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Yorodumi- PDB-3qhd: Crystal structure of 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qhd | ||||||
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Title | Crystal structure of 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE Synthase from BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI bound to CYTIDINE, FOL795 and FOL955 | ||||||
Components | 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase | ||||||
Keywords | LYASE / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID / ISPF / CYTIDINE / FOL795 / FOL955 / MEP PATHWAY / METAL-BINDING | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia pseudomallei (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: J Struct Funct Genomics / Year: 2011 Title: Leveraging structure determination with fragment screening for infectious disease drug targets: MECP synthase from Burkholderia pseudomallei. Authors: Begley, D.W. / Hartley, R.C. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Leonard, J.T. / Abendroth, J. / Burris, C.A. / Bhandari, J. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Stewart, L.J. #1: Journal: Plos One / Year: 2013 Title: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qhd.cif.gz | 202.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qhd.ent.gz | 161.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qhd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3qhd_validation.pdf.gz | 490.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3qhd_full_validation.pdf.gz | 492.9 KB | Display | |
Data in XML | 3qhd_validation.xml.gz | 23.4 KB | Display | |
Data in CIF | 3qhd_validation.cif.gz | 33.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3f0dC 3f0eC 3f0gC 3ieqC 3iewC 3ikeC 3ikfC 3jvhC 3k14C 3k2xC 3mbmSC 3p0zC 3p10C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 19487.109 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia pseudomallei (bacteria) / Strain: 1710b / Gene: ispF, BURPS1710b_2511 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q3JRA0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase |
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-Non-polymers , 7 types, 393 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MSR / | #6: Chemical | ChemComp-795 / | #7: Chemical | ChemComp-K / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 39.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: BupsA.00122.a.A1 W29971. 27 MG/ML PROTEIN IN 20% PEG 4000, 100 MM TRIS, 200 MM NACL, 5 MM ZNCL2. CRYSTALS SOAKED IN 25 MM LIGANDS IN SAME BUFFER FOR 3 WEEKS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...Details: BupsA.00122.a.A1 W29971. 27 MG/ML PROTEIN IN 20% PEG 4000, 100 MM TRIS, 200 MM NACL, 5 MM ZNCL2. CRYSTALS SOAKED IN 25 MM LIGANDS IN SAME BUFFER FOR 3 WEEKS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.54178 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Oct 31, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→20 Å / Num. obs: 50822 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.006 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 30.36 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3MBM Resolution: 1.7→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.1786 / WRfactor Rwork: 0.1518 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8899 / SU B: 3.576 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0955 / SU Rfree: 0.093 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.093 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.69 Å2 / Biso mean: 22.0549 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→19.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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