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- PDB-3qhd: Crystal structure of 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qhd
タイトルCrystal structure of 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE Synthase from BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI bound to CYTIDINE, FOL795 and FOL955
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID / ISPF (ISPF) / CYTIDINE (シチジン) / FOL795 / FOL955 / MEP PATHWAY (非メバロン酸経路) / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(pyridin-3-yl)-1,3-thiazole-4-carbaldehyde / 4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / : / 4-(1H-IMIDAZOL-1-YL)PHENOL / 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用
ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2011
タイトル: Leveraging structure determination with fragment screening for infectious disease drug targets: MECP synthase from Burkholderia pseudomallei.
著者: Begley, D.W. / Hartley, R.C. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Leonard, J.T. / Abendroth, J. / Burris, C.A. / Bhandari, J. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Stewart, L.J.
#1: ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2011年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,81213
ポリマ－58,4613
非ポリマー1,35110
水6,900383
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.820, 67.950, 60.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.300, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / MECDP-synthase / MECPS


分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ispF, BURPS1710b_2511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3JRA0, 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ

-
非ポリマー , 7種, 393分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CTN / 4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / CYTIDINE / シチジン / シチジン


分子量: 243.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O5
#5: 化合物 ChemComp-MSR / 4-(1H-IMIDAZOL-1-YL)PHENOL / 4-(1H-イミダゾ-ル-1-イル)フェノ-ル


分子量: 160.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8N2O
#6: 化合物 ChemComp-795 / 2-(pyridin-3-yl)-1,3-thiazole-4-carbaldehyde


分子量: 190.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2OS
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: BupsA.00122.a.A1 W29971. 27 MG/ML PROTEIN IN 20% PEG 4000, 100 MM TRIS, 200 MM NACL, 5 MM ZNCL2. CRYSTALS SOAKED IN 25 MM LIGANDS IN SAME BUFFER FOR 3 WEEKS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: BupsA.00122.a.A1 W29971. 27 MG/ML PROTEIN IN 20% PEG 4000, 100 MM TRIS, 200 MM NACL, 5 MM ZNCL2. CRYSTALS SOAKED IN 25 MM LIGANDS IN SAME BUFFER FOR 3 WEEKS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 50822 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.006 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 30.36
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.7-1.740.1255.595187306680.5
1.74-1.790.0986.686923365598
1.79-1.840.0817.947125361099
1.84-1.90.0758.827156350699.6
1.9-1.960.06711.017165335798.9
1.96-2.030.05313.557425331399.8
2.03-2.110.04617.387279316198.2
2.11-2.190.03723.968613303099.2
2.19-2.290.03827.68873288798
2.29-2.40.03131.79447282999.4
2.4-2.530.02836.989476267499.7
2.53-2.690.02641.539693251699.4
2.69-2.870.02547.5810882241499.3
2.87-3.10.02255.310830218999.4
3.1-3.40.0262.0110266206899.8
3.4-3.80.01870.349106185899.5
3.8-4.390.01875.147870161799.3
4.39-5.380.01779.626919140899.9
5.38-7.60.01778.745313109499.9
7.60.01979.28247557092.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3MBM

3mbm


解像度: 1.7→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.1786 / WRfactor Rwork: 0.1518 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8899 / SU B: 3.576 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0955 / SU Rfree: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1864 2590 5.1 %RANDOM
Rwork0.1569 ---
obs0.1584 50777 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.69 Å2 / Biso mean: 22.0549 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3457 0 81 383 3921
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.9924921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2425473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.80222.839155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43815548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9041537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5921.52332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00523683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6931289
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6594.51236
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 142 -
Rwork0.219 2898 -
all-3040 -
obs--80.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70290.17410.32411.6960.4851.7666-0.03580.15780.1601-0.1811-0.01590.0458-0.18110.08460.05170.0662-0.0127-0.01340.03760.02970.07811.7791-33.9065-12.5228
21.62980.09370.19360.70510.47571.3754-0.07190.05420.21-0.0454-0.03480.0663-0.12-0.02340.10660.0841-0.0089-0.00220.02250.02720.08397.3638-31.9325-10.6553
30.4748-0.549-3.23217.44822.837422.14520.19970.3003-0.0126-0.6229-0.29240.2453-1.3155-1.99790.09270.25320.1076-0.04020.3150.03110.157-2.8466-27.2503-17.8497
41.31190.11550.44790.98260.25091.47010.05390.0779-0.0087-0.0355-0.0086-0.00530.065-0.0984-0.04520.072-0.00980.01260.02730.01630.04685.087-40.2491-10.9344
51.41550.3967-0.18752.2777-0.26571.55980.0852-0.282-0.1090.1927-0.1233-0.12550.04770.0010.03810.0897-0.0090.0050.06530.02150.05989.1421-40.00051.0322
61.90620.91730.4391.748-0.4621.28030.00370.0385-0.01340.1078-0.0586-0.1475-0.01960.16210.05490.08180.00350.00750.0222-0.00020.077518.6578-36.6183-4.5513
71.96041.91271.35417.30532.69982.5745-0.00850.2542-0.0021-0.09630.03020.03420.10480.1273-0.02170.0648-0.00340.01040.0426-0.00260.047512.9278-40.9095-13.7437
81.98070.19491.13382.2151-0.22681.5985-0.25410.79340.1696-0.22360.1312-0.1948-0.14290.4470.12290.113-0.09860.04840.40530.0640.077123.6474-34.0904-28.057
93.1628-0.23581.12012.3392-1.24771.7827-0.18631.03710.1316-0.25890.1518-0.30130.03550.430.03450.1226-0.07570.05320.52140.00890.095827.4821-38.2415-28.2539
1010.8729-4.53825.30736.3091-1.56835.5039-0.23961.48280.077-0.5126-0.1839-0.4554-0.02580.67430.42350.2156-0.04890.16410.6677-0.03630.227634.0053-42.9529-31.9718
112.72591.12020.23411.5335-0.44142.24-0.20591.1146-0.4589-0.52810.2441-0.33620.28660.5921-0.03820.254-0.01050.11590.6938-0.22730.186126.4871-50.348-33.4394
122.23350.87521.34772.35630.83081.727-0.24180.720.0776-0.30050.20810.1203-0.14340.54910.03370.1032-0.08310.00790.30890.01970.022514.877-37.5139-29.8324
131.96720.84371.65793.32171.48741.6792-0.09370.42430.1948-0.1155-0.04360.0722-0.10370.24940.13740.0958-0.05990.01960.1880.05890.046115.5103-34.541-23.6047
142.0751.64490.823114.2422-0.69721.1823-0.01150.4881-0.0004-0.281-0.1129-0.32050.01350.40620.12440.0563-0.02860.02970.21770.01720.031321.8101-38.2313-22.329
156.65864.04641.04385.26890.4060.77320.12450.0713-0.01220.1887-0.116-0.22460.03110.1862-0.00840.09350.0128-0.00870.059-0.00560.060127.6885-41.3678-7.202
163.36351.3843-0.15593.082-0.04470.70120.08060.1067-0.01050.2238-0.0672-0.4907-0.07180.2958-0.01330.12050.0102-0.03330.1620.01040.212737.5598-40.6615-5.8263
174.3428-0.69821.52692.83340.28042.3275-0.0447-0.3690.02580.30450.052-0.06320.1066-0.0191-0.00730.12830.0344-0.01570.0693-0.01020.102320.3403-47.00920.9599
185.4737-5.0198-3.85744.70114.919425.3685-1.27-1.23570.43561.16221.2458-0.3685-0.7012.67050.02410.73940.1189-0.18790.879-0.30490.419332.078-46.51048.7699
192.05830.23080.28541.5161-0.44881.00870.00650.2746-0.2333-0.0891-0.0098-0.26660.14740.19140.00330.09760.0644-0.00050.0847-0.0410.147732.3944-50.009-8.9512
201.75560.32570.4943.8260.02361.2106-0.04460.4557-0.0079-0.10920.0314-0.29130.00410.3480.01320.0488-0.00770.02190.1866-0.01280.108933.0745-39.5218-15.4797
216.01255.0221.49169.58410.9830.77380.14840.044-0.35050.0112-0.138-0.10430.15320.0848-0.01030.11120.02910.01540.0753-0.04080.130821.8392-49.8988-10.6091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2A20 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3A63 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4A71 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5A106 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6A123 - 145
7X-RAY DIFFRACTION7A146 - 159
8X-RAY DIFFRACTION8B1 - 29
9X-RAY DIFFRACTION9B30 - 59
10X-RAY DIFFRACTION10B60 - 75
11X-RAY DIFFRACTION11B76 - 92
12X-RAY DIFFRACTION12B93 - 122
13X-RAY DIFFRACTION13B123 - 143
14X-RAY DIFFRACTION14B144 - 159
15X-RAY DIFFRACTION15C1 - 18
16X-RAY DIFFRACTION16C19 - 50
17X-RAY DIFFRACTION17C51 - 62
18X-RAY DIFFRACTION18C63 - 74
19X-RAY DIFFRACTION19C75 - 122
20X-RAY DIFFRACTION20C123 - 148
21X-RAY DIFFRACTION21C149 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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