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- PDB-3hqp: Crystal structure of Leishmania mexicana pyruvate kinase (LmPYK) ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hqp | ||||||
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Title | Crystal structure of Leishmania mexicana pyruvate kinase (LmPYK) in complex with ATP, Oxalate and fructose 2,6 bisphosphate | ||||||
![]() | Pyruvate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TIM BARREL / T-STATE ENZYME / Allosteric enzyme / Glycolysis / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Pyruvate | ||||||
Function / homology | ![]() pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Morgan, H.P. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: The allosteric mechanism of pryuvate kinase from Leishmania mexicana: a rock and lock model Authors: Morgan, H.P. / McNae, I.W. / Nowicki, M.W. / Hannaert, V. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 11.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 320.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 444.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3hqnC ![]() 3hqoC ![]() 3hqqC ![]() 1pklS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 32 molecules ABCDEFGHIJKLMNOP![](data/chem/img/FDP.gif)
![](data/chem/img/FDP.gif)
#1: Protein | Mass: 54467.934 Da / Num. of mol.: 16 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #5: Sugar | ChemComp-FDP / |
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-Non-polymers , 6 types, 4198 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/OXL.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/OXL.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-OXL / #6: Chemical | ChemComp-ATP / #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE SEQUENCE OF L. MEXICANA PYRUVATE KINASE HAS BEEN DETERMINED IN THE LABORATORY OF PROF. PAUL ...THE SEQUENCE OF L. MEXICANA PYRUVATE KINASE HAS BEEN DETERMINED |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.31 Å3/Da / Density % sol: 62.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 10-16% PEG8000, 20mM triethanolamine-HCl, 50mM MgCl2, 100mM KCl, 10-15% glycerol, pH7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Mar 7, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→41.96 Å / Num. all: 913876 / Num. obs: 470114 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / Redundancy: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.638 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 65953 / % possible all: 90.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1PKL Resolution: 2.3→34.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 14.519 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.231 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.789 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→34.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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