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- PDB-4f62: Crystal structure of a putative farnesyl-diphosphate synthase fro... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f62 | ||||||
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Title | Crystal structure of a putative farnesyl-diphosphate synthase from Marinomonas sp. MED121 (Target EFI-501980) | ||||||
![]() | Geranyltranstransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Enzyme Function Initiative / Structural Genomics | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Poulter, C.D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
![]() | ![]() Title: Prediction of function for the polyprenyl transferase subgroup in the isoprenoid synthase superfamily. Authors: Wallrapp, F.H. / Pan, J.J. / Ramamoorthy, G. / Almonacid, D.E. / Hillerich, B.S. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Jacobson, M.P. / Poulter, C.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 217.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 175.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3lomC ![]() 3lvsC ![]() 3mzvC ![]() 3nf2C ![]() 3oyrC ![]() 3p41C ![]() 3p8lC ![]() 3p8rC ![]() 3pdeC ![]() 3pkoC ![]() 3q1oC ![]() 3q2qC ![]() 3qqvC ![]() 3rmgC ![]() 3ts7C ![]() 3ucaC ![]() 4dhdC ![]() 4fp4C ![]() 3lsnS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35103.438 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A3YCB7, Transferases; Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: protein: 10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM magnesium chloride, reservoir: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, ...Details: protein: 10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM magnesium chloride, reservoir: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, cryoprotectant: reservoir + 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 3, 2011 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 49760 / Num. obs: 49760 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.319 / Net I/σ(I): 10.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3LSN Resolution: 2.101→41.059 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.862 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / Phase error: 20.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.814 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 132.89 Å2 / Biso mean: 53.5003 Å2 / Biso min: 26.69 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.101→41.059 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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