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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3msa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermolysin in complex with 3-Bromophenol | ||||||
![]() | Thermolysin | ||||||
![]() | HYDROLASE / PROTEASE / Fragment soaking / METALLOPROTEASE / Metal-binding / Secreted / Zymogen / 3-Bromophenol / Fragment based lead discovery | ||||||
機能・相同性 | ![]() thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Behnen, J. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Experimental and computational active site mapping as a starting point to fragment-based lead discovery. 著者: Behnen, J. / Koster, H. / Neudert, G. / Craan, T. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ms3C ![]() 3msfC ![]() 3msnC ![]() 3n21C ![]() 3n4aC ![]() 3n9wC ![]() 3nn7C ![]() 3nx8C ![]() 3pczC ![]() 3prsC ![]() 3pvkC ![]() 3pwwC ![]() 2a7gS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00800, thermolysin |
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-非ポリマー , 6種, 229分子 ![](data/chem/img/B3R.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-IPA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM Tris/HCl, 50 % DMSO, 1.8 CsCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月16日 / 詳細: silicon |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→25 Å / Num. all: 36281 / Num. obs: 36281 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 21.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 1846 / Rsym value: 0.451 / % possible all: 94.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2A7G 解像度: 1.66→10 Å / Num. parameters: 10796 / Num. restraintsaints: 10319 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 2251 / Occupancy sum non hydrogen: 2660.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.66→1.69 Å / Num. reflection obs: 36281 |