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- PDB-3q45: Crystal structure of Dipeptide Epimerase from Cytophaga hutchinso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q45
タイトルCrystal structure of Dipeptide Epimerase from Cytophaga hutchinsonii complexed with Mg and dipeptide D-Ala-L-Val
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
キーワードISOMERASE / (beta/alpha)8-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


racemase and epimerase activity / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / peptide metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Dipeptide epimerase / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Dipeptide epimerase / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ALANINE / VALINE / D-Ala-D/L-Ala epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lukk, T. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Homology models guide discovery of diverse enzyme specificities among dipeptide epimerases in the enolase superfamily.
著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, ...著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, S.K. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. / Jacobson, M.P.
履歴
登録2010年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Database references
改定 1.32012年3月14日Group: Database references
改定 1.42012年3月21日Group: Database references
改定 1.52012年3月28日Group: Database references
改定 1.62017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: reflns_shell / software / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.72023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
I: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,25736
ポリマ－363,1829
非ポリマー2,07527
水1,856103
1
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5844
ポリマ－40,3541
非ポリマー2313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5844
ポリマ－40,3541
非ポリマー2313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5844
ポリマ－40,3541
非ポリマー2313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5844
ポリマ－40,3541
非ポリマー2313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5844
ポリマ－40,3541
非ポリマー2313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5844
ポリマ－40,3541
非ポリマー2313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5844
ポリマ－40,3541
非ポリマー2313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5844
ポリマ－40,3541
非ポリマー2313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5844
ポリマ－40,3541
非ポリマー2313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.000, 158.200, 182.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family; possible chloromuconate cycloisomerase


分子量: 40353.527 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)
株: ATCC 33406 / 遺伝子: CHU2140, CHU_2140, tfdD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q11T61, chloromuconate cycloisomerase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-DAL / D-ALANINE / D-アラニン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#4: 化合物
ChemComp-VAL / VALINE / バリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: Precipitant contained 12% PEG 10000 and 0.1M Na-citrate, Protein solution contained 0.1M NaCl, 10% glycerol, and 0.02M D-Ala-L-Val. Protein concentration was 40 mg/mL, pH 4.0, VAPOR ...詳細: Precipitant contained 12% PEG 10000 and 0.1M Na-citrate, Protein solution contained 0.1M NaCl, 10% glycerol, and 0.02M D-Ala-L-Val. Protein concentration was 40 mg/mL, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月4日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 104809 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 12.53
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3-3.110.5532.561100
3.11-3.230.3943.581100
3.23-3.380.2625.231100
3.38-3.550.1747.361100
3.55-3.780.11810.21199.9
3.78-4.060.07614.091100
4.06-4.470.05817.23199.9
4.47-5.110.04619.711100
5.11-6.40.04120.511100
6.4-200.02824.52196.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TKK

1tkk


解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.388 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25069 5241 5 %RANDOM
Rwork0.22749 ---
all0.274 104811 --
obs0.22866 99570 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.323 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å2-0.11 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25434 0 126 103 25663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02225983
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0261.9735154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.89253312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44124.7461062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.341154608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.64715117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.24095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02119161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7921.516506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.843226604
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.53839477
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.3814.58550
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 380 -
Rwork0.267 7209 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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