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- PDB-2i7g: Crystal Structure of Monooxygenase from Agrobacterium tumefaciens -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2i7g | ||||||
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Title | Crystal Structure of Monooxygenase from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
![]() | Monooxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alpha-beta / TIM barrel / helix-bundle / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ![]() oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Xu, X. / Zheng, H. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The Crystal Structure of Monooxygenase from Agrobacterium tumefaciens Authors: Kim, Y. / Xu, X. / Zheng, H. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 170.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 142 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 472.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 491.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 54.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 41671.867 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Species: Agrobacterium tumefaciens / Strain: C58 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1M Bis-tris pH 5.5, 0.2M Ammonium sulfate, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: SBC-3 / Detector: CCD / Date: Aug 22, 2006 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97908 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.73→29.37 Å / Num. all: 78621 / Num. obs: 78621 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.73→1.79 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6883 / % possible all: 87.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.563 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.73→29.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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