PDB-3p0z: Crystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p0z

タイトル

Crystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Burkholderia pseudomallei with cytidine and FOL955, 4-(1H-imidazol)-1-yl)phenol

要素

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

キーワード

LYASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / IspF / cytidine / FOL955 / MEP pathway / isoprene biosynthesis / MSR / metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2011
タイトル: Leveraging structure determination with fragment screening for infectious disease drug targets: MECP synthase from Burkholderia pseudomallei.
著者: Begley, D.W. / Hartley, R.C. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Leonard, J.T. / Abendroth, J. / Burris, C.A. / Bhandari, J. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Stewart, L.J.

履歴

登録	2010年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p0z.cif.gz	197 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p0z.ent.gz	158 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p0z_validation.pdf.gz	480.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p0z_full_validation.pdf.gz	483.7 KB	表示
XML形式データ	3p0z_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	3p0z_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/3p0z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f0dC 3f0eC 3f0gC 3ieqC 3iewC 3ikeC 3ikfC 3jvhC 3k14C 3k2xC 3mbmC 3p10C 3qhdC 3ke1 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iew-d 3ieq-d 3k2x-d 3ikf-d 3f0d-1 3p10-d 3f0e-d 5l12-d 3t80-1 3k14-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BupsA.00122.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

ヘテロ分子

59.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.550, 67.630, 59.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.99, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS / MECDP-synthase 分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: ispF, BURPS1710b_2511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q3JRA0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

#1: タンパク質

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS / MECDP-synthase

分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ispF, BURPS1710b_2511 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3JRA0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 6種, 282分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-MSR / 4-(1H-IMIDAZOL-1-YL)PHENOL 分子量: 160.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₂O
#5: 化合物	ChemComp-CTN / 4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / CYTIDINE 分子量: 243.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₃O₅
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 27 mg/mL protein in 20% PEG 4000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 5 mM ZnCl2. Crystals soaked in 25 mM cytidine and FOLMSR in same buffer for 3 weeks., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 33803 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17.91

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2	0.426	2.1	1	97.5
2-2.06	0.332	2.6	1	99.4
2.06-2.12	0.234	3.9	1	98.8
2.12-2.18	0.204	5.1	1	100
2.18-2.25	0.232	5.9	1	99.5
2.25-2.33	0.262	7.3	1	96.9
2.33-2.42	0.17	8.5	1	99.7
2.42-2.52	0.185	9.8	1	98.7
2.52-2.63	0.134	12.2	1	99
2.63-2.76	0.097	14.1	1	99.5
2.76-2.91	0.094	17.3	1	99.5
2.91-3.08	0.06	22.7	1	100
3.08-3.3	0.07	25.5	1	99.2
3.3-3.56	0.041	35.4	1	100
3.56-3.9	0.03	43.9	1	99.7
3.9-4.36	0.026	50.5	1	99.9
4.36-5.03	0.022	57.2	1	99.6
5.03-6.17	0.023	53.6	1	99.8
6.17-8.72	0.022	56.7	1	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→19.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.275 / SU ML: 0.085 / SU R Cruickshank DPI: 0.1454 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19102	1712	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15226	-	-	-
obs	0.15425	32038	99.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.989 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3402	0	68	273	3743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.995	4848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.949	3	5720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.692	5	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.397	23.072	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.954	15	538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.441	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.731	1.5	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.228	1.5	956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.209	2	3622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.116	3	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.057	4.5	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	118	-
R_work	0.237	2328	-
obs	-	-	97.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0163	0.4781	0.4397	1.7971	0.6358	2.236	-0.044	0.0931	0.1618	-0.1807	0.042	0.0264	-0.1246	0.108	0.002	0.0754	0.0095	-0.0198	0.039	0.0188	0.0824	12.2132	-34.8845	-13.505
2	3.2874	0.2869	0.0193	3.4189	-0.4944	0.7614	-0.0207	-0.2445	0.5988	0.2069	-0.1034	0.1398	-0.3429	-0.0775	0.1241	0.1967	0.012	-0.0126	0.0988	-0.0692	0.2072	8.2779	-25.2723	-1.9267
3	1.6071	-0.1886	0.9585	0.0145	0.8237	3.408	-0.0613	0.1442	0.0366	0.0244	-0.0205	0.0798	-0.025	-0.0813	0.0818	0.0931	-0.0058	0.0087	0.061	0.0178	0.0913	5.9556	-35.8663	-17.7926
4	3.6161	3.0253	7.9866	-5.6269	6.2899	19.8951	0.0408	0.8227	0.5314	0.1291	-0.2679	-0.1514	-0.6236	-1.5328	0.227	0.4442	0.1686	-0.0589	0.6287	0.0978	0.5236	-3.3162	-24.8798	-16.905
5	1.8415	0.2302	0.4292	0.8513	-0.2915	1.3992	0.0421	-0.0206	-0.0262	0.0011	0.0336	0.0309	0.0823	-0.0993	-0.0758	0.0694	0.0008	0.0195	0.0207	0.0118	0.0328	5.7105	-39.6873	-9.8431
6	1.9391	-0.2802	-1.2802	3.6227	-0.7829	1.7324	0.0467	-0.1965	-0.1164	0.2341	0.0484	-0.0992	0.1454	0.1092	-0.0951	0.1005	0.0122	0.0016	0.0741	0.0106	0.0646	7.5112	-40.679	-0.0906
7	2.5548	2.0297	-0.1315	3.5653	-0.4099	1.2568	0.0296	-0.1661	0.0165	0.1612	-0.085	-0.0938	-0.01	0.1386	0.0553	0.0973	0.0082	-0.0084	0.0417	-0.003	0.0645	18.4054	-36.1794	-4.5712
8	2.6291	2.6948	1.4499	7.0143	2.7237	2.371	-0.0769	0.0764	0.0193	-0.0739	0.0628	0.001	0.0378	0.0731	0.014	0.0744	0.0068	0.0047	0.0262	0.0169	0.044	13.2873	-39.3087	-13.3653
9	3.4592	2.0115	3.9105	5.331	2.7005	11.0537	0.4301	0.8499	-0.6447	0.4669	-0.075	0.0973	0.7557	-0.0973	-0.3551	0.2027	0.0717	-0.0216	0.1655	-0.1757	0.2856	20.4691	-57.4014	-19.0988
10	2.2057	0.3656	1.1748	3.3232	-0.1599	2.0239	-0.2636	0.7242	0.4297	-0.1968	0.1454	-0.1305	-0.3142	0.4968	0.1182	0.0945	-0.1048	0.0322	0.3538	0.1484	0.1462	24.2532	-28.8782	-30.3723
11	9.6961	10.7404	9.2409	14.8024	-7.8376	9.0561	-0.3586	0.9782	0.6067	0.1301	-0.1014	-0.1157	-0.1983	0.8458	0.46	0.1841	-0.1643	0.0378	0.5794	0.2688	0.2303	26.7947	-24.7277	-32.2281
12	3.069	-0.1862	0.8762	1.6904	-1.1383	0.2643	-0.0298	0.6934	-0.0297	-0.3592	0.0291	-0.247	0.2294	0.3413	0.0007	0.1355	0.0474	0.0572	0.3842	-0.0642	0.1043	27.4807	-43.1126	-26.6354
13	18.169	-2.8316	1.5671	2.2289	0.3498	3.4349	-0.4227	1.2228	0.7682	-0.0643	0.2016	-0.5297	-0.6231	-0.1876	0.2211	0.317	0.0187	0.1199	0.5557	-0.0632	0.308	31.3735	-42.7288	-33.2807
14	5.805	1.9276	-0.1278	0.4009	-2.0556	6.0971	0.0667	1.0121	-0.4264	-0.1716	-0.2271	-0.4135	0.1718	0.8551	0.1603	0.2303	0.1126	0.0812	0.5261	-0.1789	0.2069	26.2202	-51.2548	-32.5255
15	1.9086	0.3039	1.2087	1.5085	0.4835	1.5534	-0.0782	0.425	0.1884	-0.0958	-0.0015	0.073	-0.0986	0.3317	0.0797	0.0608	-0.0227	0.0156	0.1485	0.0477	0.0446	16.1216	-34.6539	-26.0242
16	0.5054	1.2775	1.6024	7.0679	-2.8863	4.3323	0.2789	0.5816	-0.3671	-0.0833	0.0013	-0.0928	0.723	0.4018	-0.2802	0.1831	0.1565	-0.0711	0.1738	-0.1497	0.1496	19.2289	-55.982	-24.0201
17	5.0378	2.853	0.165	4.2507	-0.2059	0.7491	0.0742	0.117	-0.0854	0.1581	0.0147	-0.1383	0.0871	0.1774	-0.0889	0.1127	0.0462	-0.0025	0.0575	-0.0154	0.0609	25.4468	-42.2599	-7.9763
18	2.9012	-0.5025	-0.098	9.7169	2.2483	3.3762	0.0268	-0.1939	0.2454	0.4173	-0.1053	-0.8312	-0.154	0.4349	0.0784	0.0909	0.0158	-0.0761	0.1791	0.0126	0.2366	42.048	-37.6794	-5.9122
19	1.8063	-0.5492	1.1155	0.7183	-0.2354	0.817	0.0506	-0.0576	-0.1632	0.2062	0.046	-0.1259	0.0628	0.009	-0.0966	0.1546	0.0453	-0.0258	0.0815	0.0105	0.1201	25.2225	-45.7813	-4.0234
20	29.0151	0.3819	-7.1867	2.1375	-0.3457	6.0908	-0.1884	-2.7772	0.7511	0.6492	0.2918	-0.3385	-0.0677	0.422	-0.1034	0.3789	0.078	-0.1072	0.3349	-0.0754	0.2086	29.3278	-45.5549	5.3747
21	1.3618	-0.1627	0.3191	1.2294	-0.8044	1.7213	0.0556	0.0196	-0.2824	0.0793	0.0179	-0.113	0.1901	0.1792	-0.0735	0.1089	0.0726	-0.0256	0.0592	-0.0044	0.1146	28.0015	-50.7849	-5.6131
22	2.3668	-0.0175	0.705	4.9838	-1.0233	2.0197	0.1637	0.453	-0.174	-0.2771	-0.2507	-0.3794	0.257	0.4631	0.0871	0.1012	0.1143	0.0276	0.1895	0.0085	0.1611	38.8319	-47.757	-13.4508
23	2.525	0.0541	0.5645	2.9988	0.0297	1.4531	-0.0816	0.4018	0.0169	-0.0433	0.0702	-0.2395	0.0665	0.4582	0.0114	0.051	0.0246	0.0068	0.1605	0.0082	0.0585	31.7412	-39.8044	-15.1383
24	26.7025	13.4244	-8.6147	15.6621	-2.7696	8.4423	0.5149	-0.5954	-1.3535	1.1269	-0.4358	-0.4196	0.6058	-0.1663	-0.0791	0.3079	0.0206	-0.0475	0.0463	0.0431	0.2183	16.7273	-58.4664	-7.9119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	39 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	65 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	73 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	109 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	123 - 145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	146 - 158
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 5
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	6 - 29
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	30 - 38
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	39 - 60
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	61 - 76
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	77 - 93
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	94 - 153
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	154 - 159
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	1 - 17
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	18 - 39
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	40 - 58
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	59 - 74
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	75 - 103
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	104 - 122
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	123 - 154
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	155 - 159

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 6種, 282分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-非ポリマー , 6種, 282分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 6種, 282分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)