PDB-3pi6: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the H177...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pi6

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the H177Y mutation

要素

hydrolase

キーワード

HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / epoxide hydrolase / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2012
タイトル: Pseudomonas aeruginosa Cif defines a distinct class of alpha/beta epoxide hydrolases utilizing a His/Tyr ring-opening pair.
著者: Bahl, C.D. / Madden, D.R.

履歴

登録	2010年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月5日	Group: Database references
改定 1.2	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pi6.cif.gz	489.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pi6.ent.gz	401.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pi6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pi6_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pi6_full_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示
XML形式データ	3pi6_validation.xml.gz	54.5 KB	表示
CIF形式データ	3pi6_validation.cif.gz	81.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/3pi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/3pi6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kd2S 3kda S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hk9-1 4dm7-1 4dm7-2 5tne-1 3kda-2 4dmk-2 4dmc-1 5tni-2 4dnf-1 5hkb-1 5hk9-2 5tnf-2 5hka-2 5tnj-1 4dmc-2 5hka-1 5hkb-2 5tnf-1 5tnd-2 6kxh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: hydrolase

B: hydrolase

C: hydrolase

D: hydrolase

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hydrolase

B: hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: hydrolase

D: hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.394, 84.056, 89.325
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-809- HOH

#1: タンパク質	hydrolase / CFTR inhibitory factor Cif 分子量: 34189.727 Da / 分子数: 4 / 変異: H177Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: secreted protein was purified from growth medium / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: cif, PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16% PEG 8000, 0.125M CALCIUM CHLORIDE, 0.1M SODIUM ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月11日 / 詳細: Oxford Danfysik toroidal focusing mirror.
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.15 Å / Num. obs: 195124 / % possible obs: 99.8 % / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 25.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / R_sym value: 0.341 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KD2

3kd2

解像度: 1.5→43.93 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.09 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1815	9754	5 %
R_work	0.164	-	-
obs	0.1649	195114	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.556 Å² / k_sol: 0.371 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2458 Å²	0 Å²	0.0146 Å²
2-	-	-0.9027 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.1485 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9490	0	0	1244	10734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9952
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	13540
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.591	3658
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1779

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5536	0.2517	975	0.2259	18236	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5536-1.6158	0.2314	975	0.1932	18502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6894	0.2022	976	0.1764	18475	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.7785	0.1959	975	0.1665	18536	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7785-1.8899	0.1802	976	0.1544	18487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-2.0358	0.183	975	0.1586	18508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0358-2.2407	0.1811	976	0.1622	18615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2407-2.5649	0.178	975	0.1596	18528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5649-3.2313	0.1865	976	0.1633	18665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2313-43.949	0.1527	975	0.1544	18808	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3853	0.0002	0.0545	0.37	0.076	0.3588	0.0022	-0.0567	-0.0398	0.042	-0.0128	0.0376	0.0601	-0.0269	0.0083	0.0432	-0.0007	0.0095	0.044	0.0091	0.0257	-21.965	12.0372	27.2588
2	0.6816	-0.2805	-0.0402	0.5161	-0.0866	0.3118	-0.009	0.0052	0.1013	-0.0338	0.0102	0.016	-0.0496	-0.0065	0.0019	0.0437	0.0115	-0.0172	0.0375	-0.0035	0.0711	-31.0061	51.462	15.7505
3	0.3278	0.0014	0.0731	0.4273	0.0242	0.4279	-0.0044	-0.0181	0.0616	0.0314	-0.0084	-0.0526	-0.0527	0.0221	0.0111	0.0445	0.0026	-0.0015	0.0401	-0.0044	0.0533	5.794	44.7757	27.0021
4	0.5995	-0.1386	0.0209	0.5057	0.1068	0.2455	0.0113	0.0085	-0.0334	-0.014	0.0076	-0.0704	0.0263	0.0058	-0.015	0.0397	0.0167	0.0054	0.0464	-0.002	0.0287	14.7918	5.0892	15.6684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:321)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:320)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:320)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:322)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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