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- PDB-3mdl: X-ray crystal structure of 1-arachidonoyl glycerol bound to the c... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mdl | |||||||||
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Title | X-ray crystal structure of 1-arachidonoyl glycerol bound to the cyclooxygenase channel of cyclooxygenase-2 | |||||||||
![]() | Prostaglandin G/H synthase 2 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / COX-2 / Cyclooxygenase-2 / Endocannabinoid | |||||||||
Function / homology | ![]() Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvage ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvage / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / cellular response to lead ion / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synaptic plasticity / response to fatty acid / response to fructose / positive regulation of smooth muscle contraction / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / positive regulation of fever generation / response to vitamin D / prostaglandin secretion / cellular response to fluid shear stress / response to selenium ion / response to nematode / nuclear outer membrane / response to angiotensin / nuclear inner membrane / response to manganese ion / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to ATP / maintenance of blood-brain barrier / bone mineralization / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of cell cycle / decidualization / response to tumor necrosis factor / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / keratinocyte differentiation / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / peroxidase activity / caveola / regulation of blood pressure / memory / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / cellular response to heat / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / cellular response to hypoxia / response to oxidative stress / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G. | |||||||||
![]() | ![]() Title: The structural basis of endocannabinoid oxygenation by cyclooxygenase-2. Authors: Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 418.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 329.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3oltC ![]() 3oluC ![]() 1cvuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | Asymmetric Unit contains the COX-2 Biological Dimer. |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 67459.844 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 20 to 599 / Mutation: N580A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase |
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-Sugars , 4 types, 7 molecules 


#2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | #9: Sugar | ChemComp-BOG / | |
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-Non-polymers , 5 types, 972 molecules 








#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-AKR / #6: Chemical | #7: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has protein modification | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 23-34% Polyacrylic Acid Sodium Salt, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.02M Magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: May 7, 2007 |
Radiation | Monochromator: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9777 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→20 Å / Num. all: 71165 / Num. obs: 67549 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1CVU Resolution: 2.2→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 10.851 / SU ML: 0.125 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.189 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.169 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.259 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→19.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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