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Yorodumi- PDB-3hs5: X-ray crystal structure of arachidonic acid bound to the cyclooxy... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3hs5 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | X-ray crystal structure of arachidonic acid bound to the cyclooxygenase channel of cyclooxygenase-2 | |||||||||
Components | Prostaglandin G/H synthase 2 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Disulfide bond / Endoplasmic reticulum / Fatty acid biosynthesis / Glycoprotein / Heme / Iron / Lipid synthesis / Membrane / Metal-binding / Microsome / Peroxidase / Phosphoprotein / Prostaglandin biosynthesis | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationBiosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of fever generation / response to selenium ion / cellular response to fluid shear stress / prostaglandin secretion / response to nematode / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / dioxygenase activity / bone mineralization / decidualization / nuclear outer membrane / brown fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / peroxidase activity / regulation of blood pressure / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / neuron projection / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Vecchio, A.J. / Simmons, D.M. / Malkowski, M.G. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2010Title: Structural basis of fatty acid substrate binding to cyclooxygenase-2. Authors: Vecchio, A.J. / Simmons, D.M. / Malkowski, M.G. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 3hs5.cif.gz | 421.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3hs5.ent.gz | 332.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3hs5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3hs5_validation.pdf.gz | 3.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3hs5_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | Display | |
| Data in XML | 3hs5_validation.xml.gz | 62.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 3hs5_validation.cif.gz | 85 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/3hs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/3hs5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3hs6C ![]() 3hs7C ![]() 3krkC ![]() 1cvuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 67933.391 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: N580A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase |
|---|
-Sugars , 4 types, 8 molecules 


| #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | #8: Sugar | |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 925 molecules 








| #4: Chemical | | #5: Chemical | #6: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-EDO / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.43 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 23-34% Polyacrylic acid 5100, 100mM HEPES pH 7.5, 20mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.9789 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Dec 21, 2008 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→20 Å / Num. obs: 83526 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 12.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.21 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 1CVU Resolution: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.139 / SU ML: 0.111 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.161 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 33.632 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.284 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→20 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
Citation


























PDBj






