+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lom | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF GERANYLTRANSFERASE FROM Legionella pneumophila | ||||||
![]() | Geranyltranstransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GERANYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / Isoprene biosynthesis / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Patskovsky, Y. / Toro, R. / Rutter, M. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Prediction of function for the polyprenyl transferase subgroup in the isoprenoid synthase superfamily. 著者: Wallrapp, F.H. / Pan, J.J. / Ramamoorthy, G. / Almonacid, D.E. / Hillerich, B.S. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Jacobson, M.P. / Poulter, C.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 98.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 463.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3lvsC ![]() 3mzvC ![]() 3nf2C ![]() 3oyrC ![]() 3p41C ![]() 3p8lC ![]() 3p8rC ![]() 3pdeC ![]() 3pkoC ![]() 3q1oC ![]() 3q2qC ![]() 3qqvC ![]() 3rmgC ![]() 3ts7C ![]() 3ucaC ![]() 4dhdC ![]() 4f62C ![]() 4fp4C C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34775.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: ispA, lpg2330 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5ZT35, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 % / 解説: DATA ANISOTROPIC |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M PHOSPHATE-CITRATE PH 4.2, 200MM LITHIUM SULFATE, 20% PEG1000, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月23日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 30725 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 9.3 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.493 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
|