ソフトウェア 名称 バージョン 分類 BOSデータ収集 PHASER位相決定 REFMAC5.2.0019精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB entry 1FVE解像度 : 1.9→44.5 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.956 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.931 / SU B : 5.376 / SU ML : 0.086 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(I) : -3 / ESU R Free : 0.135 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.22387 4370 10 % RANDOM Rwork 0.17853 - - - all 0.18303 43833 - - obs 0.18303 43833 99.99 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 25.459 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.54 Å2 0.27 Å2 0 Å2 2- - 0.54 Å2 0 Å2 3- - - -0.81 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.9→44.5 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3311 0 20 352 3683
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 17) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.022 3444 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.205 1.956 4702 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.278 5 441 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg32.885 24.748 139 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg11.505 15 553 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg17.397 15 11 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.077 0.2 528 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.004 0.02 2592 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.186 0.2 1430 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.298 0.2 2328 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.146 0.2 331 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.168 0.2 43 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.204 0.2 28 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it2.325 2.5 2216 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it3.32 5 3527 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.834 2.5 1407 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it4.169 5 1169
LS精密化 シェル 解像度 : 1.9→1.939 Å / Total num. of bins used : 25 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.297 266 - Rwork 0.218 2383 - obs - - 99.92 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.4864 0.275 0.2281 1.3564 0.5847 0.8023 0.012 0.0658 -0.0751 -0.0872 0.1016 -0.2603 -0.0862 0.194 -0.1136 -0.0464 -0.0128 0.048 -0.0044 -0.0056 -0.0445 33.4115 4.5762 3.6057 2 1.0405 0.1341 0.2929 0.5779 0.3183 1.1405 -0.0695 -0.0872 0.2144 -0.0295 -0.0189 0.0705 -0.1794 -0.0759 0.0884 -0.0408 0.0221 -0.0169 -0.0501 -0.0107 -0.0418 18.634 22.9714 27.9884
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 L1 - 107 2 X-RAY DIFFRACTION 1 H1 - 110 3 X-RAY DIFFRACTION 2 L108 - 212 4 X-RAY DIFFRACTION 2 H111 - 214