[日本語] English
万見
- PDB-1wrr: Urate oxidase from aspergillus flavus complexed with 5-amino 6-ni... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wrr
タイトルUrate oxidase from aspergillus flavus complexed with 5-amino 6-nitro uracil
要素Uricase
キーワードOXIDOREDUCTASE / uric acid degradation / dimeric barrel / tunnel-shaped protein
機能・相同性
機能・相同性情報


urate oxidase activity / purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-AMINO-6-NITROPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / SIR under pressure of noble gaz / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Retailleau, P. / Colloc'h, N. / Vivares, D. / Bonnete, F. / Castro, B. / El Hajji, M. / Prange, T.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Urate oxidase from Aspergillus flavus: new crystal-packing contacts in relation to the content of the active site.
著者: Retailleau, P. / Colloc'h, N. / Vivares, D. / Bonnete, F. / Castro, B. / El Hajji, M. / Prange, T.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the protein drug urate oxidase-inhibitor complex at 2.05 A resolution
著者: Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Bachet, B. / L'Hermite, G. / Schiltz, M. / Castro, B. / Mornon, J.P.
履歴
登録2004年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3722
ポリマ－34,2001
非ポリマー1721
水3,873215
1
A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4878
ポリマ－136,7984
非ポリマー6884
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area24850 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area44500 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.385, 96.469, 106.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Uricase / urate oxidase


分子量: 34199.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-UNC / 5-AMINO-6-NITROPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / 5-AMINO 6-NITRO URACIL


分子量: 172.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8.5MG/ML PROTEIN, 0.2MG/ML DIAMINOURACIL, 5-7%(W/V) PEG 8000, 100MM TRIS/HCL, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月25日 / 詳細: curvated mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→35 Å / Num. obs: 48554 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / Rsym value: 0.285 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5精密化
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: SIR under pressure of noble gaz / 解像度: 1.64→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.343 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.076
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: The structre was refined also with buster-TNT. The final refinement statistics were derived from REFMAC 5. Major refinement was proceeded using BUSTER-TNT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18518 5098 10.1 %RANDOM
Rwork0.16798 ---
obs0.1697 45587 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.976 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 12 215 2589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222462
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.9363341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4455297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.56224.655116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4315435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.9611512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2837
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6271.51528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06222424
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.58731076
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8344.5917
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.682 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 371 -
Rwork0.249 3301 -
obs--99.57 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る