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- PDB-3l8w: Urate oxidase from aspergillus flavus complexed with xanthin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l8w
タイトルUrate oxidase from aspergillus flavus complexed with xanthin
要素Uricase
キーワードOXIDOREDUCTASE / URIC ACID DEGRADATION / XANTHINE / INHIBITION ASPERGILLUS FLAVUS / Peroxisome / Purine metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleobase catabolic process / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-(4-pyridyl-1-oxide)-N-tert-butylnitrone / XANTHINE / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1 Å
データ登録者Prange, T. / Gabison, L. / Colloc'h, N. / Chiadmi, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Near-atomic resolution structures of urate oxidase complexed with its substrate and analogues: the protonation state of the ligand.
著者: Gabison, L. / Chiadmi, M. / El Hajji, M. / Castro, B. / Colloc'h, N. / Prange, T.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the protein drug urate oxidase-inhibitor complex at 2.05 A resolution.
著者: Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Bachet, B. / L'Hermite, G. / Schiltz, M. / Castro, B. / Mornon, J.P.
#2: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2006
タイトル: Recapture of [S]-allantoin, the product of the two-step degradation of uric acid, by urate oxidase.
著者: Gabison, L. / Chiadmi, M. / Colloc'h, N. / Castro, B. / El Hajji, M. / Prange, T.
#3: ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of urate oxidase in complex with its natural substrate inhibited by cyanide: mechanistic implications.
著者: Gabison, L. / Prange, T. / Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Castro, B. / Chiadmi, M.
#4: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2008
タイトル: Oxygen pressurized X-ray crystallography: probing the dioxygen binding site in cofactorless urate oxidase and implications for its catalytic mechanism.
著者: Colloc'h, N. / Gabison, L. / Monard, G. / Altarsha, M. / Chiadmi, M. / Marassio, G. / Sopkova-de Oliveira Santos, J. / El Hajji, M. / Castro, B. / Abraini, J.H. / Prange, T.
履歴
登録2010年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年2月28日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8944
ポリマ－33,5251
非ポリマー3693
水8,107450
1
A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,57616
ポリマ－134,0994
非ポリマー1,47712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area23650 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area44390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.527, 94.980, 104.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1351-

HOH

21A-1434-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uricase / Urate oxidase


分子量: 33524.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-XAN / XANTHINE / キサンチン


分子量: 152.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-4PO / alpha-(4-pyridyl-1-oxide)-N-tert-butylnitrone / 4-POBN / POBN


分子量: 194.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: バッチ法 / pH: 8
詳細: Tris buffer 0.05M, 8% PEG 8000, pH 8.0, Batch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.964 / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月20日 / 詳細: CURVATED MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→29.4 Å / Num. all: 202725 / Num. obs: 153725 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 10.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1→1.16 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 25556 / Rsym value: 0.199 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXモデル構築
SHELX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1R51

1r51


解像度: 1→25 Å / Num. parameters: 25827 / Num. restraintsaints: 31137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: CONSTRAINED ANISOTROPIC REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.144 9177 -RANDOM
Rwork0.121 ---
all0.136 202546 --
obs0.124 153725 95.1 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 20 / Occupancy sum hydrogen: 2290 / Occupancy sum non hydrogen: 2841
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2363 0 26 450 2839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.083
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0311
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.075
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.092
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.083
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.084

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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