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万見
- PDB-6f60: The x-ray structure of bovine pancreatic ribonuclease in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f60
タイトルThe x-ray structure of bovine pancreatic ribonuclease in complex with a five-coordinate platinum(II) compound containing a sugar ligand
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / ribonuclease / platinum(II) compound / five-coordinate / sugar ligand / cytotoxicity
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
five-coordinate platinum(II) compound / five-coordinate platinum(II) compound / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Merlino, A. / Ferraro, G.
引用ジャーナル: Inorg Chem / 年: 2018
タイトル: Five-Coordinate Platinum(II) Compounds Containing Sugar Ligands: Synthesis, Characterization, Cytotoxic Activity, and Interaction with Biological Macromolecules.
著者: Cucciolito, M.E. / D'Amora, A. / De Feo, G. / Ferraro, G. / Giorgio, A. / Petruk, G. / Monti, D.M. / Merlino, A. / Ruffo, F.
履歴
登録2017年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6845
ポリマ－27,4172
非ポリマー1,2673
水9,728540
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.780, 32.519, 72.337
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-312-

HOH

21B-538-

HOH

31B-560-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DVW / five-coordinate platinum(II) compound


分子量: 728.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31N7O5Pt
#4: 化合物 ChemComp-DW5 / five-coordinate platinum(II) compound


分子量: 442.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N2Pt
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 4K 0.01 M sodium citrate pH 5.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→72.34 Å / Num. obs: 80973 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.14→1.18 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC1/2: 0.363 / Rpim(I) all: 0.805 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.14→72.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 3.209 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1944 4171 5.2 %RANDOM
Rwork0.13826 ---
obs0.14123 76770 95.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å21.37 Å2
2---1.59 Å2-0 Å2
3---2.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.14→72.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1902 0 52 540 2494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0192268
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5341.9423098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8473.0024536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9365302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.84825.392102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40615398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.439159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.8532.2271133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.8562.2261132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.9713.3651460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.9683.3651461
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.492.5681135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.5111136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.09414.3831639
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.14832.7592973
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.14832.7582973
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.26534185
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free39.975271
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.24854419
LS精密化 シェル解像度: 1.14→1.17 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 298 -
Rwork0.335 5421 -
obs--91.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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