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- PDB-3nkx: Impaired binding of 14-3-3 to Raf1 is linked to Noonan and LEOPAR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nkx
タイトルImpaired binding of 14-3-3 to Raf1 is linked to Noonan and LEOPARD syndrome
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • Peptide of RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードPROTEIN BINDING / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / synaptic target recognition / Golgi reassembly / intermediate filament cytoskeleton organization / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / regulation of Rho protein signal transduction / respiratory system process / type B pancreatic cell proliferation / tube formation ...death-inducing signaling complex assembly / synaptic target recognition / Golgi reassembly / intermediate filament cytoskeleton organization / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / regulation of Rho protein signal transduction / respiratory system process / type B pancreatic cell proliferation / tube formation / regulation of synapse maturation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of protein localization to nucleus / Negative feedback regulation of MAPK pathway / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / IFNG signaling activates MAPKs / GP1b-IX-V activation signalling / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / pseudopodium / face development / regulation of cell differentiation / thyroid gland development / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / protein targeting / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Schwann cell development / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to glucose starvation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of TORC1 signaling / response to muscle stretch / ERK1 and ERK2 cascade / myelination / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / lung development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / adenylate cyclase activator activity / thymus development / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Stimuli-sensing channels / wound healing / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / melanosome / intracellular protein localization / insulin receptor signaling pathway / MAPK cascade / blood microparticle / vesicle / angiogenesis / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / cadherin binding / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / 14-3-3 domain / : / Delta-Endotoxin; domain 1 / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / 14-3-3 domain / : / Delta-Endotoxin; domain 1 / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROPANOIC ACID / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schumacher, B. / Weyand, M. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2010
タイトル: Impaired binding of 14-3-3 to C-RAF in Noonan syndrome suggests new approaches in diseases with increased Ras signaling
著者: Molzan, M. / Schumacher, B. / Ottmann, C. / Baljuls, A. / Polzien, L. / Weyand, M. / Thiel, P. / Rose, R. / Rose, M. / Kuhenne, P. / Kaiser, M. / Rapp, U.R. / Kuhlmann, J. / Ottmann, C.
履歴
登録2010年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein zeta/delta
B: 14-3-3 protein zeta/delta
P: Peptide of RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
Q: Peptide of RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0455
ポリマ－57,9714
非ポリマー741
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.410, 83.850, 111.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 27777.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P63104
#2: タンパク質・ペプチド Peptide of RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 1208.175 Da / 分子数: 2
Fragment: phosphorylated C-Raf peptide, UNP residues 255-264
由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M (Sodium propionate, sodium cacodylate, BIS-TRIS propane), 27% PEG 1500, 2mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97809 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月25日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator, Sagittal-horizontal; Dynamically bendable mirror, Meridional-vertical
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→60.76 Å / Num. all: 27180 / Num. obs: 27180 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.0495
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 4.02 / Num. unique all: 3084 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1QJB

1qjb


解像度: 2.4→60.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 6.827 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24733 1359 5 %RANDOM
Rwork0.20408 ---
obs0.20622 25804 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.024 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20 Å2
2--2.1 Å20 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→60.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3730 0 5 183 3918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0223797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.991.9725126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6975473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03525.246183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.02915.043699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1391523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1481.52368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22723788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.55331429
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8814.51336
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 100 -
Rwork0.266 1889 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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