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- PDB-6nie: BesD with Fe(II), chloride, and alpha-ketoglutarate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nie
タイトルBesD with Fe(II), chloride, and alpha-ketoglutarate
要素BesD, lysine halogenase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / halogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とし、他方は脱水素化される / L-lysine 4-chlorinase activity / L-propargylglycine biosynthetic process / L-beta-ethynylserine biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
2-OXOGLUTARIC ACID / : / : / LYSINE / L-lysine 4-chlorinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces cattleya (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Neugebauer, M.E. / Chang, M.C.Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: A family of radical halogenases for the engineering of amino-acid-based products.
著者: Neugebauer, M.E. / Sumida, K.H. / Pelton, J.G. / McMurry, J.L. / Marchand, J.A. / Chang, M.C.Y.
履歴
登録2018年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BesD, lysine halogenase
B: BesD, lysine halogenase
C: BesD, lysine halogenase
D: BesD, lysine halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,87021
ポリマ－117,2764
非ポリマー1,59417
水15,259847
1
A: BesD, lysine halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7045
ポリマ－29,3191
非ポリマー3854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BesD, lysine halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7596
ポリマ－29,3191
非ポリマー4405
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: BesD, lysine halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7045
ポリマ－29,3191
非ポリマー3854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: BesD, lysine halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7045
ポリマ－29,3191
非ポリマー3854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.358, 68.916, 79.702
Angle α, β, γ (deg.)115.36, 91.57, 112.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
BesD, lysine halogenase


分子量: 29319.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cattleya (strain ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057) (バクテリア)
株: ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057
遺伝子: SCATT_p06880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8XHD5

-
非ポリマー , 6種, 864分子

#2: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1:1 volume of protein solution (10 mg/mL BesD, lysine (1.5 mM), alpha-ketoglutarate (3 mM, pH 7)) and reservoir solution (MES pH 6.5 (100 mM), sodium chloride (0.6 mM), containing 20% (v/v) ...詳細: 1:1 volume of protein solution (10 mg/mL BesD, lysine (1.5 mM), alpha-ketoglutarate (3 mM, pH 7)) and reservoir solution (MES pH 6.5 (100 mM), sodium chloride (0.6 mM), containing 20% (v/v) PEG 4000. Soaked anaerobically in a solution containing (NH4)2Fe(SO4)2 * 6H2O (1mM), alpha-ketoglutarate (1 mM), sodium ascorbate (1 mM), lysine (1 mM), and glycerol (20% (v/v) for 30 min before flash freezing in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 194 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→70.03 Å / Num. obs: 149915 / % possible obs: 97.35 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 7341 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→70.027 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2159 7295 4.87 %
Rwork0.1772 --
obs0.1791 149912 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→70.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7808 0 89 847 8744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98211065
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9772979
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.97220.35482160.33114624X-RAY DIFFRACTION96
1.9722-1.99540.32212390.30354692X-RAY DIFFRACTION96
1.9954-2.01970.32172420.29664648X-RAY DIFFRACTION96
2.0197-2.04530.27422360.27824755X-RAY DIFFRACTION96
2.0453-2.07220.32912640.26194633X-RAY DIFFRACTION96
2.0722-2.10060.27682760.25494675X-RAY DIFFRACTION96
2.1006-2.13060.27892220.2464728X-RAY DIFFRACTION96
2.1306-2.16240.28512340.23274696X-RAY DIFFRACTION97
2.1624-2.19620.25762240.2244732X-RAY DIFFRACTION96
2.1962-2.23220.28462220.21614665X-RAY DIFFRACTION97
2.2322-2.27070.25282230.21024850X-RAY DIFFRACTION97
2.2707-2.3120.24552380.20144732X-RAY DIFFRACTION97
2.312-2.35650.22312360.20074774X-RAY DIFFRACTION97
2.3565-2.40460.26362800.2074658X-RAY DIFFRACTION97
2.4046-2.45690.26332410.1854770X-RAY DIFFRACTION97
2.4569-2.5140.21462180.18174709X-RAY DIFFRACTION97
2.514-2.57690.22082380.18024856X-RAY DIFFRACTION97
2.5769-2.64660.18672260.1834736X-RAY DIFFRACTION98
2.6466-2.72440.25542480.18614725X-RAY DIFFRACTION98
2.7244-2.81240.22712280.18644824X-RAY DIFFRACTION98
2.8124-2.91290.2312120.19064855X-RAY DIFFRACTION98
2.9129-3.02950.23332980.1824708X-RAY DIFFRACTION98
3.0295-3.16740.24572760.17774739X-RAY DIFFRACTION98
3.1674-3.33440.20452500.17124814X-RAY DIFFRACTION98
3.3344-3.54330.19152740.15764784X-RAY DIFFRACTION98
3.5433-3.81690.16892740.13274864X-RAY DIFFRACTION99
3.8169-4.20090.17022020.13284846X-RAY DIFFRACTION99
4.2009-4.80870.16342680.12474812X-RAY DIFFRACTION99
4.8087-6.05790.18322260.1524876X-RAY DIFFRACTION99
6.0579-70.07210.18512640.16734837X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4223-0.7973-0.24113.33110.48551.4313-0.0793-0.11160.12390.18010.1228-0.1063-0.19720.0359-0.0380.2152-0.00160.0180.1754-0.02270.1986-11.018766.883624.9527
21.7038-0.6892-0.36873.09530.5412.38080.10150.2225-0.1163-0.9028-0.0154-0.0342-00.1411-0.02030.52460.00730.06730.2086-0.03760.2108-4.134530.6873-4.9632
31.6695-0.28840.4942.02240.04411.60430.01840.21780.0645-0.5299-0.11740.5097-0.1457-0.31660.10040.52880.0357-0.14390.3456-0.03990.4686-30.81254.0036-3.7448
42.6655-1.2423-0.31643.83560.29472.1798-0.383-0.5017-0.20441.22150.35770.27830.52070.15450.03370.55930.13680.12910.21460.07860.156-8.557431.73631.7336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 8 through 251)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 8 through 251)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 9 through 252)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 8 through 251)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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