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- PDB-6v3t: X-Ray Crystal Structure of Tribolium castaneum Arylalkylamine N-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v3t
タイトルX-Ray Crystal Structure of Tribolium castaneum Arylalkylamine N-acyltransferase in Complex with Acetyl-CoA
要素Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
キーワードTRANSFERASE / AANAT / Complex / CoA
機能・相同性N-acetyltransferase activity / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETYL COENZYME *A / Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
機能・相同性情報
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Lewandowski, E.M. / Chen, Y.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Characterization of ArylalkylamineN-Acyltransferase fromTribolium castaneum: An Investigation into a Potential Next-Generation Insecticide Target.
著者: O'Flynn, B.G. / Lewandowski, E.M. / Prins, K.C. / Suarez, G. / McCaskey, A.N. / Rios-Guzman, N.M. / Anderson, R.L. / Shepherd, B.A. / Gelis, I. / Leahy, J.W. / Chen, Y. / Merkler, D.J.
履歴
登録2019年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
B: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
C: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
D: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
E: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
G: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,16712
ポリマ－148,3096
非ポリマー4,8576
水362
1
A: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5282
ポリマ－24,7181
非ポリマー8101
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5282
ポリマ－24,7181
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5282
ポリマ－24,7181
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5282
ポリマ－24,7181
非ポリマー8101
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5282
ポリマ－24,7181
非ポリマー8101
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
G: Dopamine N-acetyltransferase-like Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5282
ポリマ－24,7181
非ポリマー8101
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.140, 131.660, 178.361
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25G
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29G
110C
210D
111C
211E
112C
212G
113D
213E
114D
214G
115E
215G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 213 / Label seq-ID: 1 - 213

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14AA
24EE
15AA
25GF
16BB
26CC
17BB
27DD
18BB
28EE
19BB
29GF
110CC
210DD
111CC
211EE
112CC
212GF
113DD
213EE
114DD
214GF
115EE
215GF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.500071, -0.865985, 0.000306), (-0.865985, -0.50007, 0.000374), (-0.000171, -0.000452, -1)50.826401, 88.16468, 416.208893

-
要素

#1: タンパク質
Dopamine N-acetyltransferase-like Protein


分子量: 24718.213 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: TcasGA2_TC007905 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2A2Z2
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 200mM Sodium Citrate, 20% PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→89.18 Å / Num. obs: 41256 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.84→2.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4677

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FD6

4fd6


解像度: 2.84→89.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 26.912 / SU ML: 0.475 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.46
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3083 2052 4.9 %RANDOM
Rwork0.2352 ---
obs0.2385 39474 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.04 Å2 / Biso mean: 77.315 Å2 / Biso min: 44.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.02 Å20 Å20.04 Å2
2--5.4 Å20 Å2
3----10.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.84→89.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10164 0 306 2 10472
Biso mean--73.78 64.83 -
残基数----1278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01310738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.68614521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1641.60923258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.49551284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27122.442557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.508151927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0671566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022233
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1694TIGHT POSITIONAL0.160.11
1A1694TIGHT POSITIONAL0.150.11
1A1694TIGHT POSITIONAL0.140.11
1A1703TIGHT POSITIONAL0.160.11
1A1703TIGHT POSITIONAL0.160.11
1A1694TIGHT POSITIONAL0.150.11
1A1722TIGHT THERMAL2.261.12
2A1722TIGHT THERMAL2.291.12
3A1722TIGHT THERMAL2.381.12
4A1722TIGHT THERMAL2.281.12
5A1722TIGHT THERMAL2.411.12
6B1703TIGHT THERMAL2.391.12
7B1703TIGHT THERMAL2.231.12
8B1703TIGHT THERMAL2.211.12
9B1703TIGHT THERMAL2.481.12
10C1694TIGHT THERMAL2.321.12
11C1694TIGHT THERMAL2.361.12
12C1694TIGHT THERMAL2.311.12
13D1703TIGHT THERMAL2.291.12
14D1703TIGHT THERMAL2.341.12
15E1694TIGHT THERMAL2.241.12
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.914 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.495 152 -
Rwork0.391 2938 -
all-3090 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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