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- PDB-3pon: Crystal structure of MBL collagen-like peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pon
タイトルCrystal structure of MBL collagen-like peptide
要素MBL collagen-like peptide
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Collagen peptide / MBL collagen-like region / Complement protein / lectin pathway of complement / MASPs (MASP-1 to 3) CUB1 and CUB2 domains / Bloodstream
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Gingras, A.R. / Moody, P.C.E. / Wallis, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural Basis of Mannan-Binding Lectin Recognition by Its Associated Serine Protease MASP-1: Implications for Complement Activation.
著者: Gingras, A.R. / Girija, U.V. / Keeble, A.H. / Panchal, R. / Mitchell, D.A. / Moody, P.C. / Wallis, R.
履歴
登録2010年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MBL collagen-like peptide
B: MBL collagen-like peptide
C: MBL collagen-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4393
ポリマ－7,4393
非ポリマー00
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area4560 Å2
手法PISA
2
A: MBL collagen-like peptide
B: MBL collagen-like peptide
C: MBL collagen-like peptide

A: MBL collagen-like peptide
B: MBL collagen-like peptide
C: MBL collagen-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8786
ポリマ－14,8786
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area13200 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area6750 Å2
手法PISA
3
A: MBL collagen-like peptide
B: MBL collagen-like peptide
C: MBL collagen-like peptide

A: MBL collagen-like peptide
B: MBL collagen-like peptide
C: MBL collagen-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8786
ポリマ－14,8786
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area12530 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area7410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.270, 23.650, 26.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-46-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MBL collagen-like peptide


分子量: 2479.700 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.6M Ammonium Sulphate, 100mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日 / 詳細: focusing mirrors
放射モノクロメーター: horizontally side diffracting Silicon 111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→23.485 Å / Num. obs: 8744 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3561 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3POD

3pod


解像度: 1.5→21.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.707 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18981 415 4.8 %RANDOM
Rwork0.14097 ---
all0.14344 ---
obs0.14344 8296 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20.03 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→21.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数515 0 0 98 613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.021556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0160.02425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7772.501802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.20531016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.693576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg31.1941518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.03578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3231.5420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8991.5139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3452692
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0843136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1134.5110
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.1923978
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 21 -
Rwork0.209 600 -
obs--98.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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