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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3enp | ||||||
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Title | Crystal structure of human cgi121 | ||||||
![]() | TP53RK-binding protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / KEOPS complex telomere kinase regulator / Nucleus | ||||||
Function / homology | ![]() EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / tRNA modification in the nucleus and cytosol / protein kinase binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Haffani, Y.Z. / Ceccarelli, D.F. / Neculai, D. / Mao, D.Y. / Sicheri, F. | ||||||
![]() | ![]() Title: Atomic structure of the KEOPS complex: an ancient protein kinase-containing molecular machine. Authors: Mao, D.Y. / Neculai, D. / Downey, M. / Orlicky, S. / Haffani, Y.Z. / Ceccarelli, D.F. / Ho, J.S. / Szilard, R.K. / Zhang, W. / Ho, C.S. / Wan, L. / Fares, C. / Rumpel, S. / Kurinov, I. / ...Authors: Mao, D.Y. / Neculai, D. / Downey, M. / Orlicky, S. / Haffani, Y.Z. / Ceccarelli, D.F. / Ho, J.S. / Szilard, R.K. / Zhang, W. / Ho, C.S. / Wan, L. / Fares, C. / Rumpel, S. / Kurinov, I. / Arrowsmith, C.H. / Durocher, D. / Sicheri, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 74.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 60.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 434.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 444.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20046.512 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 20% PEG 1500, 0.2 M CaOAc, 0.1 M imidazole, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 10, 2004 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.48→31.88 Å / Num. all: 13866 / Num. obs: 13866 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.62 % / Rmerge(I) obs: 0.0494 / Net I/σ(I): 15.01 |
Reflection shell | Resolution: 2.48→2.58 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.801 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.48→30.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.48→2.544 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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