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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4rry | |||||||||
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| Title | Crystal Structure of Apo Murine H90W Cyclooxygenase-2 | |||||||||
Components | Prostaglandin G/H synthase 2 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / prostaglandin-endoperoxide synthase / glycosylation / membrane | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationBiosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of fever generation / response to selenium ion / cellular response to fluid shear stress / prostaglandin secretion / response to nematode / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / dioxygenase activity / bone mineralization / nuclear outer membrane / decidualization / brown fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / peroxidase activity / regulation of blood pressure / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / neuron projection / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.429 Å | |||||||||
Authors | Xu, S. / Blobaum, A.L. / Banerjee, S. / Marnett, L.J. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015Title: Action at a Distance: MUTATIONS OF PERIPHERAL RESIDUES TRANSFORM RAPID REVERSIBLE INHIBITORS TO SLOW, TIGHT BINDERS OF CYCLOOXYGENASE-2. Authors: Blobaum, A.L. / Xu, S. / Rowlinson, S.W. / Duggan, K.C. / Banerjee, S. / Kudalkar, S.N. / Birmingham, W.R. / Ghebreselasie, K. / Marnett, L.J. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4rry.cif.gz | 916.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4rry.ent.gz | 762.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4rry.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4rry_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4rry_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
| Data in XML | 4rry_validation.xml.gz | 84.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 4rry_validation.cif.gz | 116.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/4rry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/4rry | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4rrwC ![]() 4rrxC ![]() 4rrzC ![]() 4rs0C ![]() 3nt1S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 67380.773 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: H90W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase #2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Sugar | ChemComp-BOG / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.35 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 50 mM EPPS pH 8.0, 20~25% PEG MME 550, 80~120 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2012 |
| Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.429→49.364 Å / Num. all: 112545 / Num. obs: 112512 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 38.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 17.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2.43→2.52 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Num. unique all: 4642 / % possible all: 99.62 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3NT1 Resolution: 2.429→49.364 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.39 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.429→49.364 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
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