PDB-6fri: Structure of LuxB from Photobacterium leiognathi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fri

タイトル

Structure of LuxB from Photobacterium leiognathi

要素

Alkanal monooxygenase beta chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LUCIFERASE / MONO-OXYGENASE / BETA-DIMER / bioluminescence

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial luciferase / alkanal monooxygenase (FMN-linked) activity / bioluminescence / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Photobacterium leiognathi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.297 Å

データ登録者

Uhl, M. / Gruber, K.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of LuxB from Photobacterium leiognathi
著者: Uhl, M. / Gruber, K.

履歴

登録	2018年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fri.cif.gz	273 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fri.ent.gz	220.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6fri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/6fri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fgcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xkj-d 5g10-d 1ofq-2 1brl-1 1mdx-2 4igm-1 5li3-d 2i7g-d 1luc-d 2c18-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Alkanal monooxygenase beta chain

B: Alkanal monooxygenase beta chain

C: Alkanal monooxygenase beta chain

D: Alkanal monooxygenase beta chain

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alkanal monooxygenase beta chain

B: Alkanal monooxygenase beta chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Alkanal monooxygenase beta chain

D: Alkanal monooxygenase beta chain

ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.324, 52.487, 157.662
Angle α, β, γ (deg.)	93.38, 90.12, 114.14
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Alkanal monooxygenase beta chain / Bacterial luciferase beta chain 分子量: 37395.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photobacterium leiognathi (バクテリア) 遺伝子: luxB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09141, bacterial luciferase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M BisTris pH 5 40 mM NH4 Acetate 40% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→42 Å / Num. obs: 60104 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 19.45
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / R_merge(I) obs: 0.696 / CC_1/2: 0.657 / R_pim(I) all: 0.488

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FGC

3fgc

解像度: 2.297→42.089 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	2959	5.05 %
R_work	0.2205	-	-
obs	0.2231	58604	95.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.297→42.089 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10430	0	4	497	10931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	10676
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.474	14438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.141	6429
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1580
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1881

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2967-2.3343	0.4095	125	0.3403	2250	X-RAY DIFFRACTION	82
2.3343-2.3746	0.3718	161	0.3335	2662	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3746-2.4178	0.3685	137	0.3194	2489	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4178-2.4643	0.3628	127	0.304	2620	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4643-2.5146	0.3648	148	0.3006	2604	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5146-2.5692	0.3266	141	0.2936	2590	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5692-2.629	0.3473	144	0.2992	2720	X-RAY DIFFRACTION	95
2.629-2.6947	0.3569	132	0.2681	2572	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6947-2.7676	0.3393	144	0.2681	2724	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7676-2.849	0.3053	140	0.2566	2624	X-RAY DIFFRACTION	96
2.849-2.9409	0.3439	142	0.2516	2727	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9409-3.046	0.309	131	0.2439	2702	X-RAY DIFFRACTION	97
3.046-3.1679	0.2594	146	0.2275	2744	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1679-3.312	0.2566	136	0.2152	2686	X-RAY DIFFRACTION	97
3.312-3.4866	0.2726	140	0.2042	2761	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4866-3.7049	0.2428	150	0.188	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7049-3.9908	0.2471	134	0.1631	2759	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9908-4.392	0.1923	143	0.1502	2718	X-RAY DIFFRACTION	98
4.392-5.0266	0.1698	156	0.153	2670	X-RAY DIFFRACTION	97
5.0266-6.3295	0.2176	130	0.183	2698	X-RAY DIFFRACTION	96
6.3295-42.0964	0.2016	152	0.1743	2616	X-RAY DIFFRACTION	94

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関連情報:EMDBヘッダ

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