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- PDB-3hs6: X-ray crystal structure of eicosapentaenoic acid bound to the cyc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hs6 | |||||||||
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Title | X-ray crystal structure of eicosapentaenoic acid bound to the cyclooxygenase channel of cyclooxygenase-2 | |||||||||
![]() | Prostaglandin G/H synthase 2 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Disulfide bond / Endoplasmic reticulum / Fatty acid biosynthesis / Glycoprotein / Heme / Iron / Lipid synthesis / Membrane / Metal-binding / Microsome / Peroxidase / Phosphoprotein / Prostaglandin biosynthesis | |||||||||
Function / homology | ![]() Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to lead ion / response to nematode / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synaptic plasticity / positive regulation of smooth muscle contraction / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / response to fatty acid / response to fructose / positive regulation of fever generation / prostaglandin secretion / response to vitamin D / cellular response to fluid shear stress / nuclear outer membrane / response to angiotensin / response to manganese ion / prostaglandin biosynthetic process / nuclear inner membrane / negative regulation of smooth muscle contraction / cellular response to ATP / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / maintenance of blood-brain barrier / bone mineralization / negative regulation of calcium ion transport / decidualization / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to tumor necrosis factor / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / keratinocyte differentiation / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / response to cytokine / caveola / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / memory / regulation of blood pressure / positive regulation of protein import into nucleus / peroxidase activity / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / response to estradiol / cellular response to heat / regulation of cell population proliferation / cellular response to hypoxia / angiogenesis / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Vecchio, A.J. / Simmons, D.M. / Malkowski, M.G. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of fatty acid substrate binding to cyclooxygenase-2. Authors: Vecchio, A.J. / Simmons, D.M. / Malkowski, M.G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 319 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 47.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 67.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3hs5C ![]() 3hs7C ![]() 3krkC ![]() 1cvuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 67933.391 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: N580A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase |
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-Sugars , 5 types, 8 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
#2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | #9: Sugar | |
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-Non-polymers , 5 types, 503 molecules ![](data/chem/img/EPA.gif)
![](data/chem/img/AKR.gif)
![](data/chem/img/COH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AKR.gif)
![](data/chem/img/COH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-AKR / #7: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-EDO / #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 54.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 23-34% Polyacrylic acid 5100, 100mM HEPES pH 7.5, 20mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Dec 21, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→19.95 Å / Num. obs: 56982 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.53 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1CVU Resolution: 2.4→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 15.647 / SU ML: 0.164 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.231 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.082 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.296 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→19.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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