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Yorodumi- PDB-3lr8: Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lr8 | ||||||
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Title | Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensitive relay | ||||||
Components | Major ampullate spidroin 1 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / dragline spider silk / self-assembly / pH-dependence / NT E79Q mutant | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Euprosthenops australis (spider) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Askarieh, G. / Hedhammar, H. / Nordling, K. / Rising, A. / Johansson, J. / Knight, S.D. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2010 Title: Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensitive relay. Authors: Askarieh, G. / Hedhammar, M. / Nordling, K. / Saenz, A. / Casals, C. / Rising, A. / Johansson, J. / Knight, S.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lr8.cif.gz | 108.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3lr8.ent.gz | 86.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lr8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3lr8_validation.pdf.gz | 467.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3lr8_full_validation.pdf.gz | 471.1 KB | Display | |
Data in XML | 3lr8_validation.xml.gz | 13.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3lr8_validation.cif.gz | 17.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lr8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14182.728 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-terminal domain / Mutation: E79Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Euprosthenops australis (spider) / Gene: MaSp1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q05H60 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.5 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion / Details: Ammonium sulphate, PEG 400, VAPOR DIFFUSION |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD | ||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength | Relative weight: 1 | ||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→79.06 Å / Num. obs: 15139 / Observed criterion σ(I): 2.2 / Redundancy: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 2 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 2315 |
-Processing
Software | Name: REFMAC / Version: 5.2.0019 / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: NT wild-type Resolution: 2.3→53.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 10.794 / SU ML: 0.137 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.215 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 8.444 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→53.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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