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Yorodumi- PDB-5f19: The Crystal Structure of Aspirin Acetylated Human Cyclooxygenase-2 -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5f19 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The Crystal Structure of Aspirin Acetylated Human Cyclooxygenase-2 | |||||||||
Components | Prostaglandin G/H synthase 2 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Membrane protein / Cyclooxygenase / Cyxlooxygenase-2 / Monotopic / Aspirin / Complex / Covalent Inhibitor / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of platelet-derived growth factor production / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / positive regulation of fibroblast growth factor production / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of transforming growth factor beta production ...positive regulation of platelet-derived growth factor production / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / positive regulation of fibroblast growth factor production / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of transforming growth factor beta production / lipoxygenase pathway / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of fever generation / : / response to selenium ion / cellular response to fluid shear stress / prostaglandin secretion / response to nematode / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / long-chain fatty acid biosynthetic process / Interleukin-10 signaling / decidualization / nuclear outer membrane / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / brown fat cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / peroxidase activity / regulation of blood pressure / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / response to oxidative stress / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to hypoxia / neuron projection / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.04 Å | |||||||||
Authors | Lucido, M.J. / Orlando, B.J. / Malkowski, M.G. | |||||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2016Title: Crystal Structure of Aspirin-Acetylated Human Cyclooxygenase-2: Insight into the Formation of Products with Reversed Stereochemistry. Authors: Lucido, M.J. / Orlando, B.J. / Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 5f19.cif.gz | 485.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5f19.ent.gz | 394.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5f19.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5f19_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5f19_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
| Data in XML | 5f19_validation.xml.gz | 48.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 5f19_validation.cif.gz | 69.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f19 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5f1aC ![]() 5fdqC ![]() 3hs5S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 63596.555 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PTGS2, COX2 / Production host: ![]() References: UniProt: P35354, prostaglandin-endoperoxide synthase |
|---|
-Sugars , 4 types, 7 molecules 


| #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | #8: Sugar | ChemComp-BOG / | |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 722 molecules 






| #4: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-AKR / #7: Chemical | ChemComp-EDO / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.37 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 23-34% PAA-5100, 100mM HEPES (pH 7.5), 20mM MgCl2, 0.6% BoG |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1.033 Å | |||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 23, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.04→53.99 Å / Num. obs: 79456 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.66 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 269307 / Scaling rejects: 48 | |||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3HS5 Resolution: 2.04→53.882 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 19.72 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 118.14 Å2 / Biso mean: 31.134 Å2 / Biso min: 8.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.228 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.04→53.882 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
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