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- PDB-3p0z: Crystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3p0z | ||||||
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Title | Crystal structure of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Burkholderia pseudomallei with cytidine and FOL955, 4-(1H-imidazol)-1-yl)phenol | ||||||
![]() | 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase | ||||||
![]() | LYASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / IspF / cytidine / FOL955 / MEP pathway / isoprene biosynthesis / MSR / metal-binding | ||||||
Function / homology | ![]() 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Leveraging structure determination with fragment screening for infectious disease drug targets: MECP synthase from Burkholderia pseudomallei. Authors: Begley, D.W. / Hartley, R.C. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Leonard, J.T. / Abendroth, J. / Burris, C.A. / Bhandari, J. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Stewart, L.J. #1: ![]() Title: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 483.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.3 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3f0dC ![]() 3f0eC ![]() 3f0gC ![]() 3ieqC ![]() 3iewC ![]() 3ikeC ![]() 3ikfC ![]() 3jvhC ![]() 3k14C ![]() 3k2xC ![]() 3mbmC ![]() 3p10C ![]() 3qhdC C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 19487.109 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q3JRA0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase |
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-Non-polymers , 6 types, 282 molecules ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MSR.gif)
![](data/chem/img/CTN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MSR.gif)
![](data/chem/img/CTN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CL / | ||||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MSR / | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-K / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 27 mg/mL protein in 20% PEG 4000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 5 mM ZnCl2. Crystals soaked in 25 mM cytidine and FOLMSR in same buffer for 3 weeks., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Aug 31, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→20 Å / Num. obs: 33803 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.989 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→19.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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