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- PDB-3enh: Crystal structure of Cgi121/Bud32/Kae1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3enh
タイトルCrystal structure of Cgi121/Bud32/Kae1 complex
要素
  • Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase
  • Uncharacterized protein MJ0187
キーワードhydrolase/unknown function / Hydrolase / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / dimerization domain / KEOPS / telomere / transcription / hydrolase-unknown function COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / metalloendopeptidase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / metalloendopeptidase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / iron ion binding / protein serine kinase activity / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein / PF0523-like / CGI121/TPRKB / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. ...Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein / PF0523-like / CGI121/TPRKB / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / : / RIO domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXATANTALUM DODECABROMIDE / Regulatory protein Cgi121 / Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Neculai, D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Atomic Structure of the KEOPS Complex: An Ancient Protein Kinase-Containing Molecular Machine
著者: Mao, D.Y.L. / Neculai, D. / Downey, M. / Orlicky, S. / Haffani, Y.Z. / Ceccarelli, D.F. / Ho, J.S.L. / Szilard, R.K. / Zhang, W. / Ho, C.S. / Wan, L. / Fares, C. / Rumpel, S. / Kurinov, I. / ...著者: Mao, D.Y.L. / Neculai, D. / Downey, M. / Orlicky, S. / Haffani, Y.Z. / Ceccarelli, D.F. / Ho, J.S.L. / Szilard, R.K. / Zhang, W. / Ho, C.S. / Wan, L. / Fares, C. / Rumpel, S. / Kurinov, I. / Arrowsmith, C.H. / Durocher, D. / Sicheri, F.
履歴
登録2008年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase
B: Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase
C: Uncharacterized protein MJ0187
D: Uncharacterized protein MJ0187
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,79712
ポリマ－156,4414
非ポリマー16,3568
水00
1
A: Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase
D: Uncharacterized protein MJ0187
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3996
ポリマ－78,2202
非ポリマー8,1784
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area28980 Å2
手法PISA
2
B: Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase
C: Uncharacterized protein MJ0187
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3996
ポリマ－78,2202
非ポリマー8,1784
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area29380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.990, 106.910, 209.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 31
2111B1 - 31
1211A43 - 200
2211B43 - 200
1311A342 - 474
2311B342 - 474
1411A476 - 532
2411B476 - 532
1121C5 - 150
2121D5 - 150

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase / E.C.3.4.24.57 / fusion Kae1/Bud32


分子量: 61128.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: gcp, MJ1130 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58530, EC: 3.4.24.57
#2: タンパク質 Uncharacterized protein MJ0187 / Cgi121


分子量: 17092.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0187 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57646
#3: 化合物
ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br12Ta6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES and 10-15% PEG 3000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97922
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→208.84 Å / Num. obs: 20565 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3.21 / 冗長度: 1.86 % / Rmerge(I) obs: 0.0747 / Rsym value: 0.0747 / Net I/σ(I): 11.96
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2171 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1582 / Rsym value: 0.2171

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ARCHEAL CGI121 AND ARCHEAL KAE1/BUD32 STRUCTURES

解像度: 3.6→94.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 101.685 / SU ML: 0.82 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.852 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3241 1052 5.1 %RANDOM
Rwork0.27109 ---
obs0.27371 19689 99.97 %-
all-20608 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 103.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.94 Å20 Å20 Å2
2--8.77 Å20 Å2
3---4.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→94.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9998 0 144 0 10142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0470.02210465
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3692.04514725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.72651243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.46724.43465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.91151930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3811566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1511.56211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.293210018
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.37233942
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6714.53651
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0.02 Å

Ens-IDAuth asym-ID数タイプWeight position
1A2871TIGHT POSITIONAL0.05
1A2871TIGHT THERMAL0.5
2C1100TIGHT POSITIONAL0.05
2C1100TIGHT THERMAL0.5
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 83 -
Rwork0.326 1434 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8053-2.96051.06466.0896-1.76374.96530.4974-0.0208-0.3837-0.2651-0.5690.3111-0.71970.23990.07160.2317-0.0411-0.03450.0945-0.00250.2857-13.0925.90840.232
26.3757-1.14451.3475.3794-1.57343.11990.69311.3970.2502-0.7585-1.5698-0.363-0.30770.64220.87670.31610.3639-0.04870.8630.41160.591518.13517.39341.132
31.3695-0.9382-0.99322.28071.40633.5227-0.3442-0.0107-0.11230.33740.6016-0.44120.037-0.2561-0.25730.6967-0.01080.00870.45370.0060.44121.20340.316-2.001
43.84950.0273-0.67823.31610.40963.4982-0.07980.61050.243-0.44160.0979-0.1147-0.1237-0.4856-0.01811.11730.2280.0160.6991-0.23260.7278-10.03670.7741.436
54.3881-0.4594-0.90755.14332.464.75980.24630.25530.2103-0.3209-0.2332-0.2782-0.3537-0.1709-0.01310.8750.16220.02350.4105-0.08710.4547-12.03596.75724.864
610.1057-1.57390.13093.21840.34086.2526-0.21910.0840.04630.4775-0.1237-0.4040.4490.35620.34280.09640.0051-0.03560.0660.13090.295741.2952.79362.321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 324
2X-RAY DIFFRACTION2A342 - 530
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 324
4X-RAY DIFFRACTION4B342 - 527
5X-RAY DIFFRACTION5C4 - 147
6X-RAY DIFFRACTION6D4 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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