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Yorodumi- PDB-4f62: Crystal structure of a putative farnesyl-diphosphate synthase fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f62 | ||||||
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Title | Crystal structure of a putative farnesyl-diphosphate synthase from Marinomonas sp. MED121 (Target EFI-501980) | ||||||
Components | Geranyltranstransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Enzyme Function Initiative / Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Marinomonas sp. MED121 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.101 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Poulter, C.D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Prediction of function for the polyprenyl transferase subgroup in the isoprenoid synthase superfamily. Authors: Wallrapp, F.H. / Pan, J.J. / Ramamoorthy, G. / Almonacid, D.E. / Hillerich, B.S. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Jacobson, M.P. / Poulter, C.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f62.cif.gz | 217.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4f62.ent.gz | 175.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f62.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/4f62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/4f62 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3lomC 3lvsC 3mzvC 3nf2C 3oyrC 3p41C 3p8lC 3p8rC 3pdeC 3pkoC 3q1oC 3q2qC 3qqvC 3rmgC 3ts7C 3ucaC 4dhdC 4fp4C 3lsnS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35103.438 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Marinomonas sp. MED121 (bacteria) / Gene: MED121_18165 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A3YCB7, Transferases; Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: protein: 10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM magnesium chloride, reservoir: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, ...Details: protein: 10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM magnesium chloride, reservoir: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, cryoprotectant: reservoir + 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 3, 2011 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 49760 / Num. obs: 49760 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.319 / Net I/σ(I): 10.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3LSN Resolution: 2.101→41.059 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.862 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / Phase error: 20.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.814 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 132.89 Å2 / Biso mean: 53.5003 Å2 / Biso min: 26.69 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.101→41.059 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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