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Yorodumi- PDB-3mdl: X-ray crystal structure of 1-arachidonoyl glycerol bound to the c... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3mdl | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | X-ray crystal structure of 1-arachidonoyl glycerol bound to the cyclooxygenase channel of cyclooxygenase-2 | |||||||||
Components | Prostaglandin G/H synthase 2 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / COX-2 / Cyclooxygenase-2 / Endocannabinoid | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationBiosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of fever generation / response to selenium ion / cellular response to fluid shear stress / prostaglandin secretion / response to nematode / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / dioxygenase activity / bone mineralization / decidualization / nuclear outer membrane / brown fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / peroxidase activity / regulation of blood pressure / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / neuron projection / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011Title: The structural basis of endocannabinoid oxygenation by cyclooxygenase-2. Authors: Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 3mdl.cif.gz | 418.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3mdl.ent.gz | 329.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3mdl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3mdl_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3mdl_full_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | |
| Data in XML | 3mdl_validation.xml.gz | 61.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 3mdl_validation.cif.gz | 85.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/3mdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/3mdl | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3oltC ![]() 3oluC ![]() 1cvuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
-
Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
| ||||||||
| Details | Asymmetric Unit contains the COX-2 Biological Dimer. |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 67459.844 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 20 to 599 / Mutation: N580A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase |
|---|
-Sugars , 4 types, 7 molecules 


| #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | #9: Sugar | ChemComp-BOG / | |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 972 molecules 








| #4: Chemical | | #5: Chemical | ChemComp-AKR / #6: Chemical | #7: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.91 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 23-34% Polyacrylic Acid Sodium Salt, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.02M Magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 77 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.9777 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: May 7, 2007 |
| Radiation | Monochromator: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9777 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→20 Å / Num. all: 71165 / Num. obs: 67549 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.9 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 1CVU Resolution: 2.2→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 10.851 / SU ML: 0.125 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.189 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 28.169 Å2
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| Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.259 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→19.97 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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