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万見
- PDB-1fm6: THE 2.1 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE HETERODIMER ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 1fm6
タイトルTHE 2.1 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE HETERODIMER OF THE HUMAN RXRALPHA AND PPARGAMMA LIGAND BINDING DOMAINS RESPECTIVELY BOUND WITH 9-CIS RETINOIC ACID AND ROSIGLITAZONE AND CO-ACTIVATOR PEPTIDES.
要素
  • PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
  • RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
  • STEROID RECEPTOR COACTIVATOR
キーワードTRANSCRIPTION / the heterodimer of the nuclear receptor ligand binding domains of RXRalpha and PPARgamma bound respectively with 9-cis Retinoic Acid and Rosiglitazone and co-activator peptides
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose ...retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / Signaling by Retinoic Acid / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / male mating behavior / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / hypothalamus development / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / nuclear steroid receptor activity / R-SMAD binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / Synthesis of bile acids and bile salts / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of lipid storage / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / cell fate commitment / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / histone acetyltransferase activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / lactation / : / positive regulation of adipose tissue development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to nutrient / epithelial cell differentiation / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / negative regulation of miRNA transcription / cerebellum development
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / : / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(9cis)-retinoic acid / Chem-BRL / Nuclear receptor coactivator 1 / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gampe Jr., R.T. / Montana, V.G. / Lambert, M.H. / Miller, A.B. / Bledsoe, R.K. / Milburn, M.V. / Kliewer, S.A. / Willson, T.M. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Asymmetry in the PPARgamma/RXRalpha crystal structure reveals the molecular basis of heterodimerization among nuclear receptors.
著者: Gampe Jr., R.T. / Montana, V.G. / Lambert, M.H. / Miller, A.B. / Bledsoe, R.K. / Milburn, M.V. / Kliewer, S.A. / Willson, T.M. / Xu, H.E.
履歴
登録2000年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年12月26日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
D: PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
U: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
X: PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
B: STEROID RECEPTOR COACTIVATOR
V: STEROID RECEPTOR COACTIVATOR
E: STEROID RECEPTOR COACTIVATOR
Y: STEROID RECEPTOR COACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,06412
ポリマ－126,7498
非ポリマー1,3164
水8,143452
1
A: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
D: PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
B: STEROID RECEPTOR COACTIVATOR
E: STEROID RECEPTOR COACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0326
ポリマ－63,3744
非ポリマー6582
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
U: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
X: PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
V: STEROID RECEPTOR COACTIVATOR
Y: STEROID RECEPTOR COACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0326
ポリマ－63,3744
非ポリマー6582
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.255, 222.364, 55.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 AUDX

#1: タンパク質 RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA


分子量: 26667.857 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN - RESIDUES 225 -462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PACYC184 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質 PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR GAMMA


分子量: 31094.135 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN - RESIDUES 206 - 477 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 BVEY

#3: タンパク質・ペプチド
STEROID RECEPTOR COACTIVATOR


分子量: 2806.163 Da / 分子数: 4 / 断片: SRC-1 PEPTIDE / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized 25mer portion of human src-1 coactivator peptide
参照: UniProt: O43793, UniProt: Q15788*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 456分子

#4: 化合物 ChemComp-9CR / (9cis)-retinoic acid


分子量: 300.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2
#5: 化合物 ChemComp-BRL / 2,4-THIAZOLIDIINEDIONE, 5-[[4-[2-(METHYL-2-PYRIDINYLAMINO)ETHOXY]PHENYL]METHYL]-(9CL) / BRL49653 / ROSIGLITAZONE


分子量: 357.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19N3O3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細rosiglitazone is a synthetic antidiabetic agonist for PPARgamma

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17% PEG 4K, 200mM NaSCN, 8% Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 39 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
217 %PEG40001reservoir
3200 mM1reservoirNaSCN
48 %ethylene glycol1reservoir
58 %glycerol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 64772 / % possible obs: 94.9 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 25.7
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 2.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 372436.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 6054 10.1 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.25 59851 87.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.72 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-28.2 Å20 Å26.25 Å2
2---14.96 Å20 Å2
3----13.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8292 0 94 452 8838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 898 10.3 %
Rwork0.386 7798 -
obs--76.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2BSXPI3.XPL
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION49CRA_LOCAL3.XPL
X-RAY DIFFRACTION5RSG_LOCAL3.XPL
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.242 / Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 55.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.03
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.386 / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor Rwork: 0.386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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