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Yorodumi- PDB-3mwr: Crystal structure of ribonuclease A tandem enzymes and their inte... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mwr | ||||||
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Title | Crystal structure of ribonuclease A tandem enzymes and their interaction with the cytosolic ribonuclease inhibitor | ||||||
Components | Ribonuclease pancreatic, LINKER, Ribonuclease pancreatic | ||||||
Keywords | HYDROLASE / ribonuclease A tandem enzyme / SGSGSG-linker | ||||||
Function / homology | Function and homology information pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Neumann, P. / Leich, F. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2011 Title: Crystal structure of RNase A tandem enzymes and their interaction with the cytosolic ribonuclease inhibitor Authors: Arnold, U. / Leich, F. / Neumann, P. / Lilie, H. / Ulbrich-Hofmann, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mwr.cif.gz | 122.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mwr.ent.gz | 94.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mwr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3mwr_validation.pdf.gz | 452.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3mwr_full_validation.pdf.gz | 454.7 KB | Display | |
Data in XML | 3mwr_validation.xml.gz | 15.5 KB | Display | |
Data in CIF | 3mwr_validation.cif.gz | 22.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3mwqSC 3mx8C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27831.061 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: RNS1 / Plasmid: pET26b(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 44.99 % / Mosaicity: 0.7 ° |
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Crystal grow | Temperature: 286 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.9 Details: 30% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 7, 2007 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→73.922 Å / Num. all: 21441 / Num. obs: 21141 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 27.225 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 5.804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3MWQ Resolution: 1.85→24.033 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 0.8 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 86.854 Å2 / ksol: 0.403 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 138.84 Å2 / Biso mean: 42.399 Å2 / Biso min: 14.49 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→24.033 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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