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万見
- PDB-3op4: Crystal structure of putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3op4
タイトルCrystal structure of putative 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 in complex with NADP+
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Rossmann fold / bacterial cell
機能・相同性NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hou, J. / Chruszcz, M. / Onopriyenko, O. / Grimshaw, S. / Porebski, P. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Dissecting the Structural Elements for the Activation of beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Reductase from Vibrio cholerae.
著者: Hou, J. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Shumilin, I.A. / Osinski, T. / Demas, M. / Grimshaw, S. / Minor, W.
履歴
登録2010年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32015年11月25日Group: Database references
改定 1.42016年3月23日Group: Database references
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9966
ポリマ－53,3912
非ポリマー1,6054
水9,062503
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,99212
ポリマ－106,7824
非ポリマー3,2108
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area20340 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area31900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.058, 104.095, 126.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-320-

HOH

21A-552-

HOH

31B-331-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase


分子量: 26695.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VCD_002346 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: C3NP04, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2M NH4 Sulfate,0.1M Tris, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月9日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 61433 / Num. obs: 61433 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3009 / Rsym value: 0.616 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.373 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1751 3106 5.1 %RANDOM
Rwork0.14733 ---
all0.14872 58281 --
obs0.14872 58281 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.407 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3615 0 104 503 4222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223891
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8182.0015287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01536298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8255526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63724.8150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80815686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7831527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0751.52499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3351.51055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86823991
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.65531392
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3974.51285
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.602→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 209 -
Rwork0.2 4055 -
obs--95.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02880.01390.02950.24680.08460.2455-0.0005-0.009-0.00640.0377-0.0015-0.0076-0.0157-0.02940.0020.06460.0066-0.00330.0286-0.00150.002320.2237.8322.536
20.21870.00970.05590.1404-0.00020.13280.0039-0.0092-0.02330.0217-0.0066-0.0271-0.01670.00290.00270.05740.001-0.00550.03390.00370.007929.7410.7069.283
30.1119-0.0394-0.0520.42260.09110.05110.02260.00820.0169-0.0254-0.0129-0.0171-0.015-0.0165-0.00970.05760.0077-0.00580.02520.00620.006619.27921.233-10.742
40.30470.08320.04040.4907-0.1470.05930.0067-0.00390.0070.01960.02020.0837-0.0076-0.0045-0.02690.05330.00670.00220.0330.0030.01469.74214.0181.047
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 192
2X-RAY DIFFRACTION2A193 - 248
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 192
4X-RAY DIFFRACTION4B193 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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