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- PDB-3hqo: Crystal structures of Leishmania mexicana pyruvate kinase (LmPYK)... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hqo | ||||||
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Title | Crystal structures of Leishmania mexicana pyruvate kinase (LmPYK) in complex with ATP and Oxalate | ||||||
![]() | Pyruvate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TIM BARREL / R-STATE ENZYME / Allosteric enzyme / Glycolysis / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Pyruvate | ||||||
Function / homology | ![]() pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Morgan, H.P. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: The allosteric mechanism of pryuvate kinase from Leishmania mexicana: a rock and lock model Authors: Morgan, H.P. / McNae, I.W. / Nowicki, M.W. / Hannaert, V. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 381.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 308.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3hqnC ![]() 3hqpC ![]() 3hqqC ![]() 1pklS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER
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Components
#1: Protein | Mass: 54467.934 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-OXL / #5: Chemical | ChemComp-ATP / Sequence details | THE SEQUENCE OF L. MEXICANA PYRUVATE KINASE HAS BEEN DETERMINED IN THE LABORATORY OF PROF. PAUL ...THE SEQUENCE OF L. MEXICANA PYRUVATE KINASE HAS BEEN DETERMINED | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.23 Å3/Da / Density % sol: 61.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 10-16% PEG8000, 20mM triethanolamine-HCl, 50mM MgCl2, 100mM KCl, 10-15% glycerol, pH7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Dec 8, 2007 / Details: mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.4→82.48 Å / Num. all: 106471 / Num. obs: 36748 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 3.4 / Observed criterion σ(I): 3.4 / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 54.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 6.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.4→3.58 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5452 / % possible all: 98.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1PKL Resolution: 3.4→41.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.871 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / SU B: 70.964 / SU ML: 0.516 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.67 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.828 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→41.18 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
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