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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rry | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Apo Murine H90W Cyclooxygenase-2 | |||||||||
![]() | Prostaglandin G/H synthase 2 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / prostaglandin-endoperoxide synthase / glycosylation / membrane | |||||||||
Function / homology | ![]() Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to lead ion / response to nematode / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synaptic plasticity / positive regulation of smooth muscle contraction / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / response to fatty acid / response to fructose / positive regulation of fever generation / response to vitamin D / prostaglandin secretion / cellular response to fluid shear stress / nuclear outer membrane / response to angiotensin / response to manganese ion / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of smooth muscle contraction / cellular response to ATP / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / maintenance of blood-brain barrier / bone mineralization / negative regulation of calcium ion transport / decidualization / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to tumor necrosis factor / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / keratinocyte differentiation / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / learning / response to cytokine / caveola / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / peroxidase activity / memory / regulation of blood pressure / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / cellular response to heat / cellular response to hypoxia / angiogenesis / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Xu, S. / Blobaum, A.L. / Banerjee, S. / Marnett, L.J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Action at a Distance: MUTATIONS OF PERIPHERAL RESIDUES TRANSFORM RAPID REVERSIBLE INHIBITORS TO SLOW, TIGHT BINDERS OF CYCLOOXYGENASE-2. Authors: Blobaum, A.L. / Xu, S. / Rowlinson, S.W. / Duggan, K.C. / Banerjee, S. / Kudalkar, S.N. / Birmingham, W.R. / Ghebreselasie, K. / Marnett, L.J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 916.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 762.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4rrwC ![]() 4rrxC ![]() 4rrzC ![]() 4rs0C ![]() 3nt1S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 67380.773 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: H90W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase #2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Sugar | ChemComp-BOG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 50 mM EPPS pH 8.0, 20~25% PEG MME 550, 80~120 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2012 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.429→49.364 Å / Num. all: 112545 / Num. obs: 112512 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 38.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 17.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.43→2.52 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Num. unique all: 4642 / % possible all: 99.62 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3NT1 Resolution: 2.429→49.364 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.429→49.364 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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