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- PDB-3mdl: X-ray crystal structure of 1-arachidonoyl glycerol bound to the c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mdl
タイトルX-ray crystal structure of 1-arachidonoyl glycerol bound to the cyclooxygenase channel of cyclooxygenase-2
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / COX-2 / Cyclooxygenase-2 / Endocannabinoid
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to lead ion / response to nematode / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of synaptic plasticity / regulation of neuroinflammatory response / response to fructose / cyclooxygenase pathway / positive regulation of smooth muscle contraction / response to fatty acid / positive regulation of fever generation / response to vitamin D / cellular response to fluid shear stress / prostaglandin secretion / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / response to manganese ion / nuclear outer membrane / response to angiotensin / nuclear inner membrane / negative regulation of smooth muscle contraction / prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to ATP / maintenance of blood-brain barrier / bone mineralization / negative regulation of calcium ion transport / decidualization / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to tumor necrosis factor / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / positive regulation of vasoconstriction / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / : / response to cytokine / learning / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / peroxidase activity / caveola / memory / regulation of blood pressure / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / cellular response to heat / cellular response to hypoxia / angiogenesis / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1AG / ACRYLIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The structural basis of endocannabinoid oxygenation by cyclooxygenase-2.
著者: Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月6日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,14721
ポリマ－134,9202
非ポリマー5,22719
水17,294960
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11490 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area41280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.958, 131.773, 179.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細Asymmetric Unit contains the COX-2 Biological Dimer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / Prostaglandin H2 synthase 2 / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGH synthase 2 / PGHS-2 / PHS II / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / TIS10 protein / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2


分子量: 67459.844 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20 to 599 / 変異: N580A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10 / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-L-IdopNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 972分子

#4: 化合物 ChemComp-1AG / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate / 1-O-[(5Z,8Z,11Z,14Z)-1-オキソ-5,8,11,14-イコサテトラエニル]-L-グリセロ-ル


分子量: 378.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38O4
#5: 化合物
ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID / アクリル酸


分子量: 72.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO


分子量: 619.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32CoN4O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 960 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23-34% Polyacrylic Acid Sodium Salt, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.02M Magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9777 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月7日
放射モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 71165 / Num. obs: 67549 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Adxvdata processing
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CVU

1cvu


解像度: 2.2→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 10.851 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21466 3597 5.1 %RANDOM
Rwork0.1651 ---
obs0.1676 67549 99.24 %-
all-71165 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.169 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.06 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.259 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8906 0 354 960 10220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0229605
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1272.00813054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.22151113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59723.946446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.612151528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.711546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3281.55553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66829014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28834052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2374.54036
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 229 -
Rwork0.225 4546 -
obs--91.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.341.2029-0.00392.0080.35892.7309-0.0756-0.03130.08380.03910.19190.2162-0.218-0.4567-0.11630.05020.07160.04060.18310.06880.14780.794438.008559.2429
22.4547-3.01991.84573.9107-2.80782.89850.0997-0.2022-0.6007-0.19950.42350.75280.3053-0.5686-0.52320.054-0.0984-0.01030.23910.13110.3922-1.020417.308866.266
31.908-0.5772-4.01076.4798-2.600110.7451-0.29470.2448-0.2261-0.1493-0.03970.27440.739-0.51370.33440.0893-0.09880.01750.13350.00680.23613.29192.320864.7852
40.4753-0.1943-0.18220.7346-0.41551.4008-0.0412-0.06690.0890.12430.09960.0072-0.135-0.1004-0.05840.08990.0270.00250.0835-0.01360.094617.568736.624366.1563
50.8765-0.75110.55520.9814-0.61331.425-0.0662-0.07120.0880.11780.0206-0.1006-0.13830.0910.04570.06660.0085-0.01340.06860.00120.109631.487123.42867.2984
61.8969-0.28380.85691.0826-0.15732.13090.0160.03860.0728-0.0634-0.0033-0.0627-0.02380.2122-0.01270.00620.00620.01430.08010.02260.128850.057219.571456.1051
71.44430.1286-0.0810.77090.36962.9760.0692-0.20210.11490.0502-0.0475-0.0772-0.05080.1309-0.02170.02220.01490.00620.10370.03060.130246.287818.595562.916
80.4878-0.2228-0.28920.4647-0.15021.0978-0.058-0.1021-0.09030.0320.06210.05350.11520.0213-0.00410.0792-0.0022-0.00460.060.02590.11328.792513.997361.142
94.2694-1.1034-1.05761.25340.60271.8958-0.0997-0.42980.09550.14120.1617-0.1657-0.03510.3632-0.0620.08980.0222-0.0260.125-0.00690.026640.367218.427780.0507
101.65480.12350.36741.2491-0.03552.2864-0.1204-0.2340.05650.270.17080.0889-0.066-0.2129-0.05030.10360.08240.03860.10430.00260.052114.411531.577476.8399
110.6801-0.286-0.51810.76420.60761.8301-0.0415-0.0921-0.09660.0166-0.00910.1555-0.0327-0.14950.05060.08530.01770.00410.05770.03460.087319.465620.175966.2711
120.9657-0.6403-0.10892.69770.36193.1549-0.0314-0.0447-0.21210.08830.03020.06130.4086-0.060.00120.1122-0.01210.02190.04240.04910.14736.57653.535664.7406
135.62390.8908-1.45050.4212-0.23163.44910.0655-0.1149-0.3505-0.1938-0.07490.01620.58990.27360.00940.30010.0766-0.02840.0341-0.02270.119833.23251.777833.5452
147.2498-6.75245.89696.723-5.86085.10940.4829-0.3633-1.0806-0.89890.56691.20270.7744-0.4925-1.04980.5001-0.277-0.2410.1890.05870.468414.24211.02927.2664
154.5453-2.4241-1.15752.56592.354610.9226-0.06830.1347-0.64630.0681-0.21080.35850.7305-0.66280.27910.1695-0.1259-0.02470.10590.00210.23470.686919.069525.9556
160.6102-0.25350.1770.8508-0.37441.78260.07810.0709-0.041-0.1489-0.0737-0.04550.27520.1681-0.00450.11550.03160.01240.0686-0.00620.085834.177719.352526.7035
170.8099-0.6668-0.45110.8505-0.17131.25080.0469-0.02950.1149-0.03360.0218-0.1111-0.04090.0529-0.06870.048-0.01330.01240.10550.02180.154924.078935.877329.6002
181.9447-0.84381.27780.7843-0.75023.7267-0.05620.15630.27750.08990.04850.04-0.4830.19290.00760.0815-0.00960.01090.05170.06390.169220.368954.853737.7259
191.9598-0.6681-0.24782.67720.76343.36130.1117-0.00020.211-0.2620.1198-0.4331-0.47430.5014-0.23150.0944-0.06430.05360.11610.01510.145928.313750.229127.9276
200.9119-0.4613-0.35281.13990.1861.234-0.01730.05940.0433-0.00430.01080.0892-0.1071-0.21860.00650.04550.0051-0.00610.10590.05110.12819.976542.206537.5449
211.03050.0476-0.21691.1974-0.67411.93690.09120.1227-0.0536-0.2037-0.01830.13850.1031-0.0519-0.07290.0791-0.0156-0.02430.0553-0.01450.099416.226629.374127.4792
224.0160.591-0.14584.33840.0692.68740.16470.27720.0807-0.2764-0.0502-0.1552-0.34190.0203-0.11440.06990.0240.03690.09740.07080.064719.814750.126715.9849
230.8835-0.36820.36250.9511-0.41871.47130.09080.1966-0.0656-0.2084-0.06040.03660.28850.0154-0.03040.13540.0265-0.00680.0635-0.02770.025626.480119.696215.5314
241.365-0.2126-0.21270.8816-0.80532.28490.02890.05410.0187-0.03540.07430.12270.0559-0.2624-0.10310.0087-0.0172-0.00620.10820.03490.12446.909737.484535.3803
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2A68 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3A93 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4A123 - 186
5X-RAY DIFFRACTION5A187 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6A234 - 271
7X-RAY DIFFRACTION7A272 - 320
8X-RAY DIFFRACTION8A321 - 400
9X-RAY DIFFRACTION9A401 - 445
10X-RAY DIFFRACTION10A446 - 493
11X-RAY DIFFRACTION11A494 - 553
12X-RAY DIFFRACTION12A554 - 584
13X-RAY DIFFRACTION13B33 - 67
14X-RAY DIFFRACTION14B68 - 89
15X-RAY DIFFRACTION15B90 - 122
16X-RAY DIFFRACTION16B123 - 188
17X-RAY DIFFRACTION17B189 - 240
18X-RAY DIFFRACTION18B241 - 269
19X-RAY DIFFRACTION19B270 - 302
20X-RAY DIFFRACTION20B303 - 356
21X-RAY DIFFRACTION21B357 - 401
22X-RAY DIFFRACTION22B402 - 429
23X-RAY DIFFRACTION23B430 - 531
24X-RAY DIFFRACTION24B532 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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