PDB-3q8h: Crystal structure of 2c-methyl-d-erythritol 2,4-cyclodiphosphate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q8h

タイトル

Crystal structure of 2c-methyl-d-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from burkholderia pseudomallei in complex with cytidine derivative EBSI01028

要素

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

キーワード

LYASE / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID / ISPF / MEP PATHWAY / METAL-BINDING / ISOPRENE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Cytidine derivatives as IspF inhibitors of Burkolderia pseudomallei.
著者: Zhang, Z. / Jakkaraju, S. / Blain, J. / Gogol, K. / Zhao, L. / Hartley, R.C. / Karlsson, C.A. / Staker, B.L. / Edwards, T.E. / Stewart, L.J. / Myler, P.J. / Clare, M. / Begley, D.W. / Horn, J.R. / Hagen, T.J.

履歴

登録	2011年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.3	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q8h.cif.gz	197.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q8h.ent.gz	157.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ke1SC 3f0d 3ieq 3ike 3ikf 3jvh 3k14 3mbm 3p0z S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jvh-d 6mwf-d 6v3m-d 3k2x-d 1inf-d 3f0f-d 3mbm-d 4lyq-d 6mwj-d 3qhd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BupsA.00122.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

ヘテロ分子

60 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.690, 67.760, 60.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.020, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-167- HOH
2	1	B-227- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECDP-synthase / MECPS 分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710B / 遺伝子: ispF, mecS, BPSL2098 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q63T71, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

#1: タンパク質

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECDP-synthase / MECPS

分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710B / 遺伝子: ispF, mecS, BPSL2098 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q63T71, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 5種, 315分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-AO9 / 5'-deoxy-5'-[(imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-5-ylcarbonyl)amino]cytidine 分子量: 392.390 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.57 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 27 mg/mL protein in 20% PEG 4000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl. Crystals soaked in same conditions with 20 mM ligand and 5 mM ZnCl2 for 3 weeks. , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月31日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→19.9 Å / Num. obs: 46878 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 25.962 Å² / R_merge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 27.83

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.75-1.8		0.176	4.3	5677	3247	92.7
1.8-1.84		0.138	4.9	6525	3377	99.4
1.84-1.9		0.113	6	6665	3279	99.5
1.9-1.96		0.093	7.4	6766	3192	99.6
1.96-2.02		0.079	9.4	6849	3108	99.6
2.02-2.09		0.062	12.3	6850	2976	99.3
2.09-2.17		0.052	16	7201	2915	99.2
2.17-2.26		0.052	19.8	8420	2801	99.5
2.26-2.36		0.046	23.5	8735	2672	99.3
2.36-2.47		0.041	27.2	8762	2546	99.4
2.47-2.61		0.035	32.7	9066	2465	99.6
2.61-2.77		0.032	36	9048	2255	99.4
2.77-2.96		0.03	43.1	10480	2185	98.5
2.96-3.2		0.024	51.2	9953	2005	99.5
3.2-3.5		0.02	60.6	9357	1871	99.4
3.5-3.91		0.018	70.4	8458	1695	99.8
3.91-4.52		0.016	78	7525	1514	99.8
4.52-5.53		0.015	79	6196	1253	99.5
5.53-7.83		0.018	78.3	4889	999	99.6
	7.83	0.018	85.7	2383	523	92.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ke1

3ke1

解像度: 1.75→19.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / WR_factor R_free: 0.1695 / WR_factor R_work: 0.1451 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8868 / SU B: 4.026 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.1005 / SU R_free: 0.0966 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1841	2359	5 %	RANDOM
R_work	0.1549	-	-	-
obs	0.1564	46844	98.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.73 Å² / B_iso mean: 22.1886 Å² / B_iso min: 2.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3420	0	93	306	3819

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	3590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.884	1.994	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.373	5	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.052	22.81	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.895	15	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.371	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.814	1.5	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.374	2	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.152	3	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.415	4.5	1247

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	146	-
R_work	0.215	3073	-
all	-	3219	-
obs	-	-	92.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4686	0.8422	0.6003	1.4185	0.6773	1.3868	-0.0662	0.037	0.1998	-0.2159	-0.0138	0.15	-0.1488	0.0332	0.0799	0.0693	0.0085	-0.0118	0.0207	0.0005	0.1025	11.9406	-33.4397	-12.3642
2	4.2914	2.1196	-0.0852	2.6309	-0.3765	0.4411	0.0438	-0.4344	0.6247	0.0781	-0.1993	0.394	-0.1742	-0.1519	0.1555	0.1312	0.0588	-0.0222	0.1127	-0.146	0.2242	8.8039	-25.9287	-1.9025
3	1.168	0.04	0.2485	0.3106	-0.0107	1.3131	0.0168	0.063	0.0419	-0.0099	0.0456	0.002	0.0296	-0.15	-0.0623	0.0834	-0.0005	0.0059	0.085	0.0149	0.0701	4.4575	-38.8116	-15.1239
4	2.9866	0.7789	-0.3047	1.3773	-0.5871	1.3604	0.0418	-0.4122	0.0545	0.1354	-0.0694	-0.0402	-0.0374	-0.0014	0.0276	0.0828	0.0188	0.0124	0.1171	-0.0203	0.043	10.8281	-37.2114	0.4855
5	2.0887	1.8686	0.0545	2.3585	-0.4404	1.081	0.0229	-0.1657	0.0278	0.1145	-0.0904	-0.0342	-0.018	0.0708	0.0675	0.0875	0.016	-0.0003	0.0428	-0.0144	0.0849	18.5632	-36.0063	-4.6412
6	1.7689	2.0323	1.3111	6.2621	2.8285	1.9479	0.0116	0.0479	0.0413	-0.0692	-0.0387	-0.0384	0.0542	0.0355	0.0271	0.0915	-0.0013	0.01	0.052	-0.0068	0.0765	13.0877	-40.1334	-13.4779
7	1.5026	-0.0296	0.9131	2.4898	-0.3675	1.0959	-0.1528	0.5328	0.1064	-0.1164	0.0382	-0.3128	-0.0433	0.3547	0.1146	0.0787	-0.0354	0.0497	0.2359	0.0549	0.085	23.3163	-34.4697	-28.0459
8	2.6213	-0.7801	0.6126	1.5045	-1.2621	1.2242	-0.0617	0.7674	0.0328	-0.1401	-0.0408	-0.1715	0.1264	0.1653	0.1024	0.0589	-0.0167	0.0508	0.3845	-0.0357	0.0637	27.4142	-37.8975	-28.0512
9	16.7276	0.5221	-1.6176	5.5898	8.2146	20.6346	0.0769	1.2988	-0.1264	-0.7258	0.2643	-0.6912	-0.7747	0.2496	-0.3412	0.1851	0.0522	0.1594	0.2758	0.0028	0.1659	35.9632	-44.0946	-31.9157
10	1.7305	-0.0469	0.6148	1.4564	-0.2216	0.6274	-0.0579	0.5204	0.0043	-0.1679	0.0534	0.0683	0.026	0.2133	0.0045	0.0889	-0.0062	0.0205	0.2133	-0.0033	0.0211	18.3197	-41.2282	-30.7434
11	7.6691	1.0306	1.3258	3.4797	-0.2962	4.2589	-0.2743	0.0875	0.5831	-0.0824	0.1293	0.0799	-0.2615	0.1057	0.145	0.1356	-0.0395	-0.0689	0.0203	0.0422	0.1675	21.8288	-21.5418	-16.7722
12	1.709	2.6813	0.6041	18.4351	-0.6959	0.6906	-0.0384	0.3854	0.0336	-0.2098	0.0444	-0.1265	0.0455	0.2586	-0.006	0.1147	0.0101	0.0297	0.1702	0.0084	0.1021	21.357	-39.5948	-22.7035
13	4.882	2.9141	0.4303	3.4914	0.3757	0.0857	0.1068	-0.1241	0.0455	0.167	-0.1026	-0.0965	0.0733	0.0282	-0.0042	0.138	0.0113	-0.0225	0.0873	0.0022	0.0787	27.5964	-40.6476	-7.1726
14	4.0943	-0.1155	0.6434	10.5606	1.234	2.3705	-0.1062	-0.3005	0.1443	0.352	0.057	-0.5178	-0.0415	0.2709	0.0493	0.0359	0.0073	-0.0647	0.0964	0.0083	0.1458	41.4039	-38.4923	-5.5537
15	2.4122	-0.01	0.0193	0.385	-0.1864	0.6154	0.0025	-0.1607	-0.1428	0.1129	-0.0008	-0.1256	0.0536	0.0153	-0.0017	0.1238	0.0425	-0.0233	0.0804	0.0024	0.1166	25.2697	-45.3947	-3.4475
16	3.4135	-1.3478	-5.1024	5.4454	-0.9602	9.6158	-0.1445	-0.3524	0.2533	0.9058	0.1688	-0.4944	-0.4832	0.3587	-0.0243	0.3114	0.1569	-0.1856	0.1549	-0.117	0.1434	29.6299	-46.1353	7.81
17	1.8648	0.4286	0.1749	1.3649	-0.562	1.0448	0.013	0.0816	-0.2166	-0.0473	-0.0191	-0.2175	0.1714	0.1666	0.0061	0.0801	0.0601	-0.0044	0.0512	-0.006	0.1062	32.1706	-49.4774	-9.2882
18	1.2598	0.1009	0.3004	1.5179	-0.1006	0.842	-0.0145	0.1838	-0.0409	-0.0028	-0.0083	-0.1686	0.0522	0.2199	0.0228	0.0647	0.0178	0.0035	0.0682	-0.0035	0.0934	30.23	-41.7901	-14.2927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 37
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	38 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	101 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	123 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	146 - 159
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	30 - 58
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	59 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	71 - 136
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	137 - 144
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	145 - 159
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 18
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	19 - 38
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	39 - 60
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	61 - 75
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	76 - 121
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	122 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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