PDB-3nfs: Crystal structure the Fab fragment of therapeutic antibody daclizumab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nfs

タイトル

Crystal structure the Fab fragment of therapeutic antibody daclizumab

要素

Heavy chain of Fab fragment of daclizumab
Light chain of Fab fragment of daclizumab

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IL-2Ra / CD25 / Daclizumab / Zenapax / therapeutic antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Yang, H. / Wang, J. / Du, J. / Zhong, C. / Guo, Y. / Ding, J.

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of immunosuppression by the therapeutic antibody daclizumab
著者: Yang, H. / Wang, J. / Du, J. / Zhong, C. / Zhang, D. / Guo, H. / Guo, Y. / Ding, J.

履歴

登録	2010年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nfs.cif.gz	159.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nfs.ent.gz	126.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nfs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/3nfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/3nfs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nfpC 3gizS 3iu3 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1a6t-2 2v7n-1 5ysl-2 1hq4-2 1r24-2 1rzi-3 4jpi-2 6uga-1 4r4b-2 5nbi-d 4hij-2 3dro-d 1ub6-2 2pcp-1 4wht-10 6ug8-d 4hii-1 5tfs-d 6ev1-2 5i8e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Heavy chain of Fab fragment of daclizumab

H: Light chain of Fab fragment of daclizumab

46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.866, 67.866, 205.607
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: 抗体	Heavy chain of Fab fragment of daclizumab 分子量: 23134.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: purchased from Roche, expressed in a mammalian expression system
#2: 抗体	Light chain of Fab fragment of daclizumab 分子量: 23034.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: purchased from Roche, expressed in a mammalian expression system
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 0.1M ammonium sulfate, 2% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 15582 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 3.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1490 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GIZ

3giz

解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 30.624 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.275	777	5.1 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.227	15305	98.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.74 Å² / B_iso mean: 48.78 Å² / B_iso min: 29.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.82 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3203	0	0	0	3203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.242	1.952	4470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.351	5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.558	24.524	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.208	15	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.388	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2466
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.244	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.075	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.299	1.5	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.21	2	3400
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.258	3	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.202	4.5	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.138	3	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	1.993	3	102
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	0.877	3	3203

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	52	-
R_work	0.303	1045	-
all	-	1097	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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