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- PDB-6v3m: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v3m | ||||||
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Title | Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase (IspF) Burkholderia pseudomallei in compomplex with ligand HGN-0961 (BSI110840) | ||||||
![]() | 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase | ||||||
![]() | LYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Burkholderia pseudomallei / 2-C-methyl-D-erythritol 2 / 4-cyclodiphosphate synthase / HGN-0961 | ||||||
Function / homology | ![]() 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase (IspF) Burkholderia pseudomallei in compomplex with ligand HGN-0961 (BSI110840) Authors: Abendroth, J. / Yano, J.K. / Pierce, P.G. / Horn, J.R. / Hagen, T.J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 252.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 167.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 436.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 438.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3qhdS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 19487.109 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 1710b / Gene: ispF, BURPS1710b_2511 Production host: ![]() ![]() Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q3JRA0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase |
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-Non-polymers , 6 types, 480 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/QOG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MLT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/QOG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MLT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-DMS / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MLT / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Bups122_opt3 screen: 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.4, 200mM ammonium acetate, 27% (w/V) PEG 3350: BupsA.00122.a.A1.PW28612 at 14.33mg/ml plus 1mM ZnCl2 and 10mM compound HGN- ...Details: Bups122_opt3 screen: 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.4, 200mM ammonium acetate, 27% (w/V) PEG 3350: BupsA.00122.a.A1.PW28612 at 14.33mg/ml plus 1mM ZnCl2 and 10mM compound HGN-0961/BSI110840: soaked over night with reservoir and 25mM compound: cryo: 20% EG + soak buffer: tray 310506a10: puck bno0-4. The ligand description was generated from a smiles string using phenix elbow. The ligand structure was minimized using GAMESS with the 3-21G basis. Restraints were extracted using phenix.elbow |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Nov 7, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→50 Å / Num. obs: 67221 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 11.388 % / Biso Wilson estimate: 23.959 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rrim(I) all: 0.027 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 49.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3qhd Resolution: 1.55→44.39 Å / SU ML: 0.1343 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.4689 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→44.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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