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- PDB-1jvn: CRYSTAL STRUCTURE OF IMIDAZOLE GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE: A TUN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jvn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF IMIDAZOLE GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE: A TUNNEL THROUGH A (BETA/ALPHA)8 BARREL JOINS TWO ACTIVE SITES
要素BIFUNCTIONAL HISTIDINE BIOSYNTHESIS PROTEIN HISHF
キーワードTRANSFERASE / substrate channeling / amidotransferase / TIM-barrel as a substrate tunnel
機能・相同性
機能・相同性情報


imidazole glycerol-phosphate synthase / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / glutaminase / glutaminase activity / L-histidine biosynthetic process / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Imidazole glycerol phosphate synthase HisHF / Imidazole glycerol phosphate synthase, subunit H / Histidine biosynthesis, HisF / : / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain ...Imidazole glycerol phosphate synthase HisHF / Imidazole glycerol phosphate synthase, subunit H / Histidine biosynthesis, HisF / : / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Ribulose-phosphate binding barrel / Class I glutamine amidotransferase-like / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PYROPHOSPHATE 2- / Imidazole glycerol phosphate synthase hisHF
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chaudhuri, B.N. / Smith, J.L. / Davisson, V.J. / Myers, R.S. / Lange, S.C. / Chittur, S.V.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of imidazole glycerol phosphate synthase: a tunnel through a (beta/alpha)8 barrel joins two active sites.
著者: Chaudhuri, B.N. / Lange, S.C. / Myers, R.S. / Chittur, S.V. / Davisson, V.J. / Smith, J.L.
履歴
登録2001年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIFUNCTIONAL HISTIDINE BIOSYNTHESIS PROTEIN HISHF
B: BIFUNCTIONAL HISTIDINE BIOSYNTHESIS PROTEIN HISHF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,90210
ポリマ－123,1292
非ポリマー7748
水7,422412
1
A: BIFUNCTIONAL HISTIDINE BIOSYNTHESIS PROTEIN HISHF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9115
ポリマ－61,5641
非ポリマー3474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BIFUNCTIONAL HISTIDINE BIOSYNTHESIS PROTEIN HISHF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9915
ポリマ－61,5641
非ポリマー4274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.370, 112.173, 116.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
詳細Monomer in solution

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要素

#1: タンパク質 BIFUNCTIONAL HISTIDINE BIOSYNTHESIS PROTEIN HISHF / E.C.2.4.2.- / IMIDAZOLE GLYCEROPHOSPHATE SYNTHASE / GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE:CYCLASE / HIS7P / CYCLASE HIS7 / ...IMIDAZOLE GLYCEROPHOSPHATE SYNTHASE / GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE:CYCLASE / HIS7P / CYCLASE HIS7 / AMIDOTRANSFERASE HIS7


分子量: 61564.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PROTEIN RESIDUE 143, NUMBER 83, IS CYS COVALENTLY MODIFIED BY ACIVICIN
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HIS7 / プラスミド: PHIS7-T7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P33734, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28 % PEG MME 5000, 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / PH range low: 7 / PH range high: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
122-28 %PEG5000 MME1reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.5-7.0
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
410 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-ID11
シンクロトロンAPS 14-BM-D20.9796, 0.9795, 0.9537
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2001年11月5日Si(111) double-crystal
ADSC QUANTUM 42CCD2001年11月17日bent cylindrical Si-mirror (Rh coating), Si(111) double-crystal
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97961
30.97951
40.95371
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 73741 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / % possible obs: 100 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→75.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1768716.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS dictionary
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3686 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 73662 97.6 %-
all-73662 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.9268 Å2 / ksol: 0.363298 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.96 Å20 Å20 Å2
2---5.22 Å20 Å2
3---1.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→75.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8370 0 36 412 8818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.872.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 497 4.9 %
Rwork0.28 9720 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REPMOD.PARAMPROTEIN_MOD.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CIS_PEPTIDE.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMPOP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5POP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.305 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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