PDB-5uid: The crystal structure of an aminotransferase TlmJ from Streptoall...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uid

タイトル

The crystal structure of an aminotransferase TlmJ from Streptoalloteichus hindustanus

要素

Aminotransferase TlmJ

キーワード

TRANSFERASE / Aminotransferase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptoalloteichus hindustanus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Tan, K. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Phillips Jr., G.N. / Joachmiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of an aminotransferase TlmJ from Streptoalloteichus hindustanus.
著者: Tan, K. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Phillips Jr., G.N. / Joachmiak, A.

履歴

登録	2017年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uid.cif.gz	573.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uid.ent.gz	473.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/5uid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/5uid	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4oca-1 1b9h-1 2oge-2 2oga-1 5u1z-2 3frk-d 4piw-2 4zas-3 1cnz-d 4zas-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC109187

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminotransferase TlmJ

B: Aminotransferase TlmJ

C: Aminotransferase TlmJ

D: Aminotransferase TlmJ

ヘテロ分子

177 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Aminotransferase TlmJ

B: Aminotransferase TlmJ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Aminotransferase TlmJ

D: Aminotransferase TlmJ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	139.601, 198.093, 60.561
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Aminotransferase TlmJ 分子量: 43446.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptoalloteichus hindustanus (バクテリア) 遺伝子: tlmJ / プラスミド: pMCSG73 / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4KUD2
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.8 M Lisium sulfate, 0.1 M Sodium Acetate:HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月12日 / 詳細: Mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→40 Å / Num. obs: 84790 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.842 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4061 / CC_1/2: 0.83 / R_pim(I) all: 0.293 / Χ²: 0.539 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.18→34.9 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.73

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2328	4182	5.01 %	random
R_work	0.1898	-	-	-
obs	0.1919	83532	94.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→34.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11101	0	149	397	11647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.49	15634
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.607	6728
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1717
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2032

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.2048	0.2839	116	0.2352	2386	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2048-2.2307	0.3142	123	0.2234	2435	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2307-2.2579	0.2506	134	0.2229	2472	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2579-2.2865	0.2532	125	0.2124	2453	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2865-2.3166	0.2489	144	0.2216	2508	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3166-2.3483	0.2977	153	0.2257	2486	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3483-2.3818	0.2896	141	0.2198	2512	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3818-2.4174	0.298	137	0.2245	2582	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4174-2.4551	0.2582	139	0.2233	2514	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4551-2.4954	0.291	142	0.2238	2583	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4954-2.5384	0.2845	124	0.2246	2600	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5384-2.5845	0.2835	137	0.2184	2563	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5845-2.6342	0.2883	169	0.2225	2612	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6342-2.688	0.2932	139	0.2232	2523	X-RAY DIFFRACTION	93
2.688-2.7464	0.2559	136	0.2286	2632	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7464-2.8103	0.2774	119	0.2279	2589	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8103-2.8805	0.2512	153	0.21	2644	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8805-2.9584	0.2414	139	0.2203	2603	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9584-3.0454	0.2153	142	0.2152	2699	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0454-3.1436	0.2786	138	0.2144	2677	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1436-3.2559	0.2758	156	0.21	2728	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2559-3.3861	0.2357	128	0.1965	2773	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3861-3.5401	0.2136	136	0.1789	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5401-3.7265	0.2143	134	0.1695	2789	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7265-3.9597	0.1976	133	0.1615	2790	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9597-4.265	0.1966	175	0.1531	2783	X-RAY DIFFRACTION	99
4.265-4.6932	0.2006	131	0.1439	2856	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6932-5.3703	0.1838	147	0.1607	2840	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3703-6.7579	0.2271	151	0.1879	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7579-34.9047	0.166	141	0.163	3036	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.0884	-1.4507	-4.0461	2.7597	0.0749	2.7696	0.2831	0.0171	0.3518	-0.1122	-0.0249	-0.0196	-0.204	-0.063	-0.2831	0.3046	-0.0226	-0.0426	0.1543	-0.0105	0.1083	41.3596	47.4764	26.2851
2	2.5712	-1.2658	-1.2932	7.5207	0.377	1.1798	-0.0981	0.2823	0.0789	-0.2452	0.1562	0.2262	0.057	-0.0857	-0.0852	0.2235	-0.0384	-0.0332	0.3152	-0.0047	0.1418	35.1634	32.5054	16.2785
3	2.9731	1.3361	-0.7468	2.4635	-1.1298	2.3867	-0.3054	0.3753	-0.5136	-0.192	0.2451	-0.2589	0.3809	-0.0913	0.0508	0.2786	-0.0127	0.0519	0.2681	-0.0847	0.2686	50.8137	16.9798	13.8507
4	2.1994	0.2888	-0.8982	1.5147	-0.9128	2.2757	-0.1066	0.5508	-0.2315	-0.3917	0.186	0.0222	0.0886	0.0034	-0.1015	0.3183	-0.0516	0.0035	0.3476	-0.0684	0.1998	45.9995	27.496	6.3618
5	4.288	2.0221	-1.3657	3.6861	-0.6305	3.094	-0.1324	0.5328	0.0837	-0.2807	0.1086	0.2237	0.0766	-0.0512	-0.0062	0.2267	0.0313	0.0116	0.2703	0.0161	0.1584	37.2118	31.1567	18.0217
6	0.6589	-1.4256	-1.0093	7.4343	0.3462	4.5015	-0.1106	0.2017	-0.293	0.0713	-0.0053	0.2439	-0.0535	-0.8575	0.1213	0.2515	0.0345	-0.0292	0.3577	0.0011	0.1319	23.7724	26.2317	28.8254
7	7.6881	0.2277	-5.1795	1.5522	-1.2037	5.2264	0.2665	0.5154	0.7661	-0.1139	0.0054	-0.0316	-0.2577	-0.1871	-0.2674	0.3033	-0.0406	-0.0135	0.2111	-0.0017	0.1801	50.6569	46.8592	13.3068
8	5.5674	-1.1916	3.934	2.7711	0.293	3.4403	0.1988	0.7549	0.2337	-0.1729	-0.1167	-0.3318	0.2423	0.4044	-0.0521	0.2517	-0.084	0.0705	0.4012	-0.0104	0.2387	63.5295	36.3912	8.2854
9	3.6675	2.0207	-0.6079	5.3944	-0.6407	2.653	-0.1174	-0.1842	-0.1794	0.0765	0.0257	-0.4243	-0.0222	0.3502	0.0262	0.2201	0.0362	-0.031	0.2741	-0.015	0.2422	65.4327	29.2456	22.6742
10	2.353	2.4914	0.5929	3.4575	0.4751	0.3088	-0.0041	0.1458	0.0488	0.123	0.0112	-0.5734	-0.0101	0.1932	0.0139	0.251	-0.0407	0.0194	0.3362	-0.0054	0.2594	67.7798	39.5029	16.663
11	3.1595	0.4705	-3.186	1.7055	0.1024	3.4283	0.0383	-0.1558	0.1866	0.0415	0.0604	-0.0911	-0.0777	0.0834	-0.1301	0.2308	0.001	-0.016	0.151	0.0065	0.1789	36.1492	47.0658	34.1382
12	1.5771	0.7162	-0.0621	2.1776	0.031	0.5301	-0.0703	-0.166	-0.0344	-0.1217	0.0722	-0.125	-0.0421	-0.003	0.0068	0.1859	-0.0003	-0.0048	0.2325	0.0142	0.139	41.9551	31.273	42.7303
13	1.4245	-0.0089	0.1329	1.6674	0.1967	0.3736	-0.0016	-0.1509	-0.2471	0.0268	0.0873	0.0946	0.0412	-0.0499	-0.0129	0.2495	0.0013	0.013	0.2237	0.0372	0.245	26.1248	15.9643	44.1282
14	1.2377	0.5298	-0.7958	5.439	-0.0989	0.7393	0.0116	-0.1035	0.0297	0.2813	-0.0425	-0.1553	-0.0502	0.0138	-0.0009	0.19	-0.0101	-0.0058	0.2694	-0.0103	0.163	31.0334	28.4911	48.9032
15	2.126	2.3284	-1.422	4.1735	-0.7642	8.4533	0.0095	-0.497	-0.2454	0.2251	-0.1531	-0.352	0.095	0.8437	0.1155	0.1517	0.0106	-0.0195	0.2904	0.0021	0.2357	46.0436	25.0869	43.8267
16	1.7381	3.0203	-1.7713	8.8545	-0.4502	3.976	-0.131	-0.2348	-0.4738	-0.3417	-0.0606	-0.6372	-0.2285	0.9317	0.2423	0.3033	-0.029	-0.012	0.3975	0.0394	0.1781	53.3022	25.9704	30.0087
17	3.1333	0.8544	-2.2729	0.3591	-0.196	2.9921	0.284	-0.2566	0.3934	0.0108	-0.1377	0.1614	-0.2957	0.053	-0.2852	0.3031	-0.0162	0.0174	0.1941	-0.0158	0.2873	26.6249	45.6745	46.9802
18	6.9828	0.0955	4.3212	2.1182	-1.0774	4.3949	0.1386	-0.5764	0.1787	0.1926	0.0539	0.3907	0.0683	-0.4187	-0.1799	0.2598	0.012	0.0725	0.2331	-0.0288	0.3073	13.5232	35.0063	51.1843
19	4.7375	-2.9772	-0.9057	6.7489	1.0739	1.9055	0.0982	0.2892	-0.1482	-0.3592	-0.0928	0.5794	-0.0104	-0.38	-0.029	0.2239	-0.0422	-0.0408	0.291	-0.0317	0.159	11.663	28.6477	36.3804
20	1.6578	-2.5728	-0.0481	5.624	-0.9361	0.5234	0.0734	-0.0576	-0.0192	-0.0982	-0.0239	0.6632	-0.1044	-0.1268	-0.0418	0.2512	-0.0143	-0.0061	0.2703	0.0033	0.2455	9.4199	38.7509	43.1024
21	7.1649	-1.8638	-3.447	1.5993	0.0632	2.4581	-0.0163	-0.0104	0.3702	-0.1968	0.1009	-0.1483	-0.2024	-0.136	-0.0953	0.307	-0.0256	-0.0222	0.1957	-0.065	0.2309	37.6533	96.4992	57.9991
22	1.8615	-0.4589	-0.4358	2.9314	-0.2636	1.9633	-0.0849	0.1249	0.013	-0.2106	0.1926	0.2936	-0.0554	-0.2131	-0.0178	0.2341	-0.0151	-0.0426	0.2371	-0.0103	0.1965	31.4018	81.4966	48.056
23	0.8732	-0.2337	0.2346	2.4086	-0.295	1.029	-0.0064	0.0886	-0.0579	-0.1843	0.0618	-0.0082	0.0527	-0.0147	-0.0369	0.2753	-0.0386	0.0055	0.2352	-0.0345	0.2234	44.756	70.7775	42.2088
24	5.8967	3.2387	-0.3891	5.2617	0.6634	4.6852	-0.143	0.1636	-0.0245	-0.2518	0.0733	0.2575	-0.1702	-0.1545	0.0665	0.2246	0.0473	-0.0011	0.1956	0.0097	0.2488	33.4433	80.1944	49.8256
25	2.9661	-2.3436	-1.6613	4.7673	1.0438	6.0074	-0.1268	-0.2131	-0.4941	0.4205	-0.0741	0.2982	0.1028	-1.0722	0.1873	0.2842	-0.0305	-0.0163	0.3778	-0.0424	0.2296	19.1714	75.4254	60.6237
26	6.5456	-0.6084	-3.3247	0.5582	0.1568	3.5522	0.0031	0.4397	0.5966	-0.1799	0.0887	-0.0323	-0.151	-0.2086	-0.1933	0.3304	-0.0491	-0.0161	0.1892	-0.0059	0.2716	46.8751	95.8185	44.9243
27	6.0937	-0.884	4.4073	2.6664	1.1256	5.013	0.1314	0.1887	0.2815	-0.067	0.0414	-0.3554	0.1741	0.3318	-0.1251	0.2351	-0.0563	0.0735	0.2152	-0.0053	0.2628	59.8086	85.3546	39.8567
28	4.9652	4.3043	0.669	8.2586	0.8177	2.6388	0.0098	-0.2932	-0.1269	0.1634	-0.1023	-0.4366	-0.0363	0.2046	0.0397	0.2192	0.0272	-0.0296	0.3088	0.0389	0.2492	61.6214	77.6848	54.1733
29	2.546	2.3696	0.1065	2.6495	-0.3461	0.874	0.0119	0.0418	0.0447	-0.1592	0.0564	-0.558	-0.1817	0.1668	-0.0534	0.2672	-0.0536	0.0073	0.2686	-0.0189	0.2721	64.0338	88.5813	48.1279
30	8.2558	-0.5274	-2.6891	1.9396	0.6647	1.5946	0.0485	0.1549	0.3049	0.0944	0.0831	-0.1206	-0.0376	0.0203	-0.1575	0.2354	0.0124	-0.0327	0.2433	-0.0217	0.1602	32.8556	96.0005	66.024
31	1.2319	0.4105	-0.0942	1.2495	0.2751	0.5586	-0.0912	-0.1951	-0.1009	0.096	0.0526	0.0455	0.0918	0.0131	0.0356	0.2205	0.0111	0.014	0.2675	-0.0003	0.1947	27.7963	73.7409	77.3888
32	2.2646	-1.0037	-1.2069	3.3634	0.2961	4.7511	-0.0386	-0.3122	0.178	-0.0622	0.0698	-0.3028	0.1635	0.6922	0.034	0.1835	0.0072	-0.0286	0.302	-0.0183	0.2291	45.9414	74.4511	67.9897
33	6.3292	0.8656	-3.4692	1.0668	-0.1607	4.8364	0.3931	-0.5871	0.504	0.0865	-0.1306	0.0398	-0.4798	0.1232	-0.2951	0.2498	0.0027	-0.028	0.1943	-0.0659	0.2699	22.8396	94.7865	78.8189
34	1.7329	-0.6993	1.9631	2.5387	-0.3929	3.1363	0.294	-0.5069	-0.1333	-0.0091	0.0215	0.2962	0.327	-0.364	-0.2228	0.1966	0.005	0.0393	0.4193	0.0097	0.2979	9.4933	84.4533	82.865
35	2.0245	-1.1228	-0.2029	5.4865	0.3941	2.3633	-0.0455	0.1505	-0.2031	-0.1332	0.0806	0.5753	0.013	-0.3966	-0.0565	0.2243	-0.0645	-0.0355	0.3811	-0.0303	0.2998	7.6512	78.6757	67.9245
36	1.8755	-2.6787	0.0192	3.7786	0.1291	0.5843	0.0206	0.0227	0.027	-0.0662	0.0139	0.712	-0.0746	-0.1667	-0.0375	0.2494	0.0043	0.0092	0.3917	-0.0187	0.3373	5.2104	88.3959	74.731

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 69 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 70 through 129 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 130 through 179 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 180 through 210 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 211 through 245 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 246 through 277 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 278 through 305 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 306 through 342 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 343 through 381 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 31 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 32 through 69 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 70 through 129 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 130 through 191 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 192 through 209 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 210 through 245 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 246 through 277 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 278 through 305 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 306 through 342 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 343 through 381 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 2 through 31 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 32 through 69 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 70 through 179 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 180 through 210 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 211 through 245 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 246 through 277 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 278 through 305 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 306 through 342 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 343 through 381 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 3 through 31 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 32 through 191 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 192 through 245 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 246 through 277 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 278 through 305 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 306 through 342 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 343 through 382 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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