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万見
- PDB-3mer: Crystal Structure of the methyltransferase Slr1183 from Synechocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mer
タイトルCrystal Structure of the methyltransferase Slr1183 from Synechocystis sp. PCC 6803, Northeast Structural Genomics Consortium Target SgR145
要素Slr1183 protein
キーワードstructural genomics / unknown function / alpha-beta protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Slr1183 protein
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Rossi, P. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Belote, R.L. / Everett, J.K. ...Seetharaman, J. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Rossi, P. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target SgR145
著者: Seetharaman, J. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Rossi, P. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G. ...著者: Seetharaman, J. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Rossi, P. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Slr1183 protein
B: Slr1183 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8072
ポリマ－44,8072
非ポリマー00
水1,08160
1
A: Slr1183 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4031
ポリマ－22,4031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Slr1183 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4031
ポリマ－22,4031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.440, 53.792, 53.845
Angle α, β, γ (deg.)115.490, 95.660, 84.350
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Slr1183 protein


分子量: 22403.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: slr1183 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: P74712
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法, under oil / pH: 4
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1M Sodium Malonate (pH 4.0) and 12% PEG 3350. , Microbatch, under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.00684 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00684 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 21262 / Num. obs: 20859 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 2113 / Rsym value: 0.163 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2i6g and 2kw5

2i6g

2kw5


解像度: 2.2→19.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 535378.312 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 863 4.8 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.228 21144 --
obs0.226 17804 84.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.726 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.85 Å2-0.71 Å2-2.11 Å2
2---5.7 Å214.18 Å2
3---10.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2656 0 0 60 2716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 62 4.7 %
Rwork0.309 1248 -
obs-1310 62.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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