PDB-3mwq: Crystal structure of ribonuclease A tandem enzymes and their inte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mwq

タイトル

Crystal structure of ribonuclease A tandem enzymes and their interaction with the cytosolic ribonuclease inhibitor

要素

Ribonuclease pancreatic, LINKER, Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / ribonuclease A tandem enzyme / SGRSGRSG-linker

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Neumann, P. / Leich, F.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of RNase A tandem enzymes and their interaction with the cytosolic ribonuclease inhibitor
著者: Arnold, U. / Leich, F. / Neumann, P. / Lilie, H. / Ulbrich-Hofmann, R.

履歴

登録	2010年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年6月28日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mwq.cif.gz	122.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mwq.ent.gz	94.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mwq_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mwq_full_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示
XML形式データ	3mwq_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	3mwq_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mwrC 3mx8C 1srnS 1a2w 1bsr 1r3m 7rsa S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mx8-d 3mwr-d 4s18-d 6gok-d 1o0h-d 4g8v-d 2g8q-d 1jn4-d 5obc-d 1o0o-d 1z6d-d 5jmg-d 5obd-d 6f60-d 1o0f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic, LINKER, Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.632, 32.915, 73.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.030, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic, LINKER, Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 28145.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNS1 / プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 30% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月7日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→73.379 Å / Num. all: 29704 / Num. obs: 27506 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 23.786 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 5.949

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.65-1.74	3.2	0.282	2.7	7772	2461	0.282	57.4
1.74-1.84	4	0.197	3.8	14862	3730	0.197	91.5
1.84-1.97	4.4	0.133	5.5	16742	3819	0.133	100
1.97-2.13	4.4	0.092	7.4	15803	3559	0.092	100
2.13-2.33	4.5	0.068	9.4	14821	3300	0.068	100
2.33-2.61	4.5	0.054	11.2	13444	2974	0.054	100
2.61-3.01	4.6	0.046	12.7	12099	2654	0.046	100
3.01-3.69	4.6	0.045	10.7	10282	2249	0.045	100
3.69-5.22	4.5	0.049	9.6	7961	1753	0.049	100
5.22-24.46	4.4	0.049	9.6	4392	1007	0.049	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.499 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.345 / Cor.coef. Io to Ic: 0.332

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	15 Å
Translation	3 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.21	データスケーリング
AMoRE		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SRN

1srn

解像度: 1.68→24.46 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	1352	5.05 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.176	26794	95.16 %	-
all	-	29704	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.417 Å² / k_sol: 0.395 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.07 Å² / B_iso mean: 31.839 Å² / B_iso min: 10.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.789 Å²	-0 Å²	-0.403 Å²
2-	-	-4.426 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.638 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.189 Å	0.1334 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.193 Å	0.165 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→24.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1953	0	37	274	2264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2076
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.909	2799
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	301
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.053	752

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.68-1.74	0.262	74	0.208	1705	1779	64
1.74-1.81	0.265	104	0.188	2332	2436	88
1.81-1.892	0.193	124	0.183	2656	2780	100
1.892-1.992	0.235	152	0.168	2636	2788	100
1.992-2.116	0.226	137	0.166	2669	2806	100
2.116-2.28	0.187	159	0.172	2648	2807	100
2.28-2.509	0.221	138	0.171	2667	2805	100
2.509-2.872	0.203	142	0.177	2674	2816	100
2.872-3.616	0.216	171	0.159	2681	2852	100
3.616-24.462	0.212	151	0.175	2774	2925	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2458	-0.4462	-2.4182	2.2956	-2.8727	4.0147	0.5825	0.6583	0.4781	-0.2422	-0.2843	-0.1078	-0.4877	-0.2976	-0.2739	0.3253	0.0725	0.0959	0.2788	0.0974	0.1923	32.205	8.9806	10.7038
2	1.614	0.1966	0.5292	4.3955	1.8334	-2.2288	0.007	0.8039	0.01	-0.4517	0.391	0.0801	-0.2583	0.2029	-0.398	0.5856	0.2333	0.0581	0.9916	0.0473	0.4524	26.3033	-2.9486	-2.171
3	7.1655	1.4959	-3.4286	3.7487	-1.4252	1.0214	0.2352	0.943	-0.016	-0.9952	0.1629	-0.3998	-0.408	-0.5933	-0.2233	0.3616	0.089	0.1623	0.4537	0.0797	0.197	38.8135	2.9431	1.4823
4	2.1897	-0.3415	-1.2485	0.7238	-0.7111	1.3212	-0.0526	0.3674	-0.095	-0.0351	-0.0254	-0.052	-0.0212	-0.3289	0.0679	0.1461	-0.0106	0.0007	0.1737	-0.0118	0.1176	28.2342	-1.13	16.3162
5	0.7158	-0.4806	0.7956	0.3375	0.2735	-1.7569	0.1548	1.0943	0.0552	-0.5744	-0.2448	-0.1718	-0.0443	-0.5635	0.1111	0.4662	0.017	0.1928	0.6279	-0.0725	0.3657	45.424	-2.7221	-2.6553
6	2.8963	-0.3927	1.2622	3.2929	0.3348	0.6197	-0.1225	-0.2139	-0.8982	-0.6566	0.3085	-0.2994	0.1222	0.0157	-0.1464	0.4748	0.0214	0.0357	0.2949	-0.0826	0.5738	25.6577	-14.7824	21.409
7	2.0795	0.4103	0.4028	0.7971	-0.8047	-0.5647	-0.1557	0.7694	0.0124	-0.2653	0.1083	-0.081	0.0929	0.1972	0.0091	0.1492	-0.0133	-0.0095	0.2499	-0.0028	0.0931	15.265	-3.9934	30.2914
8	0.2626	-0.2302	0.5969	0.7656	0.1047	-0.7726	0.2249	0.1272	0.2644	-0.0659	0.2148	0.3716	0.0094	-0.0954	-0.2835	0.4422	-0.1764	-0.1698	0.6906	0.3465	0.5808	10.3932	10.0691	22.9242
9	3.1734	0.0679	2.056	3.4008	0.0386	-2.2019	-0.0455	1.2687	0.0915	-0.7436	0.0097	0.0435	-0.0129	0.4197	0.0189	0.2158	0.004	0.0144	0.4348	-0.0287	0.0919	7.3163	-4.4631	19.8039
10	1.7705	0.2919	0.2915	0.243	0.5613	0.7869	-0.1185	0.0769	0.0565	-0.0097	-0.0097	0.0709	-0.0602	0.0366	0.1099	0.1281	-0.0091	-0.0101	0.1286	0.0144	0.1691	9.0144	1.1101	36.9812
11	3.2626	-0.2502	1.7702	-0.451	-0.0918	1.8244	0.1666	0.4293	-0.3466	-0.0713	-0.1322	0.0615	-0.1833	0.1232	-0.0193	0.3825	0.0169	-0.0524	0.6217	-0.1736	0.3391	-1.2096	-8.2294	14.85

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(SEGID A AND RESID 1:15)	1 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(SEGID A AND RESID 16:24)	16 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(SEGID A AND RESID 25:42)	25 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(SEGID A AND (RESID 43:86 OR RESID 98:124))	0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(SEGID A AND RESID 87:97)	87 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(SEGID A AND RESID 125:134)	125 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(SEGID A AND RESID 135:146)	135 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(SEGID A AND RESID 147:155)	147 - 155
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(SEGID A AND RESID 156:172)	156 - 172
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(SEGID A AND (RESID 173:220 OR RESID 228:256))	0
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(SEGID A AND RESID 221:227)	221 - 227

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)