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万見
- PDB-3pot: Structural analysis of a Ni(III)-methyl species in methyl-coenzym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pot
タイトルStructural analysis of a Ni(III)-methyl species in methyl-coenzyme M reductase from Methanothermobacter marburgensis
要素(Methyl-coenzyme M reductase I subunit ...) x 3
キーワードTRANSFERASE / METAL-BINDING / NICKEL / METHYL-COENZYME M REDUCTASE / METHANOGENESIS / METHYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit ...Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, N-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, ferredoxin-like fold / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 2 / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, N-terminal domain / Lambda Exonuclease; Chain A / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Iodomethane / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / FACTOR 430 / : / Coenzyme B / O-phosphono-N-(6-sulfanylhexanoyl)-L-threonine / Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha / Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta / Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter marburgensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Cedervall, P.E. / Wilmot, C.M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of a Ni-Methyl Species in Methyl-Coenzyme M Reductase from Methanothermobacter marburgensis.
著者: Cedervall, P.E. / Dey, M. / Li, X. / Sarangi, R. / Hedman, B. / Ragsdale, S.W. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2010年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年5月20日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年3月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha
B: Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta
C: Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
D: Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha
E: Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta
F: Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,55330
ポリマ－273,4336
非ポリマー4,12024
水46,8752602
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53930 Å2
ΔGint-290 kcal/mol
Surface area60140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.886, 118.165, 122.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Methyl-coenzyme M reductase I subunit ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha / MCR I alpha / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase alpha


分子量: 60639.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis (古細菌)
参照: UniProt: P11558, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#2: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta / MCR I beta / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase beta


分子量: 47279.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis (古細菌)
参照: UniProt: P11560, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma / MCR I gamma / Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase gamma


分子量: 28797.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermobacter marburgensis (古細菌)
参照: UniProt: P11562, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

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非ポリマー , 9種, 2626分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-F43 / FACTOR 430


分子量: 906.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H51N6NiO13
#6: 化合物 ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2
#7: 化合物 ChemComp-TXZ / O-phosphono-N-(6-sulfanylhexanoyl)-L-threonine


分子量: 329.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20NO7PS
#8: 化合物 ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン


分子量: 343.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO7PS
#9: 化合物 ChemComp-06C / Iodomethane / Methyl iodine / よう化メチル


分子量: 141.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3I
#10: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#11: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細06C HAS REACTED WITH THE ENZYME METAL CENTER TO YIELD A NI-BOUND METHYL GROUP (CH3) (THE NI IS PART ...06C HAS REACTED WITH THE ENZYME METAL CENTER TO YIELD A NI-BOUND METHYL GROUP (CH3) (THE NI IS PART OF COFACTOR F430) AND AN IODIDE (I-) THAT IS SITUATED IN THE ACTIVE SITE AT A DISTANCE OF 4 ANGSTROM FROM CH3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Hepes-Na pH 7.5, 150 mM magnesium acetate and 20% PEG 400., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月9日
放射モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 721334 / Num. obs: 721334 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.27 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 72029 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ID: 3M2R, but with all waters, coenzymes and metal ions removed

3m2r


解像度: 1.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.05 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1562 36128 5 %RANDOM
Rwork0.13173 ---
obs0.13295 685122 99.9 %-
all-685808 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.192 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0 Å2-0.15 Å2
2--0.39 Å2-0 Å2
3----0.37 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1779 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19098 0 241 2602 21941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02220078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.931.97627256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29552542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54424.713957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.331153296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.92615119
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.22991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02115503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0881.512457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.761219966
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.67737621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2954.57253
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.565320078
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.232 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 2697 -
Rwork0.194 50103 -
obs-50103 99.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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