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- PDB-3gzj: Crystal Structure of Polyneuridine Aldehyde Esterase Complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gzj
タイトルCrystal Structure of Polyneuridine Aldehyde Esterase Complexed with 16-epi-Vellosimine
要素Polyneuridine-aldehyde esterase
キーワードHYDROLASE / hydrolase superfamily / Alkaloid metabolism / Serine esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


polyneuridine-aldehyde esterase / polyneuridine-aldehyde esterase activity / indole alkaloid metabolic process / jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl indole-3-acetate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Methylesterase/Alpha-hydroxynitrile lyase / Alpha/beta hydrolase family / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
16-epi-Vellosimine / Polyneuridine-aldehyde esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Rauvolfia serpentina (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Yang, L. / Hill, M. / Wang, M. / Panjikar, S. / Stoeckigt, J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Structural basis and enzymatic mechanism of the biosynthesis of C9- from C10-monoterpenoid indole alkaloids
著者: Yang, L. / Hill, M. / Wang, M. / Panjikar, S. / Stockigt, J.
履歴
登録2009年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyneuridine-aldehyde esterase
B: Polyneuridine-aldehyde esterase
C: Polyneuridine-aldehyde esterase
D: Polyneuridine-aldehyde esterase
E: Polyneuridine-aldehyde esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,2289
ポリマ－145,0585
非ポリマー1,1704
水4,414245
1
A: Polyneuridine-aldehyde esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3042
ポリマ－29,0121
非ポリマー2921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polyneuridine-aldehyde esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3042
ポリマ－29,0121
非ポリマー2921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Polyneuridine-aldehyde esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3042
ポリマ－29,0121
非ポリマー2921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Polyneuridine-aldehyde esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3042
ポリマ－29,0121
非ポリマー2921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Polyneuridine-aldehyde esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0121
ポリマ－29,0121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.210, 44.610, 180.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMETEE114 - 136108 - 130
21METMETMETMETBB114 - 136108 - 130
12GLYGLYMETMETEE146 - 153140 - 147
22GLYGLYMETMETBB146 - 153140 - 147
13PHEPHELYSLYSEE189 - 207183 - 201
23PHEPHELYSLYSBB189 - 207183 - 201
14VALVALLYSLYSEE221 - 235215 - 229
24VALVALLYSLYSBB221 - 235215 - 229

-
要素

#1: タンパク質
Polyneuridine-aldehyde esterase


分子量: 29011.629 Da / 分子数: 5 / 変異: A244H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (植物) / プラスミド: pREP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q9SE93, polyneuridine-aldehyde esterase
#2: 化合物
ChemComp-EVS / 16-epi-Vellosimine


分子量: 292.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: PEG 3350, 0.20M Bis-Tris, 0.25M Lis2SO4, pH 6.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→20 Å / Num. all: 66881 / Num. obs: 66881 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.19→2.32 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 10364 / Rsym value: 0.425 / % possible all: 93.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WFL

2wfl


解像度: 2.19→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 16.041 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 3407 5.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.212 66881 --
obs0.212 66881 97.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 342.13 Å2 / Biso mean: 27.852 Å2 / Biso min: 7.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.05 Å20 Å20.61 Å2
2--3.26 Å20 Å2
3----0.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9985 0 88 245 10318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02210343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8411.98813968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.81451265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77824.651430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.159151845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2211535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.25227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.26998
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.360.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3370.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9231.56542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.427210215
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.49134378
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6134.53753
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: E / Ens-ID: 1 / 数: 524 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
TIGHT POSITIONAL0.080.05
TIGHT THERMAL0.310.5
LS精密化 シェル解像度: 2.192→2.249 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 230 -
Rwork0.231 4198 -
all-4428 -
obs-4428 87.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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