antibody reveals a cryptic binding site with significant energetic contributions from a nonhypervariable loop.
著者: Fanning, S.W. / Horn, J.R.
履歴
登録2011年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Structure summary
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH
B: Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH
C: Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH
D: Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH
E: Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,46714
ポリマ－68,8115
非ポリマー2,6569
水95553
1
A: Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3133
ポリマ－13,7621
非ポリマー5512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4094
ポリマ－13,7621
非ポリマー6473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3133
ポリマ－13,7621
非ポリマー5512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2172
ポリマ－13,7621
非ポリマー4541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2172
ポリマ－13,7621
非ポリマー4541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.669, 57.605, 131.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21B
31C
41A
51D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114E1 - 129
2114B1 - 129
3114C1 - 129
4114A1 - 129
5114D1 - 129

-
要素

#1: 抗体
Anti-Methotrexate CDR1-4 Graft VHH


分子量: 13762.164 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama Glama (ラマ) / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-MTX / METHOTREXATE


分子量: 454.439 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Lithium Sulfate Monohydrate, 0.1M Tris. 25% w/v PEG 3,350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR 225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 37495 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.73

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 17.457 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27855 1859 5 %RANDOM
Rwork0.22955 ---
obs0.23209 35361 98.75 %-
all-37250 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.323 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.31 Å20 Å21.09 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----5.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4688 0 173 53 4914
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0214964
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9726716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8845592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.84422.444225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.82815755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8361550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9431.52992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53624742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.37531972
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2644.51974
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 882 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1EMEDIUM POSITIONAL0.580.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.390.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.40.5
4AMEDIUM POSITIONAL0.390.5
5DMEDIUM POSITIONAL0.380.5
1EMEDIUM THERMAL0.962
2BMEDIUM THERMAL2.312
3CMEDIUM THERMAL1.552
4AMEDIUM THERMAL1.312
5DMEDIUM THERMAL1.012
LS精密化 シェル解像度: 2.111→2.165 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 114 -
Rwork0.31 2291 -
obs--87.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9912-0.5987-0.75754.01761.42573.8161-0.03080.1508-0.03840.4581-0.22240.160.3216-0.40830.25320.2134-0.11060.02410.3285-0.03470.2658-16.424124.6596-34.8322
22.49230.30720.02214.0559-1.25723.94830.04880.1663-0.2811-0.1609-0.1867-0.0985-0.48910.00390.13780.09210.02540.00050.351-0.01660.3262-8.261215.0037-60.8083
34.2293-1.61260.88952.9576-0.91672.5445-0.02240.25430.06670.1813-0.067-0.11750.18540.21030.08940.148-0.04270.00560.2391-0.00520.27726.4528-2.8081-43.6551
43.4083-0.79521.27183.6851-0.6516.431-0.1173-0.23590.06110.44450.0318-0.1825-0.1979-0.13520.08550.4788-0.0313-0.0330.3013-0.00840.247614.9571-12.9311-17.8666
53.33810.15960.46424.4918-1.62068.2303-0.16150.0178-0.00070.3519-0.1988-0.3877-0.02091.38350.36030.9127-0.1488-0.01530.63650.05760.2968-5.750920.6188-8.9453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 131
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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